More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_0096 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_1322  UvrD/REP helicase  45.94 
 
 
840 aa  664  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3979  DNA-dependent helicase II  57.84 
 
 
720 aa  851  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0053327  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1715  UvrD/REP helicase  46.6 
 
 
787 aa  655  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3385  DNA-dependent helicase II  57.86 
 
 
726 aa  861  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0742  DNA helicase II  46.19 
 
 
787 aa  659  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1692  DNA helicase II  46.32 
 
 
787 aa  660  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1670  DNA helicase II  46.07 
 
 
787 aa  657  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  56.37 
 
 
722 aa  841  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2767  UvrD/REP helicase  47.46 
 
 
848 aa  662  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.053662 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3373  DNA-dependent helicase II  57.05 
 
 
722 aa  846  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4513  DNA-dependent helicase II  58.56 
 
 
727 aa  820  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  56.23 
 
 
722 aa  840  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  59.23 
 
 
728 aa  836  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4444  UvrD/REP helicase  57.3 
 
 
737 aa  838  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.805765  normal  0.0453578 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2677  UvrD/REP helicase  48.18 
 
 
826 aa  674  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  59.92 
 
 
728 aa  852  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  59.95 
 
 
726 aa  833  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2571  DNA-dependent helicase II  55.57 
 
 
723 aa  835  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1536  UvrD/REP helicase  47.42 
 
 
809 aa  671  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0421  DNA helicase II  46.19 
 
 
787 aa  659  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1142  ATP-dependent DNA helicase UvrD  48.45 
 
 
788 aa  670  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.140222 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0236  DNA-dependent helicase II  57.86 
 
 
720 aa  849  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  58.4 
 
 
721 aa  862  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  58.37 
 
 
720 aa  863  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0187  DNA-dependent helicase II  58.13 
 
 
720 aa  852  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276236  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3971  DNA-dependent helicase II  56.91 
 
 
720 aa  847  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  57.2 
 
 
722 aa  851  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1442  UvrD/REP helicase  46.16 
 
 
787 aa  665  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  59.37 
 
 
728 aa  835  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0008  UvrD/REP helicase  50.61 
 
 
723 aa  738  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.680024  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2047  UvrD/REP helicase  46.16 
 
 
786 aa  647  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  58.23 
 
 
720 aa  862  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2424  UvrD/REP helicase  57.9 
 
 
725 aa  789  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1696  UvrD/REP helicase  47.4 
 
 
793 aa  647  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.99054 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1461  DNA helicase II  46.19 
 
 
787 aa  659  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.564541  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3324  ATP-dependent DNA helicase UvrD  48.18 
 
 
816 aa  676  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0235629 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1474  UvrD/REP helicase  45.11 
 
 
781 aa  642  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.517963 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1916  ATP-dependent DNA helicase UvrD  47.86 
 
 
818 aa  670  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.28639  hitchhiker  0.00561083 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  56.27 
 
 
726 aa  832  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0080  DNA helicase II  66.71 
 
 
721 aa  951  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0209  DNA-dependent helicase II  57.57 
 
 
720 aa  820  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2149  DNA-dependent helicase II  53.87 
 
 
723 aa  778  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0743865  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  56.37 
 
 
722 aa  841  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3101  DNA helicase II  51.37 
 
 
709 aa  690  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.546852  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03230  DNA-dependent helicase II  57.78 
 
 
728 aa  819  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2440  UvrD/REP helicase  46.04 
 
 
786 aa  648  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.605331  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2797  UvrD/REP helicase  45.55 
 
 
783 aa  652  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265943  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1590  UvrD/REP helicase  45.27 
 
 
790 aa  657  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0035  DNA-dependent helicase II  55.41 
 
 
723 aa  797  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.193678  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1363  UvrD/REP helicase  45.94 
 
 
787 aa  664  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.485952 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3947  DNA-dependent helicase II  59.27 
 
 
730 aa  832  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4231  DNA-dependent helicase II  58.37 
 
