259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_0548 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013889  TK90_0548  ribose 5-phosphate isomerase  100 
 
 
220 aa  442  1e-123  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.231532  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2364  ribose-5-phosphate isomerase A  70.64 
 
 
218 aa  317  9e-86  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.760818  normal  0.131374 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2775  ribose 5-phosphate isomerase  71.43 
 
 
218 aa  315  4e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124972  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0436  ribose-5-phosphate isomerase A  68.66 
 
 
219 aa  310  1e-83  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0086  ribose-5-phosphate isomerase A  66.36 
 
 
221 aa  305  4e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0315  ribose-5-phosphate isomerase A  66.07 
 
 
224 aa  301  4e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5057  ribose-5-phosphate isomerase A  66.07 
 
 
224 aa  300  1e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0837003  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5150  ribose-5-phosphate isomerase A  66.07 
 
 
224 aa  300  1e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.379246 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5203  ribose-5-phosphate isomerase A  66.07 
 
 
224 aa  299  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5382  ribose-5-phosphate isomerase A  65.62 
 
 
224 aa  297  9e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0547786 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4223  ribose-5-phosphate isomerase A  67.87 
 
 
237 aa  297  9e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3389  ribose-5-phosphate isomerase A  66.36 
 
 
220 aa  296  1e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3508  ribose-5-phosphate isomerase A  67.91 
 
 
218 aa  295  3e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.846939  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0129  ribose-5-phosphate isomerase A  66.21 
 
 
219 aa  295  3e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1176  ribose-5-phosphate isomerase A  67.89 
 
 
219 aa  295  4e-79  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0898  ribose-5-phosphate isomerase A  67.91 
 
 
218 aa  294  9e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  8.72466e-05 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2931  ribose-5-phosphate isomerase A  65.91 
 
 
220 aa  293  1e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.195055  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5289  ribose 5-phosphate isomerase  65.32 
 
 
223 aa  293  1e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1150  ribose-5-phosphate isomerase A  66.21 
 
 
219 aa  292  2e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2667  ribose-5-phosphate isomerase A  64.55 
 
 
220 aa  292  3e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48280  Ribose 5-phosphate isomerase  65.16 
 
 
226 aa  292  3e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0978  ribose-5-phosphate isomerase A  66.21 
 
 
219 aa  292  3e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0974  ribose-5-phosphate isomerase A  66.21 
 
 
219 aa  292  3e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.461351 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1012  ribose-5-phosphate isomerase A  66.21 
 
 
219 aa  292  3e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.689272 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3514  ribose-5-phosphate isomerase A  65.45 
 
 
220 aa  291  4e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.163527 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1064  ribose-5-phosphate isomerase A  65.45 
 
 
220 aa  291  4e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00884107 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3293  ribose-5-phosphate isomerase A  65.45 
 
 
220 aa  291  4e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.272189  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0955  ribose-5-phosphate isomerase A  65.44 
 
 
218 aa  290  8e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0147  ribose-5-phosphate isomerase A  64.19 
 
 
220 aa  290  1e-77  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000234877  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2178  ribose-5-phosphate isomerase A  64.19 
 
 
220 aa  290  1e-77  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  3.60334e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22160  Ribose 5-phosphate isomerase  66.97 
 
 
224 aa  290  1e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04310  ribose-5-phosphate isomerase A  65.02 
 
 
223 aa  289  2e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  1.20698e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4847  ribose-5-phosphate isomerase A  63.96 
 
 
223 aa  288  3e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0422  ribose-5-phosphate isomerase A  64.57 
 
 
223 aa  288  4e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.374257  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0816  ribose-5-phosphate isomerase A  63.3 
 
 
219 aa  288  6e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0695  ribose 5-phosphate isomerase  63.43 
 
 
220 aa  286  2e-76  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1545  ribose-5-phosphate isomerase A  64.65 
 
 
218 aa  286  2e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0825  ribose-5-phosphate isomerase A  66.05 
 
 
219 aa  285  3e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0355  ribose-5-phosphate isomerase A  66.36 
 
 
218 aa  285  3e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.991442  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1568  ribose-5-phosphate isomerase A  64.55 
 
 
220 aa  282  2e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  2.02684e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0601  ribose 5-phosphate isomerase  63.59 
 
 
218 aa  282  3e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1092  ribose-5-phosphate isomerase A  63.76 
 
 
219 aa  282  4e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.981456  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3437  ribose-5-phosphate isomerase A  62.9 
 
 
225 aa  281  5e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.741075  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4136  ribose 5-phosphate isomerase  64.25 
 
 
223 aa  280  1e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00349227  hitchhiker  1.66181e-09 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3560  ribose-5-phosphate isomerase A  62.44 
 
 
232 aa  277  1e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1526  ribose-5-phosphate isomerase A  64.09 
 
 
220 aa  276  2e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0848  ribose-5-phosphate isomerase A  62.84 
 
 
219 aa  275  4e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.611603  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03555  ribose-5-phosphate isomerase A  66.67 
 
 
218 aa  274  7e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3924  ribose-5-phosphate isomerase A  64.19 
 
 
239 aa  274  9e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.266536  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0779  ribose 5-phosphate isomerase  61.29 
 
