More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_0965 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013889  TK90_0965  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  100 
 
 
546 aa  1094    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.17468 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2207  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  54.36 
 
 
539 aa  569  1e-161  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0035  NifA subfamily transcriptional regulator  47.41 
 
 
564 aa  507  9.999999999999999e-143  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3111  NifA subfamily transcriptional regulator  48.88 
 
 
547 aa  491  1e-137  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2176  NifA subfamily transcriptional regulator  44.34 
 
 
531 aa  458  1e-127  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000386185  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4849  NifA subfamily transcriptional regulator  45.16 
 
 
566 aa  457  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.728864 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1152  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  46.23 
 
 
534 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0929318 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1311  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.23 
 
 
538 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0530064  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4669  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.79 
 
 
533 aa  442  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1585  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.01 
 
 
553 aa  388  1e-106  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0594  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40 
 
 
529 aa  382  1e-104  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00846378  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1010  NifA subfamily transcriptional regulator  37.31 
 
 
510 aa  370  1e-101  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.502201  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.58 
 
 
543 aa  359  6e-98  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.17 
 
 
544 aa  359  8e-98  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  36.01 
 
 
542 aa  357  2.9999999999999997e-97  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2966  transcriptional regulator NifA  39.77 
 
 
515 aa  355  1e-96  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  35.29 
 
 
549 aa  349  8e-95  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1146  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.48 
 
 
522 aa  349  8e-95  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  38.52 
 
 
545 aa  347  3e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  38.52 
 
 
545 aa  347  3e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  36.6 
 
 
537 aa  344  2e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  35.6 
 
 
537 aa  343  2.9999999999999997e-93  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.29 
 
 
544 aa  343  5e-93  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1445  transcriptional regulator NifA  36.3 
 
 
572 aa  342  1e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  37.16 
 
 
539 aa  340  4e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02780  vanadium nitrogenase sigma54-dependent transcriptional activator, VnfA  38.49 
 
 
522 aa  340  5e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274487  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  37.05 
 
 
507 aa  337  1.9999999999999998e-91  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  34.41 
 
 
545 aa  336  5e-91  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0366  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.64 
 
 
508 aa  336  5.999999999999999e-91  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1570  transcriptional regulator NifA  36.45 
 
 
569 aa  335  1e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.840602  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3032  NifA subfamily transcriptional regulator  39.89 
 
 
532 aa  333  4e-90  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2528  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.94 
 
 
579 aa  332  8e-90  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.6 
 
 
502 aa  331  2e-89  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1487  helix-turn-helix, Fis-type:Nif-specific regulatory protein  37.64 
 
 
549 aa  330  4e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.659732 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  36.59 
 
 
533 aa  326  5e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  36.55 
 
 
508 aa  326  8.000000000000001e-88  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1061  transcriptional regulator NifA  36.01 
 
 
582 aa  325  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.798583  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5113  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  36.6 
 
 
584 aa  324  3e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.53 
 
 
561 aa  323  4e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2617  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.02 
 
 
535 aa  322  9.999999999999999e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0957  transcriptional regulator NifA  36.12 
 
 
583 aa  318  2e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3648  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  35.97 
 
 
576 aa  317  3e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.4281 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4475  transcriptional regulator NifA  36.74 
 
 
580 aa  317  3e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.391339 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1204  transcriptional regulator NifA  35.93 
 
 
550 aa  317  3e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.132443  hitchhiker  0.00777378 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  36.94 
 
 
522 aa  316  7e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5933  NifA subfamily transcriptional regulator  34.74 
 
 
580 aa  313  3.9999999999999997e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.088253  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  36.59 
 
 
524 aa  312  1e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1372  transcriptional regulator NifA  33.51 
 
 
593 aa  311  2.9999999999999997e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  35.9 
 
 
525 aa  310  5.9999999999999995e-83  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  34.81 
 
 
517 aa  304  3.0000000000000004e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3529  transcriptional regulator NifA  34.43 
 
 
608 aa  304  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0603248  normal  0.0582265 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3211  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  42 
 
 
535 aa  303  4.0000000000000003e-81  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.050202  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7728  transcriptional regulator NifA  36.6 
 
 
547 aa  301  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0082  transcriptional regulator NifA  36.43 
 
 
597 aa  301  2e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.765061 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0993  transcriptional regulator NifA  34.21 
 
 
600 aa  300  5e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1577  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  34.29 
 
 
581 aa  298  2e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0831  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.89 
 
 
517 aa  295  1e-78  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0724194  normal  0.196373 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26490  sigma54-dependent activator protein  36.15 
 
 
485 aa  294  4e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.593646  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33440  sigma54-dependent activator protein  34.61 
 
 
493 aa  292  1e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0764  transcriptional regulator NifA  34.83 
 
 
511 aa  291  2e-77  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.5 
 
 
461 aa  291  2e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0590  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.3 
 
 
440 aa  289  7e-77  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.5 
 
 
461 aa  289  9e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.97 
 
 
472 aa  289  1e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.45 
 
 
442 aa  289  1e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  45.5 
 
 
461 aa  287  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3413  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.14 
 
 
453 aa  288  2.9999999999999996e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.5 
 
 
461 aa  287  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  45.5 
 
 
461 aa  287  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.5 
 
 
461 aa  287  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4454  transcriptional regulatory protein ZraR  47.18 
 
 
441 aa  287  4e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.209341  hitchhiker  0.000519331 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  42.28 
 
 
455 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2124  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.34 
 
 
474 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0345179 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  44.48 
 
 
624 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03881  fused DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ZraS: response regulator/sigma54 interaction protein  46.88 
 
 
441 aa  284  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0124745  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3475  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.69 
 
 
453 aa  284  3.0000000000000004e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0804749 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4549  transcriptional regulatory protein ZraR  46.88 
 
 
441 aa  284  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000369022  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4497  transcriptional regulatory protein ZraR  46.88 
 
 
441 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000279415  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03834  hypothetical protein  46.88 
 
 
441 aa  284  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0118236  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4021  transcriptional regulatory protein ZraR  46.88 
 
 
441 aa  284  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0128092  normal  0.0227655 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.21 
 
 
723 aa  283  4.0000000000000003e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1994  two component signal transduction response regulator  48.54 
 
 
477 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3989  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.88 
 
 
441 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.716922  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2845  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.72 
 
 
454 aa  282  9e-75  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0608  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  33.08 
 
 
527 aa  281  2e-74  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000979337 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5475  transcriptional regulatory protein ZraR  46.88 
 
 
441 aa  281  3e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.33 
 
 
495 aa  280  3e-74  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1505  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  33.92 
 
 
522 aa  281  3e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.034794  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0393  transcriptional regulator NifA  34.97 
 
 
627 aa  281  3e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4238  transcriptional regulatory protein ZraR  46.02 
 
 
441 aa  280  4e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.020936  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.98 
 
 
466 aa  280  4e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.84 
 
 
473 aa  280  5e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.31 
 
 
470 aa  280  6e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.6 
 
 
454 aa  280  6e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0437  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.92 
 
 
490 aa  278  1e-73  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.25 
 
 
473 aa  279  1e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.25 
 
 
473 aa  279  1e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.41 
 
 
454 aa  278  2e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4004  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  32.13 
 
 
599 aa  278  2e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0874  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.41 
 
 
464 aa  278  2e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.593832  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>