96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0011 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0011  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  100 
 
 		 200 aa  409  1e-113  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0179424  normal  0.392162 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3572  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB  59.39 
 
 		 211 aa  245  4e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0213  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  57.36 
 
 		 216 aa  234  9e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3972  2OG-Fe(II) oxygenase  50.53 
 
 		 205 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3500  2OG-Fe(II) oxygenase  50 
 
 		 204 aa  193  1e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3256  2OG-Fe(II) oxygenase  49.75 
 
 		 203 aa  193  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0346  2OG-Fe(II) oxygenase  50.27 
 
 		 218 aa  189  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.824259 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4299  2OG-Fe(II) oxygenase  50.53 
 
 		 192 aa  185  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0002  2OG-Fe(II) oxygenase  49.74 
 
 		 212 aa  179  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.691503  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3810  2OG-Fe(II) oxygenase  48.21 
 
 		 216 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0523384 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0451  2OG-Fe(II) oxygenase  45.59 
 
 		 215 aa  168  5e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.04408  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1751  2OG-Fe(II) oxygenase  46.39 
 
 		 219 aa  166  2e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00280539 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0116  2OG-Fe(II) oxygenase  46.31 
 
 		 215 aa  165  5e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.844541  normal  0.456878 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3576  2OG-Fe(II) oxygenase  44.39 
 
 		 221 aa  163  2.0000000000000002e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0466408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3002  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  46 
 
 		 212 aa  158  4e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2016  2OG-Fe(II) oxygenase  48.59 
 
 		 228 aa  158  5e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.140741  normal  0.18363 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1690  2OG-Fe(II) oxygenase  43.08 
 
 		 216 aa  153  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3595  2OG-Fe(II) oxygenase  42.56 
 
 		 217 aa  147  8e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.363359  normal  0.818593 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2476  2OG-Fe(II) oxygenase  45.03 
 
 		 214 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2936  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  43.59 
 
 		 217 aa  141  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.443338  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2104  2OG-Fe(II) oxygenase  40.86 
 
 		 216 aa  140  9e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2363  2OG-Fe(II) oxygenase  42.86 
 
 		 225 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2549  2OG-Fe(II) oxygenase  42.86 
 
 		 219 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1701  2OG-Fe(II) oxygenase  40.51 
 
 		 223 aa  138  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.535517 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1301  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  43.22 
 
 		 241 aa  137  7e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.290458  normal  0.0238638 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3400  2OG-Fe(II) oxygenase  42.33 
 
 		 215 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.801415 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1006  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  42.22 
 
 		 214 aa  135  3.0000000000000003e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.301946  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1781  2OG-Fe(II) oxygenase  41.99 
 
 		 232 aa  135  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.734996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1922  2OG-Fe(II) oxygenase  41.21 
 
 		 216 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.121028  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3793  2OG-Fe(II) oxygenase  41.92 
 
 		 218 aa  134  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.529649  normal  0.0181991 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0463  alkylated DNA repair protein AlkB  40.82 
 
 		 199 aa  134  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.721061  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0533  alkylated DNA repair protein AlkB  40.82 
 
 		 212 aa  134  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.478593  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4875  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  40.91 
 
 		 217 aa  134  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1028  2OG-Fe(II) oxygenase  44.02 
 
 		 218 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1198  2OG-Fe(II) oxygenase  41.62 
 
 		 225 aa  132  3.9999999999999996e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.869594 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3118  DNA alkylation damage repair protein AlkB  41.18 
 
 		 228 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0101889  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4016  2OG-Fe(II) oxygenase  42.54 
 
 		 216 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3574  2OG-Fe(II) oxygenase  39 
 
 		 212 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.691383  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0794  2OG-Fe(II) oxygenase  45.66 
 
 		 218 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.247111  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4097  2OG-Fe(II) oxygenase  39.09 
 
 		 217 aa  129  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.797242 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2985  2OG-Fe(II) oxygenase family protein  39.58 
 
 		 228 aa  129  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.477312 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2937  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  40.51 
 
 		 220 aa  129  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.885345  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2434  2OG-Fe(II) oxygenase  40.53 
 
 		 218 aa  128  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5103  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  38.97 
 
 		 223 aa  128  7.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0185091  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3795  2OG-Fe(II) oxygenase  40.88 
 
 		 219 aa  127  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0190122  normal  0.423081 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3182  2OG-Fe(II) oxygenase  39.3 
 
 		 217 aa  126  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.191143  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2840  2OG-Fe(II) oxygenase  40 
 
 		 218 aa  126  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3161  2OG-Fe(II) oxygenase  41.11 
 
 		 215 aa  126  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3253  2OG-Fe(II) oxygenase  40.31 
 
