More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_0643 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013889  TK90_0643  geranylgeranyl reductase  100 
 
 
360 aa  734  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.770726  normal  0.124546 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2205  geranylgeranyl reductase  69.8 
 
 
363 aa  481  1e-135  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2172  geranylgeranyl reductase  54.52 
 
 
353 aa  330  3e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.328813  decreased coverage  7.12182e-10 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2544  geranylgeranyl reductase family protein  54.52 
 
 
353 aa  330  3e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0444  geranylgeranyl reductase  37.79 
 
 
341 aa  191  2e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0807  geranylgeranyl reductase  33.05 
 
 
348 aa  188  1e-46  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00458422  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  29.61 
 
 
396 aa  156  5e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1711  geranylgeranyl reductase  33.43 
 
 
365 aa  135  9e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  27.69 
 
 
391 aa  129  8e-29  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  29.36 
 
 
390 aa  124  3e-27  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1392  excinuclease ABC subunit C  29.91 
 
 
382 aa  119  6e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0201698  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0303  geranylgeranyl reductase  29.35 
 
 
396 aa  119  7e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.411579  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  28.21 
 
 
395 aa  119  1e-25  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  28.57 
 
 
390 aa  117  2e-25  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0522  geranylgeranyl reductase  29.23 
 
 
390 aa  117  3e-25  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  27.22 
 
 
406 aa  115  1e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1386  geranylgeranyl reductase  28.65 
 
 
390 aa  113  4e-24  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0671  geranylgeranyl reductase  29.92 
 
 
381 aa  112  1e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.421353  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  28.87 
 
 
408 aa  111  2e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0114  FAD dependent oxidoreductase  30.64 
 
 
399 aa  105  8e-22  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00154267  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0962  geranylgeranyl reductase  33.05 
 
 
399 aa  104  3e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.493163  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0044  geranylgeranyl reductase  28.34 
 
 
380 aa  103  5e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  28.79 
 
 
379 aa  103  5e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3422  geranylgeranyl reductase  29.81 
 
 
407 aa  103  6e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.351163 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0029  geranylgeranyl reductase  27.73 
 
 
380 aa  100  4e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0035  geranylgeranyl reductase  28.02 
 
 
380 aa  99.4  9e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.916237  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2633  geranylgeranyl reductase  30.98 
 
 
421 aa  98.6  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0864  geranylgeranyl reductase  24.04 
 
 
396 aa  98.2  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  7.99674e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  30.97 
 
 
384 aa  97.1  4e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0431  PUA domain-containing protein  31.25 
 
 
397 aa  97.1  4e-19  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0718  geranylgeranyl reductase  28.32 
 
 
387 aa  95.9  9e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0044  geranylgeranyl reductase  27.76 
 
 
391 aa  95.5  1e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.345503  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1920  geranylgeranyl reductase  29.86 
 
 
394 aa  94.4  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.571775 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0277  geranylgeranyl hydrogenase  29.86 
 
 
394 aa  94.4  3e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  30.99 
 
 
431 aa  92.8  8e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1945  geranylgeranyl reductase  30.51 
 
 
398 aa  92.4  1e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0810  geranylgeranyl reductase  26.63 
 
 
384 aa  92  1e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0236364  normal  0.332437 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0023  geranylgeranyl reductase  28.53 
 
 
379 aa  91.7  2e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0136897  hitchhiker  0.00371909 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1077  geranylgeranyl reductase  25.29 
 
 
399 aa  91.3  3e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0240225  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  25.07 
 
 
382 aa  91.3  3e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1774  FAD dependent oxidoreductase  28.12 
 
 
369 aa  90.5  5e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.496071 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3265  geranylgeranyl reductase  29.66 
 
 
406 aa  89.7  6e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0200135 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0714  geranylgeranyl reductase  27.13 
 
 
386 aa  89.7  7e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2702  geranylgeranyl reductase  27.89 
 
 
401 aa  87.8  2e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  27.45 
 
 
389 aa  87.8  3e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3751  geranylgeranyl reductase  28.44 
 
 
406 aa  87.8  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0101048  hitchhiker  0.000524672 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0022  geranylgeranyl reductase  26.6 
 
 
380 aa  87.8  3e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1123  geranylgeranyl reductase  29.04 
 
