More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_2365 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013889  TK90_2365  cytochrome c class I  100 
 
 
107 aa  219  7e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.956584  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2881  cytochrome c, class I  58.23 
 
 
103 aa  103  6e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0149  cytochrome c class I  52.44 
 
 
287 aa  93.6  9e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.481052  normal  0.118184 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1873  putative cytochrome c  50.62 
 
 
102 aa  90.5  7e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.490249  normal  0.677809 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3091  cytochrome c class I  52.24 
 
 
273 aa  83.2  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.994793  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0629  cytochrome c, class I  50.67 
 
 
102 aa  76.6  0.0000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000291429  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0751  cytochrome c, class I  41.18 
 
 
112 aa  71.6  0.000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3958  cytochrome c, class I  41.75 
 
 
108 aa  71.2  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.990396  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0952  cytochrome c, class I  44.59 
 
 
192 aa  68.9  0.00000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000198815  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03219  hypothetical protein  40.86 
 
 
104 aa  67  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1085  cytochrome c class I  40 
 
 
105 aa  66.2  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.032196  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2702  cytochrome c, class I  34.95 
 
 
108 aa  66.2  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.482609  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3416  cytochrome c family protein  40 
 
 
105 aa  66.2  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3398  cytochrome c, class I  40.45 
 
 
98 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00389658  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1032  cytochrome c family protein  40 
 
 
105 aa  66.2  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1922  cytochrome c family protein  35.29 
 
 
104 aa  65.5  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3764  cytochrome c class I  41.43 
 
 
104 aa  64.3  0.0000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000231636  normal  0.0830615 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1947  cytochrome c, class I  41 
 
 
216 aa  62  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.457627  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2853  cytochrome c, class I  38.2 
 
 
205 aa  62.4  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.530376  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0229  cytochrome c  34.78 
 
 
205 aa  62  0.000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.779368  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000045  cytochrome c553  40.45 
 
 
106 aa  61.6  0.000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3327  cytochrome c, class I  34.83 
 
 
206 aa  61.2  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.000000098516 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1833  cytochrome c554  37.5 
 
 
107 aa  60.8  0.000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3823  cytochrome c-type protein  40 
 
 
217 aa  60.1  0.000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.479711 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3192  cytochrome c class I  38.24 
 
 
216 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002765  cytochrome c553  38.71 
 
 
104 aa  60.1  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.38085  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0264  cytochrome c class I  31.71 
 
 
112 aa  59.7  0.00000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.453378  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  40.85 
 
 
318 aa  58.9  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2170  cytochrome c class I  41.56 
 
 
221 aa  59.3  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0707  cytochrome c554  39.13 
 
 
146 aa  58.5  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0772  cytochrome c, class I  33.33 
 
 
223 aa  58.2  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2409  cytochrome c-552  38.46 
 
 
103 aa  57.4  0.00000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2349  cytochrome c class I  35.14 
 
 
219 aa  57.4  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461178  hitchhiker  0.0000000978123 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0013  cytochrome c, class I  32.43 
 
 
229 aa  57  0.00000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0391  cytochrome c, class I  45.31 
 
 
101 aa  57  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.401855  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3049  cytochrome c, class I  35.85 
 
 
113 aa  57  0.00000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000419911  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2727  cytochrome c4  35.14 
 
 
217 aa  57  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.199668  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3008  cytochrome c, class I  33.94 
 
 
196 aa  57  0.00000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3611  cytochrome c class I  33.02 
 
 
217 aa  57  0.00000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00161979  hitchhiker  0.0000000311228 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2807  cytochrome c class I  33.02 
 
 
217 aa  57  0.00000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.988864 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2249  cytochrome c class I  37.08 
 
 
119 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.802822 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0040  cytochrome c class I  38.81 
 
 
207 aa  56.6  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0187  cytochrome c oxidase  41.79 
 
 
208 aa  56.6  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0207051  normal  0.526918 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3538  cytochrome c class I  37 
 
 
216 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.250632  normal  0.0110108 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00014  cytochrome c4 cytochrome C, class I in atlantica  31.4 
 
 
207 aa  56.2  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00575  cytochrome c553  39.29 
 
 
205 aa  56.6  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3622  cytochrome c, class I  37.68 
 
 
206 aa  56.6  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00635609  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3546  cytochrome c family protein  33.03 
 
 
210 aa  56.2  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1634  cytochrome c class I  40.85 
 
 
153 aa  56.2  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.18479  normal  0.474892 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  36.17 
 
