More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_2599 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_2599  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 437 aa  850    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.157289 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2775  tRNA modification GTPase TrmE  44.98 
 
 		 452 aa  342  5.999999999999999e-93  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3086  tRNA modification GTPase TrmE  44.54 
 
 		 458 aa  338  9.999999999999999e-92  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.924716  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3317  tRNA modification GTPase TrmE  46.5 
 
 		 446 aa  331  1e-89  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2929  tRNA modification GTPase TrmE  42.57 
 
 		 446 aa  330  2e-89  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3073  tRNA modification GTPase TrmE  42.13 
 
 		 446 aa  326  4.0000000000000003e-88  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  45.35 
 
 		 455 aa  327  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4791  tRNA modification GTPase TrmE  42.83 
 
 		 482 aa  326  5e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4138  tRNA modification GTPase TrmE  43.23 
 
 		 486 aa  325  8.000000000000001e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.619376  normal  0.415942 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3495  tRNA modification GTPase TrmE  43.04 
 
 		 467 aa  323  5e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3038  tRNA modification GTPase TrmE  43.08 
 
 		 448 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.38062  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0032  tRNA modification GTPase TrmE  48.77 
 
 		 451 aa  320  3e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.189606 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0031  tRNA modification GTPase TrmE  48.77 
 
 		 451 aa  320  3e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.785205  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002017  GTPase and tRNA-U34 5-formylation enzyme TrmE  41.85 
 
 		 453 aa  320  3e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0189213  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  42.98 
 
 		 454 aa  320  3.9999999999999996e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3315  tRNA modification GTPase TrmE  43.9 
 
 		 458 aa  319  5e-86  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4241  tRNA modification GTPase TrmE  42.24 
 
 		 469 aa  319  6e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.207719  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  43.36 
 
 		 455 aa  319  7e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  42.98 
 
 		 454 aa  319  7.999999999999999e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  42.98 
 
 		 454 aa  318  7.999999999999999e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  42.54 
 
 		 454 aa  318  1e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6368  tRNA modification GTPase TrmE  44.92 
 
 		 455 aa  318  1e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2515  tRNA modification GTPase TrmE  42.07 
 
 		 464 aa  318  2e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310293  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  43.2 
 
 		 454 aa  318  2e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4013  tRNA modification GTPase TrmE  42.26 
 
 		 456 aa  317  2e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.205295  normal  0.289015 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  43.29 
 
 		 454 aa  317  3e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2410  tRNA modification GTPase TrmE  45.86 
 
 		 448 aa  317  3e-85  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.749558  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2124  tRNA modification GTPase TrmE  41.43 
 
 		 452 aa  316  4e-85  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5742  tRNA modification GTPase TrmE  43.05 
 
 		 456 aa  316  5e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0199  tRNA modification GTPase TrmE  41.43 
 
 		 473 aa  316  6e-85  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00435  tRNA modification GTPase TrmE  41.19 
 
 		 453 aa  315  8e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  43.71 
 
 		 456 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  43.27 
 
 		 456 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4041  tRNA modification GTPase TrmE  46.29 
 
 		 449 aa  315  9.999999999999999e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.934487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  41.81 
 
 		 475 aa  315  9.999999999999999e-85  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6055  tRNA modification GTPase TrmE  42.64 
 
 		 473 aa  315  9.999999999999999e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  42.76 
 
 		 454 aa  314  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  42.76 
 
 		 454 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  42.32 
 
 		 454 aa  314  1.9999999999999998e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3894  tRNA modification GTPase TrmE  42.6 
 
 		 456 aa  314  1.9999999999999998e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  42.98 
 
 		 454 aa  314  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  42.76 
 
 		 454 aa  314  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  42.76 
 
 		 454 aa  313  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5443  tRNA modification GTPase TrmE  43.2 
 
 		 456 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  42.11 
 
 		 454 aa  313  4.999999999999999e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  42.32 
 
 		 454 aa  312  5.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  42.32 
 
 		 454 aa  312  5.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  42.76 
 
 		 454 aa  312  6.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  42.11 
 
 		 467 aa  312  6.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  42.76 
 
 		 454 aa  312  6.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4112  tRNA modification GTPase TrmE  40.89 
 
 		 478 aa  312  6.999999999999999e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.712648  normal  0.105122 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4034  tRNA modification GTPase TrmE  42.64 
 
 		 453 aa  312  6.999999999999999e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.461545  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  42.76 
 
