More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_2559 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 		 67 aa  134  6.0000000000000005e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  80.3 
 
 		 67 aa  107  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2676  cold-shock DNA-binding protein family protein  74.63 
 
 		 67 aa  103  9e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000256327  unclonable  1.4308e-18 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  73.13 
 
 		 67 aa  101  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 		 67 aa  100  6e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  73.85 
 
 		 70 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  73.85 
 
 		 70 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  73.85 
 
 		 70 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.18 
 
 		 67 aa  99.4  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  73.85 
 
 		 70 aa  99.4  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  73.85 
 
 		 70 aa  99.4  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  73.85 
 
 		 70 aa  99.4  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  73.85 
 
 		 70 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  73.85 
 
 		 70 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  73.85 
 
 		 70 aa  99.4  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 		 67 aa  99.4  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 		 67 aa  99.4  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  73.85 
 
 		 70 aa  99.4  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  73.85 
 
 		 70 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5838  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 		 67 aa  99.4  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  73.85 
 
 		 70 aa  99.4  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  73.85 
 
 		 70 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  73.85 
 
 		 70 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01793  stress protein, member of the CspA-family  78.12 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000145825  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1820  cold-shock DNA-binding domain protein  78.12 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000376643  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  76.56 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  76.56 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1294  cold shock-like protein CspC  78.12 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000632959  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2393  cold shock-like protein CspC  78.12 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1920  cold shock-like protein CspC  78.12 
 
 		 69 aa  99.4  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000217103  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2554  cold shock-like protein CspC  78.12 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810099  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2027  cold shock-like protein CspC  78.12 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  76.56 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 67 aa  98.6  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01781  hypothetical protein  78.12 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000220518  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1365  cold shock-like protein CspC  78.12 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000234098  normal  0.0150165 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  76.56 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  76.56 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1478  cold shock-like protein CspC  78.12 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000112944  normal  0.636634 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1977  cold shock-like protein CspC  78.12 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000786929  normal  0.190727 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3900  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 67 aa  98.6  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.878106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2038  cold shock-like protein CspC  78.12 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000133144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2089  cold shock-like protein CspC  78.12 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.57783e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  76.56 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1981  cold shock-like protein CspC  78.12 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000173649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2051  cold shock-like protein CspC  78.12 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000465967  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1913  cold shock-like protein CspC  78.12 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000658  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2213  cold shock-like protein CspC  78.12 
 
 		 69 aa  99.4  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00000972653  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.31 
 
 		 69 aa  98.6  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4995  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2474  cold shock-like protein CspC  76.56 
 
 		 69 aa  98.2  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00166025  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5001  cold shock protein  76.56 
 
 		 69 aa  98.2  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56924e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2822  cold shock-like protein CspC  76.56 
 
 		 69 aa  98.2  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000720852  decreased coverage  0.000019593 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6765  cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 		 67 aa  97.8  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.929729  normal  0.307986 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  73.44 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  73.44 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  73.44 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  73.44 
 
 		 69 aa  97.1  6e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  73.44 
 
 		 69 aa  97.1  6e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  73.44 
 
 		 69 aa  97.1  6e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1977  cold shock-like protein CspC  76.56 
 
 		 69 aa  97.4  6e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000125837  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  75 
 
 		 69 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  75 
 
 		 69 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  75 
 
 		 69 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  75 
 
 		 69 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  75 
 
 		 69 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  75 
 
 		 69 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2780  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.16 
 
 		 67 aa  97.1  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000626517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  69.23 
 
 		 70 aa  97.1  7e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  75 
 
 		 69 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  75 
 
 		 69 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  75 
 
 		 69 aa  97.1  7e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0261  cold shock protein CspE  73.44 
 
 		 69 aa  97.1  8e-20  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5764  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 		 170 aa  97.1  8e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008002 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  73.44 
 
 		 69 aa  96.7  8e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0166  major cold shock protein  72.31 
 
 		 70 aa  96.7  9e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5798  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 67 aa  96.7  9e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.992183 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5000  cold shock protein  71.64 
 
 		 70 aa  96.3  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  73.44 
 
 		 69 aa  96.7  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.67 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5581  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 67 aa  96.7  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1740  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 70 aa  96.3  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183326  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 70 aa  96.3  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 70 aa  95.9  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5342  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.19 
 
 		 67 aa  95.5  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6397  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 		 67 aa  95.5  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.257839 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5818  cold-shock DNA-binding protein family  67.19 
 
 		 67 aa  95.5  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5524  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 		 67 aa  95.5  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337597  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4166  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 		 67 aa  95.9  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.745487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5888  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 		 67 aa  95.5  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232235  normal  0.225892 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.18 
 
 		 67 aa  95.1  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2498  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.31 
 
 		 70 aa  95.1  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000241121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.18 
 
 		 67 aa  94.7  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 70 aa  94.7  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 		 70 aa  94.7  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1469  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.77 
 
 		 69 aa  94.7  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.67 
 
 		 67 aa  94  6e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4409  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 		 67 aa  94  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>