More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_2454 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
320 aa  649    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.55 
 
 
314 aa  355  5e-97  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.53 
 
 
320 aa  300  3e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  45.68 
 
 
338 aa  264  2e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.68 
 
 
338 aa  264  2e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0593  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.88 
 
 
316 aa  258  1e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.490453  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  45.45 
 
 
345 aa  251  1e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.63 
 
 
320 aa  250  3e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  47.37 
 
 
320 aa  249  6e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  47.52 
 
 
319 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.2 
 
 
319 aa  247  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.85 
 
 
319 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.85 
 
 
319 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.86 
 
 
319 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2944  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  46.91 
 
 
319 aa  241  2e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.557805 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.58 
 
 
319 aa  238  8e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  44.85 
 
 
317 aa  238  9e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  41.99 
 
 
318 aa  237  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  44.52 
 
 
317 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.54 
 
 
312 aa  233  3e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.09 
 
 
318 aa  228  1e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0234  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  45.87 
 
 
319 aa  224  1e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.62 
 
 
320 aa  224  2e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.665439  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.13 
 
 
321 aa  221  9e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270425 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.19 
 
 
318 aa  218  7.999999999999999e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.3 
 
 
319 aa  216  4e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0087  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase protein  43.69 
 
 
334 aa  216  5e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.94 
 
 
318 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  44.88 
 
 
320 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3276  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0270  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  44.88 
 
 
319 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2985  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  44.88 
 
 
319 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3363  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  44.88 
 
 
319 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2107  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  44.88 
 
 
319 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0455  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  44.88 
 
 
319 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0110  NADH dehydrogenase  41.38 
 
 
321 aa  211  1e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120981 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3315  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  45.48 
 
 
312 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  39.68 
 
 
334 aa  208  8e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.58 
 
 
340 aa  208  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  39.35 
 
 
334 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0220  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.61 
 
 
340 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3296  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  42.39 
 
 
316 aa  194  2e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.587332  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.31 
 
 
321 aa  186  6e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.13 
 
 
302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0016  3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase  36.84 
 
 
340 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.19 
 
 
295 aa  176  5e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.87 
 
 
328 aa  171  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.91 
 
 
323 aa  169  4e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  35.53 
 
 
328 aa  169  6e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  35.53 
 
 
328 aa  168  9e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.51 
 
 
295 aa  168  1e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2136  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  37.09 
 
 
312 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  36.71 
 
 
389 aa  165  9e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.31 
 
 
381 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  35.9 
 
 
328 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.9 
 
 
328 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.13 
 
 
329 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.91 
 
 
321 aa  162  1e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1713  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.74 
 
 
229 aa  160  2e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.53 
 
 
328 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  0.000000612217 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.41 
 
 
294 aa  159  6e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1007  NADH dehydrogenase  36.39 
 
 
389 aa  159  8e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1049  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  37.58 
 
 
412 aa  158  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1318  NADH dehydrogenase  36.39 
 
 
389 aa  157  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  35.5 
 
 
327 aa  156  4e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  34.82 
 
 
321 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.36 
 
 
294 aa  156  5.0000000000000005e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.79 
 
 
296 aa  154  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4953  NADH dehydrogenase  35.96 
 
 
318 aa  154  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  34.3 
 
 
328 aa  153  4e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.54 
 
 
309 aa  151  2e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.46 
 
 
327 aa  149  6e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.68 
 
 
294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.270994  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0173  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.87 
 
 
321 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 
326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  35.87 
 
 
297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000112867  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  34.6 
 
 
316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0660  dehydrogenase  33.87 
 
 
321 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.173269 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.69 
 
 
308 aa  145  9e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  35.92 
 
 
294 aa  144  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3538  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.62 
 
 
326 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.21 
 
 
287 aa  143  3e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016396  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.55 
 
 
307 aa  143  4e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.7 
 
 
353 aa  142  7e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.77 
 
 
349 aa  142  7e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.66 
 
 
306 aa  141  9.999999999999999e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.94 
 
 
326 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.23 
 
 
298 aa  141  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.39 
 
 
308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2240  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.35 
 
 
381 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167528  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.73 
 
 
309 aa  137  2e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  28.7 
 
 
320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.48 
 
 
330 aa  136  6.0000000000000005e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0224  hypothetical protein  31.92 
 
 
322 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.362913  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.07 
 
 
299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.932671  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  30.84 
 
 
336 aa  133  3.9999999999999996e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.02 
 
 
310 aa  133  5e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.38 
 
 
322 aa  132  6.999999999999999e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.922509  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.09 
 
 
309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0239  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.38 
 
 
323 aa  130  3e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000144523  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.51 
 
 
291 aa  130  3e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>