 
402 aa  87.4  4e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  31.64 
 
 
434 aa  86.7  5e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0506  geranylgeranyl reductase  29.41 
 
 
398 aa  86.7  6e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  30.14 
 
 
418 aa  86.3  8e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  27.41 
 
 
376 aa  86.3  8e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0631  geranylgeranyl reductase  26.22 
 
 
402 aa  85.5  1e-15  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0016  geranylgeranyl reductase  27.52 
 
 
380 aa  85.1  1e-15  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.828893  normal  0.344079 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  30.45 
 
 
435 aa  84.7  2e-15  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  25.62 
 
 
368 aa  85.1  2e-15  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  27.89 
 
 
398 aa  83.2  6e-15  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  25.41 
 
 
393 aa  83.2  7e-15  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2717  geranylgeranyl reductase  30.06 
 
 
443 aa  82.8  9e-15  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1042  geranylgeranyl reductase  30.84 
 
 
388 aa  81.6  2e-14  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  25.08 
 
 
370 aa  81.3  3e-14  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  27.01 
 
 
379 aa  80.9  3e-14  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  29.83 
 
 
423 aa  80.5  4e-14  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  29.41 
 
 
423 aa  80.5  4e-14  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  25.53 
 
 
384 aa  80.1  5e-14  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1447  geranylgeranyl reductase  21.75 
 
 
392 aa  80.1  6e-14  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.134641  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  26.06 
 
 
387 aa  80.1  6e-14  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0508  geranylgeranyl reductase  29.34 
 
 
376 aa  79.7  7e-14  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3528  geranylgeranyl reductase  30.06 
 
 
394 aa  79.7  7e-14  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.673829 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1018  geranylgeranyl reductase  31.31 
 
 
394 aa  79.3  9e-14  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.175097  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  25.42 
 
 
393 aa  79.3  1e-13  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0472  geranylgeranyl reductase  23.53 
 
 
385 aa  79  1e-13  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.730289  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1220  dehydrogenase (flavoprotein)-like protein  24.48 
 
 
378 aa  79  1e-13  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  27.93 
 
 
403 aa  78.6  2e-13  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  27.24 
 
 
434 aa  78.2  2e-13  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  27.48 
 
 
398 aa  77.8  3e-13  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  27.95 
 
 
425 aa  77.4  3e-13  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  29.58 
 
 
423 aa  75.9  1e-12  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  29.41 
 
 
426 aa  75.5  1e-12  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5367  geranylgeranyl reductase  30.15 
 
 
397 aa  74.3  3e-12  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.707854 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4822  geranylgeranyl reductase  30 
 
 
397 aa  74.3  3e-12  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.47928  normal  0.0333239 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0365  geranylgeranyl reductase  21.94 
 
 
386 aa  73.9  4e-12  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.230405  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5289  geranylgeranyl reductase  30 
 
 
397 aa  73.6  5e-12  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.683475  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  26.38 
 
 
385 aa  73.6  5e-12  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1854  geranylgeranyl reductase  28.81 
 
 
408 aa  73.2  6e-12  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0189229 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  29.19 
 
 
445 aa  73.6  6e-12  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1273  geranylgeranyl reductase  29.91 
 
 
457 aa  73.2  7e-12  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0661  geranylgeranyl reductase  24.53 
 
 
375 aa  73.2  7e-12  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1166  geranylgeranyl reductase  28.43 
 
 
385 aa  72.8  9e-12  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.355185  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2063  geranylgeranyl reductase  31.25 
 
 
399 aa  72.4  1e-11  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.104109 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  27.01 
 
 
424 aa  72.8  1e-11  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  25.77 
 
 
376 aa  72  2e-11  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  28.25 
 
 
378 aa  71.6  2e-11  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  4.24296e-05 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  29.56 
 
 
400 aa  71.6  2e-11  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  26.98 
 
 
413 aa  70.9  3e-11  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1696  geranylgeranyl reductase  26.11 
 
 
459 aa  70.9  3e-11  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07370  geranylgeranyl reductase family protein  28.77 
 
 
431 aa  71.2  3e-11  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0284516 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3460  geranylgeranyl reductase  27.03 
 
 
362 aa  70.1  5e-11  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  29.34 
 
 
430 aa  69.7  8e-11  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3481  geranylgeranyl reductase  24.55 
 
 
374 aa  69.3  9e-11  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>