More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_1220 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_1220  Rhomboid family protein  100 
 
 		 228 aa  454  1e-127  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.231981 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2078  rhomboid family protein  69.82 
 
 		 226 aa  308  6.999999999999999e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.347543  normal  0.269308 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2019  rhomboid family protein  68.02 
 
 		 226 aa  278  4e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.334479  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  59.09 
 
 		 220 aa  237  1e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  48.61 
 
 		 220 aa  188  5.999999999999999e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  48.84 
 
 		 232 aa  187  9e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1609  rhomboid family protein  48.15 
 
 		 220 aa  186  2e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  49.03 
 
 		 273 aa  185  6e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  49.26 
 
 		 264 aa  182  4.0000000000000006e-45  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  48.34 
 
 		 283 aa  181  1e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  43.51 
 
 		 276 aa  179  2.9999999999999997e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  42.54 
 
 		 273 aa  176  2e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  45.61 
 
 		 273 aa  176  3e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  46.12 
 
 		 278 aa  175  6e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  57.69 
 
 		 224 aa  174  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0665  rhomboid family protein  42.92 
 
 		 200 aa  159  3e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1130  integral membrane protein  43.87 
 
 		 196 aa  158  8e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.283045  normal  0.0126937 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1772  hypothetical protein  42.33 
 
 		 238 aa  149  3e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.884699 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5548  Rhomboid family protein  40.58 
 
 		 198 aa  145  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  38.05 
 
 		 234 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  39.5 
 
 		 197 aa  138  6e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_002950  PG1404  rhomboid family protein  40.85 
 
 		 238 aa  132  6e-30  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.334243 
 
 
-
 
NC_003296  RS02331  hypothetical protein  42.79 
 
 		 197 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00930848 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07075  rhomboid family protein  31.37 
 
 		 247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1572  S54 family peptidase  37.67 
 
 		 260 aa  122  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.013038  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1485  S54 family peptidase  37.67 
 
 		 260 aa  122  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0631033  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0073  peptidase  37.67 
 
 		 229 aa  122  5e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.104712  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0482  Rhomboid family protein  33.61 
 
 		 241 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1192  S54 family peptidase  39.8 
 
 		 202 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.970208  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1039  serine protease  39.8 
 
 		 202 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224714  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0021  S54 family peptidase  39.8 
 
 		 202 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0391  S54 family peptidase  39.8 
 
 		 202 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5568  Rhomboid family protein  34.09 
 
 		 259 aa  117  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0210  rhomboid family protein  32.54 
 
 		 249 aa  117  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2146  Rhomboid family protein  33.65 
 
 		 258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000095331  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4542  Rhomboid family protein  41.23 
 
 		 197 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483276 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4409  Rhomboid family protein  41.23 
 
 		 197 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.824835 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4665  rhomboid-like protein  36.32 
 
 		 285 aa  111  7.000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3810  Rhomboid family protein  56.96 
 
 		 261 aa  95.9  5e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.450903  normal  0.184474 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0633  hypothetical protein  58.14 
 
 		 263 aa  90.9  1e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  35.26 
 
 		 209 aa  87.4  1e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0015  rhomboid family membrane protein  29.21 
 
 		 264 aa  87  2e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  28.92 
 
 		 263 aa  83.6  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1155  rhomboid-like protein  38.97 
 
 		 155 aa  81.6  0.000000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  34.59 
 
 		 249 aa  80.9  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  32.52 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  34.52 
 
 		 267 aa  79  0.00000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  30.63 
 
 		 232 aa  78.6  0.00000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  30.41 
 
 		 237 aa  77.4  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1000  rhomboid family protein  33.12 
 
 		 247 aa  77  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0762405 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0861  Rhomboid family protein  46.07 
 
 		 277 aa  76.3  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0278  rhomboid family protein  34.44 
 
 		 202 aa  75.9  0.0000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0305  rhomboid-like protein  36.31 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  30.68 
 
 		 246 aa  75.9  0.0000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  29.15 
 
 		 207 aa  75.5  0.0000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  34.3 
 
 		 237 aa  75.1  0.0000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0312  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 206 aa  74.7  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000705799  hitchhiker  0.00414604 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13218  hypothetical protein  33.81 
 
 		 216 aa  73.9  0.000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  30.94 
 
 		 231 aa  73.9  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  31.17 
 
 		 248 aa  73.2  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  28.23 
 
 		 231 aa  72  0.000000000008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  30.82 
 
 		 279 aa  70.5  0.00000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1301  rhomboid family protein  32.92 
 
 		 205 aa  70.9  0.00000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  31.55 
 
 		 247 aa  70.1  0.00000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  29.41 
 
 		 303 aa  70.1  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1200  rhomboid family protein  31.51 
 
 		 258 aa  69.7  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.302256  normal  0.536903 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  30.65 
 
 		 239 aa  69.7  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  30.18 
 
 		 231 aa  70.1  0.00000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  26.84 
 
 		 252 aa  70.1  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  30.35 
 
 		 444 aa  69.7  0.00000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  33.97 
 
 		 237 aa  68.9  0.00000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2337  rhomboid family protein  31.63 
 
 		 238 aa  68.9  0.00000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.218198  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  30.91 
 
 		 260 aa  68.9  0.00000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2304  Rhomboid family protein  37.04 
 
 		 203 aa  68.6  0.00000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0147214  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  31.94 
 
 		 211 aa  68.6  0.00000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  33.77 
 
 		 246 aa  68.9  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2204  rhomboid-like protein  32.13 
 
 		 251 aa  68.6  0.00000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.138216  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  28.98 
 
 		 252 aa  67.8  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  32.12 
 
 		 554 aa  67.8  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  32.65 
 
 		 222 aa  67.4  0.0000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  35.92 
 
 		 230 aa  67  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0277  Rhomboid family protein  35.2 
 
 		 293 aa  67  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.499185  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  29.49 
 
 		 261 aa  67  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  28.57 
 
 		 211 aa  67  0.0000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  31.36 
 
 		 227 aa  67  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1635  rhomboid family protein  36.84 
 
 		 252 aa  67.8  0.0000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  30.36 
 
 		 234 aa  67  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1012  Rhomboid family protein  35.15 
 
 		 246 aa  66.6  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.555953  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1015  Rhomboid family protein  36.36 
 
 		 246 aa  67  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  30.95 
 
 		 243 aa  66.2  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  32 
 
 		 239 aa  66.2  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6097  Rhomboid family protein  30.12 
 
 		 252 aa  66.2  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0830001 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  30.49 
 
 		 228 aa  66.2  0.0000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  28.05 
 
 		 265 aa  66.2  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1263  Rhomboid family protein  30.72 
 
 		 245 aa  65.9  0.0000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  30.81 
 
 		 241 aa  65.9  0.0000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  32.02 
 
 		 253 aa  65.9  0.0000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  28.66 
 
 		 227 aa  65.9  0.0000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  29.3 
 
 		 218 aa  65.9  0.0000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1657  rhomboid family protein  32.89 
 
 		 222 aa  65.9  0.0000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000107341  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>