 
200 aa  55.5  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0615  cytochrome c, class I  32.53 
 
 
218 aa  55.8  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4237  cytochrome c class I  39.53 
 
 
262 aa  55.8  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00192123  normal  0.323742 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  33.33 
 
 
209 aa  55.5  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2392  cytochrome c, class I  37.04 
 
 
214 aa  55.8  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0312  putative cytochrome c4 precursor  35.35 
 
 
193 aa  55.8  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.717329 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0123  cytochrome c class I  38.04 
 
 
418 aa  55.8  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.266844  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2406  cytochrome c4  37.5 
 
 
223 aa  55.8  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001915  cytochrome c4  38.1 
 
 
205 aa  55.1  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.352914  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0159  cytochrome c, class I  43.24 
 
 
256 aa  55.1  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0091  cytochrome c, class I  34.04 
 
 
206 aa  55.1  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000145105  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0904  cytochrome c, class I  31.4 
 
 
120 aa  55.1  0.0000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1968  cytochrome c class I  35.29 
 
 
238 aa  55.1  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000548419  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2793  cytochrome c, class I  37.62 
 
 
379 aa  55.5  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0531198  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  35.56 
 
 
202 aa  54.7  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3651  cytochrome c, class I  39.25 
 
 
112 aa  54.7  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0346  cytochrome c, class I  32.08 
 
 
217 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0101877 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0432  cytochrome c  34.57 
 
 
205 aa  54.7  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.660944  normal  0.289813 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0664  cytochrome c, class I  32.1 
 
 
225 aa  54.3  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0074134 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1071  cytochrome c, class I  31.13 
 
 
105 aa  54.3  0.0000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0930552  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  35.21 
 
 
207 aa  54.3  0.0000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136847  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  35.21 
 
 
207 aa  54.3  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000402028  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  35.21 
 
 
207 aa  54.3  0.0000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4487  cytochrome c class I  35.21 
 
 
207 aa  54.3  0.0000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal  0.0165724 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0594  cytochrome c class I  32 
 
 
218 aa  53.9  0.0000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2353  cytochrome c class I  35.96 
 
 
119 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.398781 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4111  cytochrome c, class I  38.03 
 
 
207 aa  53.9  0.0000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.590499 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2330  cytochrome c, class I  35.96 
 
 
119 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1718  cytochrome c, class I  35.96 
 
 
119 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507301  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3907  cytochrome c, class I  38.03 
 
 
207 aa  53.9  0.0000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0045605  normal  0.272938 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3999  cytochrome c, class I  38.03 
 
 
207 aa  53.9  0.0000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.898029  normal  0.022349 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4666  cytochrome c  36.62 
 
 
207 aa  53.5  0.0000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0947  cytochrome c class I  34.83 
 
 
119 aa  53.1  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.745275  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5813  cytochrome c, class I  44.78 
 
 
219 aa  53.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0523  cytochrome c family protein  32.98 
 
 
199 aa  53.1  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5672  cytochrome c, class I  34.83 
 
 
119 aa  52.8  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2099  cytochrome c class I  34.29 
 
 
127 aa  53.1  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.149898 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0194  cytochrome c, class I  41.89 
 
 
220 aa  53.1  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0623  cytochrome c family protein  29.46 
 
 
208 aa  53.1  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000405798  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5047  cytochrome c, class I  44.78 
 
 
219 aa  53.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3569  cytochrome c, class I  35.05 
 
 
202 aa  53.1  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.697012  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1068  cytochrome c family protein  33.33 
 
 
206 aa  52.4  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.230608  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3716  cytochrome c, class I  37.25 
 
 
206 aa  52.4  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000156417  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0084  glutamate racemase 2  34.29 
 
 
100 aa  52.8  0.000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.0000295238  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0624  cytochrome c, class I  34.52 
 
 
211 aa  52.4  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0241  cytochrome c-553 (cytochrome c553) (low-potential cytochromec)  33.98 
 
 
100 aa  52.4  0.000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4839  cytochrome c, class I  29.63 
 
 
212 aa  52.4  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.173442  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0787  cytochrome c family protein  31.96 
 
 
237 aa  52.4  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887671  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0281  cytochrome c class I  36.79 
 
 
217 aa  52  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.174718  normal  0.337626 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3945  cytochrome c, class I  36.49 
 
 
207 aa  52.4  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.405176  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0519  cytochrome c family protein  37.68 
 
 
208 aa  52.4  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135917  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>