 
219 aa  272  3e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.142917  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02745  ribose-5-phosphate isomerase A  61.29 
 
 
219 aa  272  3e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.190992  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3047  ribose-5-phosphate isomerase A  61.29 
 
 
219 aa  272  3e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00457435  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3334  ribose-5-phosphate isomerase A  61.29 
 
 
219 aa  272  3e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0378639  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02708  hypothetical protein  61.29 
 
 
219 aa  272  3e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.177215  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3072  ribose-5-phosphate isomerase A  61.29 
 
 
219 aa  272  3e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0011211  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4210  ribose-5-phosphate isomerase A  61.29 
 
 
219 aa  272  3e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0549701  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3241  ribose-5-phosphate isomerase A  61.29 
 
 
219 aa  272  3e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0308705  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0796  ribose-5-phosphate isomerase A  61.29 
 
 
219 aa  272  3e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.527616  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2542  ribose-5-phosphate isomerase A  64.52 
 
 
218 aa  271  8e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002480  ribose 5-phosphate isomerase A  65.73 
 
 
218 aa  270  1e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00368346  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2736  ribose-5-phosphate isomerase A  65.3 
 
 
219 aa  268  4e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03207  ribose-5-phosphate isomerase A  65.12 
 
 
220 aa  268  5e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.335569  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3877  ribose-5-phosphate isomerase A  62.21 
 
 
238 aa  267  7e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3333  ribose-5-phosphate isomerase A  61.29 
 
 
231 aa  266  1e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243881  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2056  ribose-5-phosphate isomerase A  64.79 
 
 
218 aa  265  3e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000849677  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0855  ribose-5-phosphate isomerase A  61.4 
 
 
218 aa  263  1e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000367757  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0858  ribose-5-phosphate isomerase A  61.4 
 
 
218 aa  263  1e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3822  ribose-5-phosphate isomerase A  61.4 
 
 
218 aa  263  1e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0108055  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3683  ribose-5-phosphate isomerase A  61.29 
 
 
219 aa  263  2e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0519  ribose 5-phosphate isomerase  60.93 
 
 
220 aa  260  1e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0560  ribose 5-phosphate isomerase  59.09 
 
 
220 aa  258  5e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3387  ribose-5-phosphate isomerase A  63.47 
 
 
226 aa  256  3e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.568602 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0123  ribose-5-phosphate isomerase A  58.8 
 
 
219 aa  253  1e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1232  ribose-5-phosphate isomerase A  59.82 
 
 
228 aa  251  4e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0408833  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0629  ribose 5-phosphate isomerase A  57.99 
 
 
219 aa  251  4e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0779  ribose 5-phosphate isomerase  57.99 
 
 
219 aa  251  4e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3283  ribose-5-phosphate isomerase A  61.65 
 
 
215 aa  250  1e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0717446  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1168  ribose-5-phosphate isomerase A  59.38 
 
 
228 aa  249  2e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00449603  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1076  ribose-5-phosphate isomerase A  58.93 
 
 
228 aa  248  4e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.956301  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02384  ribose-5-phosphate isomerase A  63.11 
 
 
215 aa  247  1e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0960  ribose-5-phosphate isomerase A  59.9 
 
 
215 aa  246  2e-64  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0969642  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2088  ribose-5-phosphate isomerase A  57.59 
 
 
228 aa  246  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.315604 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0019  ribose-5-phosphate isomerase A  59.01 
 
 
237 aa  244  6e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.199344  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0842  ribose-5-phosphate isomerase A  59.42 
 
 
237 aa  244  9e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0647  ribose-5-phosphate isomerase A  53.42 
 
 
223 aa  240  1e-62  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.807989  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0093  ribose-5-phosphate isomerase A  60.3 
 
 
216 aa  238  5e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0108  ribose-5-phosphate isomerase A  59.8 
 
 
216 aa  237  8e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2134  ribose-5-phosphate isomerase A  55.76 
 
 
219 aa  234  7e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.213318  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0956  ribose-5-phosphate isomerase A  58.91 
 
 
219 aa  233  1e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0779  ribose-5-phosphate isomerase A  55.56 
 
 
219 aa  233  1e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269895  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1462  ribose-5-phosphate isomerase A  58.05 
 
 
219 aa  233  2e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2156  ribose-5-phosphate isomerase A  56.56 
 
 
243 aa  231  6e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1743  ribose-5-phosphate isomerase A  55.75 
 
 
231 aa  229  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1973  ribose-5-phosphate isomerase A  55.75 
 
 
231 aa  229  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0149  ribose-5-phosphate isomerase A  55.75 
 
 
231 aa  229  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0689816  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1803  ribose-5-phosphate isomerase A  55.75 
 
 
231 aa  229  2e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.488572  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1017  ribose-5-phosphate isomerase A  55.75 
 
 
231 aa  229  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0237346  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1820  ribose-5-phosphate isomerase A  55.75 
 
 
231 aa  229  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1260  ribose-5-phosphate isomerase A  55.75 
 
 
235 aa  229  2e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2516  ribose-5-phosphate isomerase A  54.87 
 
 
235 aa  229  3e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0426683  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>