 		 454 aa  312  6.999999999999999e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  42.11 
 
 		 467 aa  312  6.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  42.11 
 
 		 467 aa  312  6.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0005  tRNA modification GTPase TrmE  43.2 
 
 		 456 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.273487  hitchhiker  0.00022418 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4619  tRNA modification GTPase TrmE  43.52 
 
 		 455 aa  311  1e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5308  tRNA modification GTPase TrmE  43.2 
 
 		 456 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.832252  normal  0.0803697 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  41.15 
 
 		 457 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  41.67 
 
 		 462 aa  310  2.9999999999999997e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  42.54 
 
 		 454 aa  309  5e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5212  tRNA modification GTPase TrmE  42.32 
 
 		 456 aa  308  8e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0002  tRNA modification GTPase TrmE  40.27 
 
 		 455 aa  309  8e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03489  tRNA modification GTPase TrmE  46.28 
 
 		 446 aa  308  1.0000000000000001e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4484  tRNA modification GTPase TrmE  40.31 
 
 		 459 aa  308  1.0000000000000001e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000179125 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0132  tRNA modification GTPase TrmE  42.07 
 
 		 452 aa  308  1.0000000000000001e-82  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.849325  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4200  tRNA modification GTPase TrmE  44.12 
 
 		 448 aa  308  2.0000000000000002e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0153583 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  41.15 
 
 		 453 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3755  tRNA modification GTPase TrmE  44.44 
 
 		 481 aa  307  3e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3824  tRNA modification GTPase TrmE  45.06 
 
 		 480 aa  307  3e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  41.15 
 
 		 453 aa  307  3e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4729  tRNA modification GTPase TrmE  41.89 
 
 		 454 aa  306  4.0000000000000004e-82  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5298  tRNA modification GTPase TrmE  40.72 
 
 		 471 aa  306  7e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414752  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0005  tRNA modification GTPase TrmE  44.35 
 
 		 481 aa  305  9.000000000000001e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.75194  normal  0.209412 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  40.93 
 
 		 453 aa  305  9.000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4062  tRNA modification GTPase TrmE  41.37 
 
 		 453 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112278  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2824  tRNA modification GTPase TrmE  45.79 
 
 		 446 aa  303  4.0000000000000003e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2757  tRNA modification GTPase TrmE  43.02 
 
 		 446 aa  303  5.000000000000001e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3774  tRNA modification GTPase TrmE  41.59 
 
 		 466 aa  303  5.000000000000001e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0161001  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  40.93 
 
 		 453 aa  302  7.000000000000001e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  40.27 
 
 		 453 aa  301  1e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3456  tRNA modification GTPase TrmE  44.44 
 
 		 481 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  40.27 
 
 		 453 aa  301  2e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3865  tRNA modification GTPase TrmE  40.49 
 
 		 453 aa  301  2e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000363316 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3610  tRNA modification GTPase TrmE  43.19 
 
 		 475 aa  301  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2881  tRNA modification GTPase TrmE  45.27 
 
 		 444 aa  301  2e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.470737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  40.27 
 
 		 479 aa  300  3e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  40.27 
 
 		 453 aa  300  4e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  40.27 
 
 		 453 aa  300  5e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2222  tRNA modification GTPase TrmE  44.88 
 
 		 451 aa  298  1e-79  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000000418588  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4928  tRNA modification GTPase TrmE  40.04 
 
 		 453 aa  298  1e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0035842  hitchhiker  0.00000248868 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2312  tRNA modification GTPase TrmE  45.12 
 
 		 451 aa  298  1e-79  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00480658  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4089  tRNA modification GTPase TrmE  45.05 
 
 		 448 aa  297  2e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3612  tRNA modification GTPase TrmE  40.27 
 
 		 455 aa  297  2e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4904  tRNA modification GTPase TrmE  40.3 
 
 		 478 aa  297  2e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.586964 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4256  tRNA modification GTPase TrmE  40.27 
 
 		 453 aa  298  2e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257081  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  41.15 
 
 		 453 aa  297  3e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1783  tRNA modification GTPase TrmE  42.27 
 
 		 454 aa  297  3e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.028326  normal  0.377376 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5011  tRNA modification GTPase TrmE  41.99 
 
 		 490 aa  295  8e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.323736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3984  tRNA modification GTPase TrmE  42.7 
 
 		 464 aa  294  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>