 		 217 aa  125  4.0000000000000003e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.280139  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2568  alkylated DNA repair protein  43.6 
 
 		 218 aa  125  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0652  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  39.49 
 
 		 220 aa  125  6e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0631  2OG-Fe(II) oxygenase  39.49 
 
 		 220 aa  125  6e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5268  N1-methyladenine/N3-methylcytosine demethylase  39.89 
 
 		 223 aa  124  7e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.534541 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4650  2OG-Fe(II) oxygenase  42.22 
 
 		 220 aa  124  7e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2511  alkylated DNA repair protein AlkB  39.04 
 
 		 216 aa  124  8.000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0516061  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02139  oxidative demethylase of N1-methyladenine or N3-methylcytosine DNA lesions  39.04 
 
 		 216 aa  124  9e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.717739  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02098  hypothetical protein  39.04 
 
 		 216 aa  124  9e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.638508  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2351  alkylated DNA repair protein AlkB  39.04 
 
 		 216 aa  124  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3350  alkylated DNA repair protein AlkB  38.5 
 
 		 216 aa  123  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1446  alkylated DNA repair protein AlkB  38.5 
 
 		 216 aa  122  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.622793  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3751  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  42.6 
 
 		 234 aa  122  4e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.945805  normal  0.289345 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1438  alkylated DNA repair protein AlkB  37.97 
 
 		 216 aa  121  6e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.173238 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0728  alkylated DNA repair protein AlkB  37.97 
 
 		 216 aa  121  6e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.451763  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3988  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  40.2 
 
 		 224 aa  121  6e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4921  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  39.18 
 
 		 216 aa  121  7e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2504  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  37.57 
 
 		 216 aa  121  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.538905  hitchhiker  0.000448771 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2490  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  37.57 
 
 		 216 aa  121  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2448  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  37.04 
 
 		 216 aa  120  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.177895 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2607  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  37.04 
 
 		 216 aa  120  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.57435 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2361  alkylated DNA repair protein AlkB  37.57 
 
 		 216 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0549  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  36.81 
 
 		 214 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2400  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  37.04 
 
 		 216 aa  119  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.104047  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2792  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  37.7 
 
 		 216 aa  118  4.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4927  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  39.11 
 
 		 214 aa  116  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3769  alkylated DNA repair protein alk  37.78 
 
 		 194 aa  115  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3292  2OG-Fe(II) oxygenase  37.63 
 
 		 213 aa  100  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.483331 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06510  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  33.82 
 
 		 223 aa  94.4  1e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1427  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  34.62 
 
 		 230 aa  92.4  4e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4443  alkylated DNA repair protein  36.92 
 
 		 213 aa  90.5  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000774042  decreased coverage  0.000155018 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0402  2OG-Fe(II) oxygenase  36.9 
 
 		 231 aa  89.7  3e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2539  2OG-Fe(II) oxygenase  34.43 
 
 		 236 aa  88.6  5e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.1234  normal  0.466167 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3551  2OG-Fe(II) oxygenase  47.12 
 
 		 221 aa  83.2  0.000000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.686073  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21790  alkylated DNA repair protein  33.68 
 
 		 228 aa  80.5  0.00000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00000653135  normal  0.245071 
 
 
-
 
NC_006682  CNM01450  conserved hypothetical protein  39.76 
 
 		 425 aa  68.2  0.00000000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46782  predicted protein  32.14 
 
 		 352 aa  61.6  0.000000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.211133  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_33669  predicted protein  29.46 
 
 		 348 aa  48.5  0.00006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.421608  normal  0.0171071 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03958  oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family family (AFU_orthologue; AFUA_6G07990)  28.91 
 
 		 359 aa  48.1  0.00008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.310797  normal  0.0264233 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03179  DNA repair system specific for alkylated DNA  30.26 
 
 		 202 aa  47.4  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.204003  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1374  2OG-Fe(II) oxygenase  25.71 
 
 		 201 aa  46.2  0.0004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.883465  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30270  2OG-Fe(II) oxygenase superfamily protein  29.25 
 
 		 197 aa  45.4  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.685211  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1802  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  29.63 
 
 		 194 aa  45.1  0.0006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.431836  normal  0.363902 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1109  2OG-Fe(II) oxygenase family protein  31.29 
 
 		 141 aa  43.5  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03669  alkylated DNA repair protein  33 
 
 		 213 aa  43.9  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0853  alkylated DNA repair protein  29.93 
 
 		 211 aa  42.7  0.004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.487927  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0106  2OG-Fe(II) oxygenase  31.68 
 
 		 212 aa  41.6  0.007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00219711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3624  2OG-Fe(II) oxygenase  27.36 
 
 		 212 aa  41.2  0.01  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.74743  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>