184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_1635 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  100 
 
 		 419 aa  863    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  31.68 
 
 		 492 aa  206  7e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  30.98 
 
 		 395 aa  158  2e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  31.03 
 
 		 395 aa  144  3e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  32.32 
 
 		 390 aa  137  2e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2978  restriction modification system DNA specificity domain protein  43.46 
 
 		 194 aa  137  4e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  28.06 
 
 		 400 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  27.2 
 
 		 425 aa  120  7e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.71 
 
 		 400 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  31.82 
 
 		 413 aa  116  8.999999999999998e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1576  type I restriction-modification system, S subunit  29.07 
 
 		 399 aa  114  3e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.200835  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.59 
 
 		 401 aa  113  8.000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  32.68 
 
 		 425 aa  105  2e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  26 
 
 		 402 aa  101  2e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.24 
 
 		 495 aa  101  3e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  33 
 
 		 575 aa  99  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  24.94 
 
 		 501 aa  97.1  5e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.35 
 
 		 406 aa  96.7  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.78 
 
 		 477 aa  94  4e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  26.18 
 
 		 393 aa  87.8  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  28.37 
 
 		 424 aa  87.4  4e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  25.66 
 
 		 413 aa  87.4  5e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  30.71 
 
 		 363 aa  85.9  0.000000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  24.93 
 
 		 587 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  30.54 
 
 		 561 aa  85.9  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.11 
 
 		 443 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  30.54 
 
 		 563 aa  85.9  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  25.06 
 
 		 476 aa  84.7  0.000000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  30.72 
 
 		 612 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  25.53 
 
 		 400 aa  82  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.39 
 
 		 422 aa  82  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  26.96 
 
 		 511 aa  81.6  0.00000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  24.51 
 
 		 387 aa  81.3  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.22 
 
 		 417 aa  81.3  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  23.7 
 
 		 457 aa  81.6  0.00000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.58 
 
 		 408 aa  78.6  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.33 
 
 		 419 aa  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  25.19 
 
 		 453 aa  76.3  0.0000000000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  24.71 
 
 		 397 aa  75.9  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  23.63 
 
 		 364 aa  74.7  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.41 
 
 		 565 aa  73.9  0.000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  21.78 
 
 		 380 aa  74.3  0.000000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  25.38 
 
 		 479 aa  73.9  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2423  restriction modification system DNA specificity subunit  29.61 
 
 		 426 aa  70.9  0.00000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.57431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  23.78 
 
 		 393 aa  70.9  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.28 
 
 		 390 aa  69.7  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  26.29 
 
 		 438 aa  69.7  0.00000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  24.64 
 
 		 450 aa  69.7  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.53 
 
 		 388 aa  68.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  27.56 
 
 		 415 aa  68.6  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.5 
 
 		 413 aa  67.8  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.5 
 
 		 428 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 590 aa  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4394  restriction modification system DNA specificity subunit  30.54 
 
 		 414 aa  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.536192  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  26.54 
 
 		 460 aa  65.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1260  restriction modification system DNA specificity subunit  22.89 
 
 		 385 aa  65.5  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  25.29 
 
 		 391 aa  64.7  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 432 aa  64.3  0.000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  22.69 
 
 		 577 aa  64.3  0.000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  21.57 
 
 		 444 aa  63.5  0.000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  26.13 
 
 		 528 aa  63.5  0.000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.12 
 
 		 442 aa  63.5  0.000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  23.2 
 
 		 429 aa  63.2  0.000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  27.14 
 
 		 616 aa  63.2  0.000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1851  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  23.08 
 
 		 194 aa  63.2  0.000000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  24.47 
 
 		 360 aa  62.8  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  28.57 
 
 		 416 aa  62.4  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  24.32 
 
 		 435 aa  61.6  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  30.37 
 
 		 236 aa  62.4  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  24.05 
 
 		 392 aa  62  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  22.79 
 
 		 538 aa  60.1  0.00000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  24.23 
 
 		 428 aa  59.7  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.9 
 
 		 457 aa  59.3  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  21.08 
 
 		 834 aa  59.7  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  25.86 
 
 		 380 aa  58.9  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.92 
 
 		 462 aa  58.5  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.35 
 
 		 464 aa  58.2  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  23.31 
 
 		 532 aa  58.2  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  22.41 
 
 		 409 aa  58.2  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  32.5 
 
 		 435 aa  58.2  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.28 
 
 		 427 aa  57.8  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  23.49 
 
 		 386 aa  57.4  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  22.71 
 
 		 439 aa  57.4  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  23.7 
 
 		 426 aa  57.4  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.4 
 
 		 424 aa  57.4  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  24.76 
 
 		 442 aa  57.4  0.0000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.99 
 
 		 532 aa  56.6  0.0000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.41 
 
 		 429 aa  56.6  0.0000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  19.38 
 
 		 439 aa  56.6  0.0000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  28.9 
 
 		 420 aa  56.6  0.0000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.24 
 
 		 520 aa  55.8  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  27.8 
 
 		 595 aa  56.2  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  26.09 
 
 		 1343 aa  55.1  0.000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  25.31 
 
 		 285 aa  55.1  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  23.57 
 
 		 425 aa  55.1  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  24.19 
 
 		 456 aa  55.5  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  27.75 
 
 		 382 aa  55.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.44 
 
 		 442 aa  55.5  0.000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.11 
 
 		 459 aa  55.5  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  26.37 
 
 		 549 aa  55.1  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>