More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_0174 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 		 541 aa  1076    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  50.58 
 
 		 659 aa  511  1e-144  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  50.58 
 
 		 659 aa  511  1e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  47.66 
 
 		 551 aa  497  1e-139  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  49.53 
 
 		 545 aa  492  9.999999999999999e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  52.07 
 
 		 530 aa  491  1e-137  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  55.17 
 
 		 660 aa  483  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  49.21 
 
 		 526 aa  483  1e-135  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  49.51 
 
 		 542 aa  484  1e-135  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  49.52 
 
 		 538 aa  480  1e-134  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  54.16 
 
 		 668 aa  478  1e-134  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  51.02 
 
 		 685 aa  478  1e-134  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  49.71 
 
 		 550 aa  478  1e-133  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  53.64 
 
 		 673 aa  476  1e-133  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  47.48 
 
 		 667 aa  476  1e-133  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  52.27 
 
 		 524 aa  476  1e-133  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  47.63 
 
 		 657 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  53.05 
 
 		 661 aa  474  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  54.66 
 
 		 658 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  54.45 
 
 		 658 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  54.66 
 
 		 658 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  51.69 
 
 		 664 aa  470  1.0000000000000001e-131  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  54.66 
 
 		 658 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  51.45 
 
 		 661 aa  471  1.0000000000000001e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  49.81 
 
 		 667 aa  466  9.999999999999999e-131  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  49.2 
 
 		 538 aa  467  9.999999999999999e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  44.17 
 
 		 606 aa  466  9.999999999999999e-131  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  49.81 
 
 		 667 aa  466  9.999999999999999e-131  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  54.45 
 
 		 658 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  49.44 
 
 		 667 aa  463  1e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  53.44 
 
 		 658 aa  463  1e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  49.63 
 
 		 667 aa  464  1e-129  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  53.44 
 
 		 658 aa  462  1e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  48.78 
 
 		 656 aa  460  9.999999999999999e-129  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  53.24 
 
 		 658 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000908403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  48.8 
 
 		 661 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  52.53 
 
 		 658 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  47.78 
 
 		 556 aa  458  1e-127  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  47.07 
 
 		 682 aa  453  1.0000000000000001e-126  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  47.93 
 
 		 637 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  47.65 
 
 		 661 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  47.3 
 
 		 583 aa  454  1.0000000000000001e-126  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  46.33 
 
 		 660 aa  451  1e-125  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  47.49 
 
 		 567 aa  448  1.0000000000000001e-124  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5374  choline/carnitine/betaine transporter family protein  46.73 
 
 		 567 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.985383  normal  0.22306 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  47.97 
 
 		 523 aa  444  1e-123  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  45.74 
 
 		 682 aa  442  9.999999999999999e-123  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0240  choline/carnitine/betaine transporter  47.61 
 
 		 662 aa  439  9.999999999999999e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3107  choline/carnitine/betaine transporter  47.95 
 
 		 539 aa  441  9.999999999999999e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1337  choline/carnitine/betaine transport  49.39 
 
 		 687 aa  436  1e-121  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1077  choline/carnitine/betaine transport  47.66 
 
 		 682 aa  435  1e-121  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.892042  normal  0.109945 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  45.66 
 
 		 573 aa  437  1e-121  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001291  choline/carnitine/betaine transporter family protein  43.45 
 
 		 578 aa  435  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.335478  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0309  choline/carnitine/betaine transporter  46.34 
 
 		 552 aa  432  1e-120  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.670789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  44.86 
 
 		 490 aa  429  1e-119  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0077  choline/carnitine/betaine transporter  50.98 
 
 		 546 aa  429  1e-119  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01511  putative high-affinity choline transport protein  48.68 
 
 		 676 aa  428  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  43.85 
 
 		 646 aa  424  1e-117  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1055  choline/carnitine/betaine transporter  48.77 
 
 		 520 aa  423  1e-117  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.144567  normal  0.0392371 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  44.53 
 
 		 698 aa  423  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  44.56 
 
 		 503 aa  421  1e-116  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  45.71 
 
 		 676 aa  420  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  44.89 
 
 		 506 aa  422  1e-116  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  46.69 
 
 		 673 aa  421  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2003  choline/carnitine/betaine transport family protein  45.28 
 
 		 535 aa  416  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  43.6 
 
 		 529 aa  417  9.999999999999999e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2645  choline transport protein BetT  45.53 
 
 		 684 aa  418  9.999999999999999e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00290709  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  42.26 
 
 		 546 aa  413  1e-114  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3436  choline/carnitine/betaine transporter  48.31 
 
 		 526 aa  414  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.97143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  44.44 
 
 		 676 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2119  betaine/carnitine/choline transporter family protein  46.73 
 
 		 524 aa  415  1e-114  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2667  choline/carnitine/betaine transporter  41.81 
 
 		 606 aa  413  1e-114  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  43.41 
 
 		 508 aa  414  1e-114  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  44.81 
 
 		 606 aa  409  1e-113  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  44.66 
 
 		 691 aa  411  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  45.86 
 
 		 676 aa  409  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  45.27 
 
 		 498 aa  412  1e-113  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2125  choline/carnitine/betaine transport  44.44 
 
 		 549 aa  410  1e-113  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13950  choline/carnitine/betaine transport  41.65 
 
 		 568 aa  410  1e-113  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1410  choline/carnitine/betaine transporter  41.32 
 
 		 548 aa  410  1e-113  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000212445  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10935  glycine betaine transport integral membrane protein betP  48.83 
 
 		 593 aa  410  1e-113  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1437  choline/carnitine/betaine transporter  41.32 
 
 		 548 aa  410  1e-113  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000110122  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1851  choline/carnitine/betaine transporter  41.71 
 
 		 543 aa  411  1e-113  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.993809  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04020  choline/carnitine/betaine transport  43.05 
 
 		 609 aa  407  1.0000000000000001e-112  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0187444  normal  0.0477577 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3341  choline/carnitine/betaine transporter  44.4 
 
 		 637 aa  402  1e-111  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  42.6 
 
 		 494 aa  404  1e-111  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0835  choline/carnitine/betaine transporter  41.98 
 
 		 574 aa  404  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0407  BCCT family transporter  44 
 
 		 716 aa  403  1e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0234  BCCT family transporter  44 
 
 		 716 aa  403  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1364  BCCT family transporter  45.06 
 
 		 676 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1774  BCCT family transporter  44.86 
 
 		 676 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0841224  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  43.64 
 
 		 584 aa  402  9.999999999999999e-111  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000857259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2029  choline/carnitine/betaine transporter  42.86 
 
 		 558 aa  400  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0971  choline/carnitine/betaine transporter  45.06 
 
 		 676 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.745252  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0328  choline/carnitine/betaine transporter  44.86 
 
 		 676 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.140196  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1859  BCCT family transporter  45.06 
 
 		 676 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  44.28 
 
 		 497 aa  401  9.999999999999999e-111  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4210  choline/carnitine/betaine transport  44.44 
 
 		 676 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157306  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  41.98 
 
 		 534 aa  399  9.999999999999999e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4156  choline/carnitine/betaine transporter  44.44 
 
 		 676 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87836  normal  0.0109397 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>