 
720 aa  863  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0222  DNA-dependent helicase II  56.7 
 
 
734 aa  844  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.211627  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2699  UvrD/REP helicase  51.37 
 
 
709 aa  690  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.506078  hitchhiker  1.13903e-06 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4338  DNA-dependent helicase II  58.37 
 
 
720 aa  863  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4180  DNA-dependent helicase II  58.23 
 
 
720 aa  861  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.328302  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1204  UvrD/REP helicase  51.66 
 
 
744 aa  693  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.948208  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00200  DNA helicase II  56.17 
 
 
723 aa  837  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.105669  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4161  DNA-dependent helicase II  58.37 
 
 
720 aa  863  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4279  DNA-dependent helicase II  58.37 
 
 
720 aa  863  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1433  UvrD/REP helicase  47.1 
 
 
788 aa  653  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.189419 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0043  DNA-dependent helicase II  54.86 
 
 
723 aa  795  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.779926  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5331  UvrD/REP helicase  46.67 
 
 
822 aa  660  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  56.37 
 
 
722 aa  841  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  55.83 
 
 
721 aa  837  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  6.57213e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0186  DNA-dependent helicase II  57.82 
 
 
723 aa  844  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0467  DNA-dependent helicase II  56.19 
 
 
721 aa  829  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  58.53 
 
 
720 aa  862  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  58.39 
 
 
720 aa  862  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00351  DNA-dependent helicase II  55.83 
 
 
724 aa  839  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1873  UvrD/REP helicase  45.75 
 
 
786 aa  659  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340872  normal  0.0203553 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0029  DNA-dependent helicase II  53.87 
 
 
720 aa  775  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1420  UvrD/REP helicase  46.16 
 
 
787 aa  666  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732039  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4498  DNA-dependent helicase II  55.78 
 
 
721 aa  824  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0025295  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  58.73 
 
 
729 aa  848  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.228367 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  58.37 
 
 
720 aa  863  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  58.39 
 
 
720 aa  862  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4007  DNA-dependent helicase II  57.57 
 
 
720 aa  821  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.984144  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  59.37 
 
 
728 aa  849  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0545  DNA-dependent helicase II  57.57 
 
 
720 aa  822  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  58.37 
 
 
720 aa  863  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0563  UvrD/REP helicase  50.2 
 
 
743 aa  701  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0641932  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0363  ATP-dependent DNA helicase UvrD  50.95 
 
 
731 aa  700  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0670143 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1723  ATP-dependent DNA helicase UvrD  44.87 
 
 
825 aa  657  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.410033 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  58.37 
 
 
727 aa  826  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1337  ATP-dependent DNA helicase UvrD  46.1 
 
 
783 aa  655  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  56.79 
 
 
722 aa  845  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1807  DNA-dependent helicase II  54.1 
 
 
721 aa  791  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1806  DNA-dependent helicase II  54.1 
 
 
721 aa  791  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3271  ATP-dependent DNA helicase UvrD  57.86 
 
 
739 aa  799  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2629  ATP-dependent DNA helicase UvrD  46.92 
 
 
787 aa  675  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0417333  normal  0.559326 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0127  DNA helicase II  49.77 
 
 
646 aa  670  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.889231  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3764  DNA-dependent helicase II  55.95 
 
 
724 aa  814  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0864  ATP-dependent DNA helicase UvrD  46.16 
 
 
786 aa  655  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0096  UvrD/REP helicase  100 
 
 
735 aa  1485  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.60003  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0128  DNA-dependent helicase II  54.34 
 
 
741 aa  804  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000143952  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2632  DNA helicase II  45.94 
 
 
787 aa  656  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0599  DNA-dependent helicase II  57.01 
 
 
717 aa  820  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4586  ATP-dependent DNA helicase UvrD  46.04 
 
 
787 aa  667  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.721141 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  58.26 
 
 
727 aa  830  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0598838 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>