More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_1292 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013889  TK90_1292  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
147 aa  300  6.000000000000001e-81  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1429  sensory box protein  66.2 
 
 
148 aa  204  3e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.105373  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3284  putative PAS/PAC sensor protein  60.84 
 
 
148 aa  189  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2739  sensory box protein, putative  60.67 
 
 
151 aa  188  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0812  putative PAS/PAC sensor protein  69.05 
 
 
152 aa  186  8e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3014  putative PAS/PAC sensor protein  61.9 
 
 
148 aa  185  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1578  putative PAS/PAC sensor protein  66.42 
 
 
151 aa  185  2e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3170  putative PAS/PAC sensor protein  63.97 
 
 
148 aa  184  3e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0594815  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4629  sensory box protein  67.46 
 
 
142 aa  181  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4613  putative PAS/PAC sensor protein  64.62 
 
 
142 aa  180  6e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.444342  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4489  putative PAS/PAC sensor protein  66.67 
 
 
142 aa  178  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2624  putative PAS/PAC sensor protein  61.54 
 
 
144 aa  178  2.9999999999999997e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0896  sensor protein  59.56 
 
 
158 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1217  multi-sensor signal transduction histidine kinase  52 
 
 
1877 aa  154  5.0000000000000005e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.99 
 
 
1820 aa  144  3e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.83 
 
 
481 aa  142  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.83 
 
 
481 aa  142  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2986  PAS domain-containing protein  47.33 
 
 
150 aa  137  6e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.24395  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.7 
 
 
1021 aa  134  4e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  47.66 
 
 
1741 aa  134  5e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0188  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.18 
 
 
578 aa  131  3e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  49.28 
 
 
743 aa  130  9e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0462  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.09 
 
 
1138 aa  128  2.0000000000000002e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.84915  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0662  putative PAS/PAC sensor protein  44.96 
 
 
644 aa  129  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1259  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.44 
 
 
578 aa  127  3e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1787  putative PAS/PAC sensor protein  42.22 
 
 
152 aa  127  7.000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  49.18 
 
 
581 aa  126  8.000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1244  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  50.85 
 
 
1090 aa  120  7e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.258549  normal  0.879339 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3160  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.44 
 
 
389 aa  119  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.350023  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1367  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.31 
 
 
905 aa  118  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0722784  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  42.4 
 
 
539 aa  117  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0801  signal transduction histidine kinase  46.88 
 
 
488 aa  117  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.185769  normal  0.110715 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1716  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.95 
 
 
1238 aa  117  4.9999999999999996e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2042  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.64 
 
 
477 aa  115  9.999999999999999e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.562637  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1893  LOV-regulator, Blue-light sensing  42.86 
 
 
920 aa  115  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.423791  normal  0.136547 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0391  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.8 
 
 
1040 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519884  normal  0.119604 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  42.4 
 
 
541 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  42.4 
 
 
541 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3753  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.3 
 
 
913 aa  115  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0468324  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0317  bacterio-opsin activator  42.19 
 
 
680 aa  114  3e-25  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.331726  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4361  putative PAS/PAC sensor protein  41.27 
 
 
365 aa  114  3.9999999999999997e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.16012  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.11 
 
 
654 aa  114  6e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3336  histidine kinase  40.8 
 
 
531 aa  113  7.999999999999999e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03712  hypothetical protein  44.35 
 
 
1178 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.433519  normal  0.713314 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0835  signal transduction histidine kinase  45.61 
 
 
488 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0875  PAS sensor protein  45.61 
 
 
488 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.111744 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4874  histidine kinase  38.93 
 
 
544 aa  111  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.300744  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2700  histidine kinase  43.2 
 
 
534 aa  111  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0483155  normal  0.0451896 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.35 
 
 
929 aa  111  4.0000000000000004e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.968718  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1683  sensory box protein  41.98 
 
 
853 aa  110  5e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1581  histidine kinase  40 
 
 
541 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0361  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.19 
 
 
1254 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3331  signal transduction histidine kinase  40.62 
 
 
503 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2896  sensory box histidine kinase/response regulator  42.4 
 
 
534 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.287234  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6213  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.4 
 
 
559 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2357  histidine kinase  40 
 
 
533 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0826278 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0880  histidine kinase  42.74 
 
 
534 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.14 
 
 
1036 aa  108  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.28 
 
 
1017 aa  107  4.0000000000000004e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3597  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.07 
 
 
587 aa  107  6e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.09 
 
 
905 aa  107  7.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  40.88 
 
 
723 aa  107  7.000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4032  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.14 
 
 
1036 aa  106  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.661545 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.61 
 
 
1183 aa  106  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.61 
 
 
1183 aa  106  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.543508  normal  0.654737 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3297  hypothetical protein  43.1 
 
 
360 aa  106  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.747205  normal  0.456251 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3139  histidine kinase  40 
 
 
533 aa  105  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468681  normal  0.330779 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4845  putative PAS/PAC sensor protein  43.22 
 
 
149 aa  105  2e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0315  signal transduction histidine kinase  38.57 
 
 
901 aa  105  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3461  histidine kinase  40 
 
 
533 aa  104  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  39.34 
 
 
580 aa  104  5e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.27 
 
 
814 aa  103  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1707  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  46.85 
 
 
1057 aa  104  5e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_35077  predicted protein  42.73 
 
 
110 aa  103  6e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0655449 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  45.05 
 
 
792 aa  103  7e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2494  signal transduction histidine kinase-like protein  43.1 
 
 
1317 aa  103  8e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.206751 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3564  histidine kinase  37.6 
 
 
544 aa  103  9e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03166  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.24 
 
 
959 aa  102  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  38.89 
 
 
760 aa  102  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01426  histidine kinase  41.67 
 
 
507 aa  102  2e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.643455  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.67 
 
 
890 aa  101  3e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0384  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.85 
 
 
1692 aa  101  4e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1159  PAS:GGDEF  41.3 
 
 
748 aa  100  5e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1348  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  41.3 
 
 
763 aa  100  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4105  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.95 
 
 
888 aa  100  7e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6934  signal transduction histidine kinase  34.25 
 
 
375 aa  100  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0476013  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0554  sensory box protein  36.51 
 
 
463 aa  98.6  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5540  sensory box histidine kinase  40.35 
 
 
411 aa  99  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0588  sensory box protein  36.51 
 
 
463 aa  97.8  4e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0376  putative PAS/PAC sensor protein  38.69 
 
 
408 aa  96.3  1e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000066026  normal  0.449331 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5263  hypothetical protein  38.28 
 
 
345 aa  96.7  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4511  putative PAS/PAC sensor protein  42.98 
 
 
164 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3604  signal transduction histidine kinase  41.94 
 
 
354 aa  95.1  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2346  hypothetical protein  45.74 
 
 
364 aa  95.9  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.57 
 
 
812 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0623  signal transduction histidine kinase  43.69 
 
 
334 aa  95.5  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.528714 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.76 
 
 
1238 aa  95.1  3e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3280  PAS sensor protein  41.94 
 
 
354 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4037  PAS sensor protein  36.97 
 
 
366 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.221223 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4519  signal transduction histidine kinase  35.66 
 
 
366 aa  94.7  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175783  normal  0.446714 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>