More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0037 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0037  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
352 aa  700    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0522734  normal  0.204601 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1249  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.2 
 
 
352 aa  473  1e-132  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.73 
 
 
383 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.63 
 
 
351 aa  429  1e-119  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100967  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.8 
 
 
356 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0196  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  63.8 
 
 
356 aa  414  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0448682 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.62 
 
 
356 aa  411  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3866  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.04 
 
 
346 aa  412  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1252  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  59.37 
 
 
356 aa  414  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4480  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.65 
 
 
356 aa  414  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.598069 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3370  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.59 
 
 
352 aa  412  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4018  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.37 
 
 
356 aa  413  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0210654  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1443  ABC transporter, permease protein  60.92 
 
 
330 aa  408  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.83 
 
 
356 aa  409  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.767005 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3776  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.92 
 
 
356 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.642947  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5713  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.23 
 
 
356 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.076951 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.92 
 
 
356 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00157663  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2705  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.52 
 
 
345 aa  404  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3887  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  62.27 
 
 
355 aa  401  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.77 
 
 
356 aa  402  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1905  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60 
 
 
365 aa  400  9.999999999999999e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.074595  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.73 
 
 
346 aa  400  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.49 
 
 
356 aa  397  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0806  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppB  60.92 
 
 
356 aa  396  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.557497  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3536  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.99 
 
 
355 aa  397  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.857231 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.23 
 
 
356 aa  396  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4179  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.88 
 
 
355 aa  394  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.800769  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1310  ABC transporter, permease protein  58.05 
 
 
356 aa  391  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38015  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1049  ABC transporter, permease protein  58.05 
 
 
356 aa  391  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1391  ABC transporter, permease protein  58.05 
 
 
356 aa  391  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0350688  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.42 
 
 
364 aa  391  1e-108  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.592217 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0248  ABC transporter, permease protein  58.05 
 
 
356 aa  391  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.88 
 
 
355 aa  394  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0519  ABC transporter, permease protein  58.05 
 
 
356 aa  391  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.872577  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1275  ABC transporter, permease protein  60 
 
 
336 aa  389  1e-107  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.572487  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2561  ABC transporter, permease protein  58.05 
 
 
356 aa  391  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1879  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.49 
 
 
345 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.12 
 
 
347 aa  384  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0789045  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1918  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.8 
 
 
333 aa  378  1e-104  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.75 
 
 
358 aa  377  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3249  dipeptide ABC transporter, permease protein DppB, putative  58.9 
 
 
345 aa  374  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0957202  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.15 
 
 
336 aa  373  1e-102  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.87 
 
 
342 aa  369  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.162218  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1879  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.27 
 
 
342 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.240236  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.69 
 
 
336 aa  366  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3740  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.21 
 
 
337 aa  367  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1029  dipeptide ABC transporter, permease protein  54.29 
 
 
357 aa  367  1e-100  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.234633  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3199  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51 
 
 
369 aa  363  2e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.166157  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.4 
 
 
365 aa  345  7e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.285903  normal  0.173747 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5441  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.72 
 
 
364 aa  340  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.582701  hitchhiker  0.00744073 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0800  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.41 
 
 
356 aa  330  3e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.93 
 
 
360 aa  323  3e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.245336 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2057  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.69 
 
 
352 aa  303  2.0000000000000002e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.239018  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3552  ABC dipeptide/oligopeptide/nickel transporter, permease protein  46.63 
 
 
349 aa  301  9e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4039  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter permease  46.63 
 
 
349 aa  301  9e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3687  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.63 
 
 
349 aa  301  9e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.27 
 
 
340 aa  300  3e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.88 
 
 
350 aa  287  2e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1759  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.23 
 
 
347 aa  281  1e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.86 
 
 
335 aa  279  7e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.17 
 
 
334 aa  276  6e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2348  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.89 
 
 
338 aa  273  3e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  43.56 
 
 
333 aa  273  5.000000000000001e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  43.61 
 
 
336 aa  270  4e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.2 
 
 
334 aa  269  5e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.88 
 
 
346 aa  269  5.9999999999999995e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0835992  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.93 
 
 
336 aa  267  2e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.83 
 
 
335 aa  265  1e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.948745  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4050  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.74 
 
 
337 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.208624  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0330  nickel-transporting ATPase  43.61 
 
 
334 aa  264  1e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0802428 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0717  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  41.74 
 
 
337 aa  264  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.529173  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.24 
 
 
334 aa  264  2e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.186843  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3232  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  42.68 
 
 
335 aa  263  4e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.624237  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3964  hypothetical protein  42.68 
 
 
335 aa  263  4e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.68 
 
 
335 aa  263  4e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.81 
 
 
337 aa  262  6e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.298379  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  43.93 
 
 
336 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.12 
 
 
336 aa  261  2e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  43.48 
 
 
337 aa  260  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.99 
 
 
334 aa  259  4e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0103751  normal  0.0395583 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  43.3 
 
 
336 aa  259  4e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0391  Nickel-transporting ATPase  42.99 
 
 
334 aa  258  7e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.941274  normal  0.201292 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  43.3 
 
 
336 aa  259  7e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  43.93 
 
 
336 aa  258  9e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  42.19 
 
 
339 aa  258  1e-67  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  43.3 
 
 
336 aa  258  1e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  43.3 
 
 
336 aa  257  2e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.99 
 
 
336 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.3 
 
 
336 aa  257  2e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.99 
 
 
336 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4120  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.42 
 
 
338 aa  257  2e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0727691 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  42.99 
 
 
336 aa  256  3e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  44.58 
 
 
339 aa  256  3e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1583  alkaline phosphatase  43.3 
 
 
335 aa  256  4e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.354079  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.99 
 
 
336 aa  255  9e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  41.09 
 
 
336 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  43.96 
 
 
339 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  43.65 
 
 
339 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  43.96 
 
 
351 aa  252  6e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  43.65 
 
 
339 aa  252  6e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>