More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_0070 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013889  TK90_0070  exodeoxyribonuclease III Xth  100 
 
 
257 aa  535  1e-151  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0109  exodeoxyribonuclease III Xth  64.57 
 
 
261 aa  352  4e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0626468  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0321  exodeoxyribonuclease III  62.89 
 
 
257 aa  349  2e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.323864  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3102  exodeoxyribonuclease III Xth  63.28 
 
 
256 aa  340  1e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0151  exodeoxyribonuclease III  63.14 
 
 
256 aa  339  2e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2780  exodeoxyribonuclease III  63.14 
 
 
256 aa  337  1e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0371  exodeoxyribonuclease III  63.14 
 
 
256 aa  337  1e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0167  exodeoxyribonuclease III  63.14 
 
 
256 aa  337  1e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.580227  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0042  exodeoxyribonuclease III Xth  63.18 
 
 
261 aa  337  1e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.169682 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0036  exodeoxyribonuclease III Xth  63.18 
 
 
261 aa  337  1e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2379  exodeoxyribonuclease III  63.14 
 
 
256 aa  337  1e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.124522  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0186  exodeoxyribonuclease III  63.14 
 
 
256 aa  337  1e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0175  exodeoxyribonuclease III  63.14 
 
 
256 aa  337  1e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2299  exodeoxyribonuclease III  63.14 
 
 
256 aa  337  1e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.87728  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0224  exodeoxyribonuclease III  60.55 
 
 
259 aa  336  3e-91  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.465844  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0331  exodeoxyribonuclease III Xth  61.57 
 
 
259 aa  334  9e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4393  exodeoxyribonucleaseiii xth  61.57 
 
 
259 aa  333  1e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.599259  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0140  putative exodeoxyribonuclease III protein  62.35 
 
 
261 aa  333  2e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3105  exodeoxyribonuclease III Xth  61.96 
 
 
257 aa  332  3e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2491  exodeoxyribonuclease III (xth)  61.96 
 
 
257 aa  332  3e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.510804  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3121  exodeoxyribonuclease III Xth  61.96 
 
 
257 aa  332  3e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.918757 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0057  exodeoxyribonuclease III Xth  62.06 
 
 
259 aa  332  3e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3160  exodeoxyribonuclease III Xth  61.57 
 
 
257 aa  330  1e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0485064  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3043  exodeoxyribonuclease III Xth  61.57 
 
 
257 aa  330  1e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6456  exodeoxyribonuclease III xth  61.57 
 
 
257 aa  330  1e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0403  exodeoxyribonuclease III  57.48 
 
 
259 aa  330  1e-89  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0254  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  60.85 
 
 
259 aa  328  7e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1784  exodeoxyribonuclease III  57.09 
 
 
259 aa  326  3e-88  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0194  AP endonuclease  59.61 
 
 
258 aa  322  4e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0039  exodeoxyribonuclease III Xth  60.24 
 
 
256 aa  316  2e-85  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0685  exodeoxyribonuclease III Xth  56.59 
 
 
260 aa  307  9e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0149  exodeoxyribonuclease III (xth)  59.22 
 
 
258 aa  306  1e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0123  AP endonuclease  59.07 
 
 
259 aa  304  1e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2484  exodeoxyribonuclease III (xth)  57.25 
 
 
257 aa  304  1e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2008  exodeoxyribonuclease III Xth  55.86 
 
 
260 aa  302  4e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1725  exodeoxyribonuclease III Xth  55.47 
 
 
260 aa  301  8e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.569641  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0684  hypothetical protein  55.51 
 
 
260 aa  301  9e-81  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0702  hypothetical protein  55.51 
 
 
260 aa  301  9e-81  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0295  exodeoxyribonuclease III Xth  55.85 
 
 
266 aa  297  1e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.049779 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02934  exodeoxyribonuclease III  54.17 
 
 
266 aa  289  3e-77  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.636028  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0121  exodeoxyribonuclease III Xth  53.79 
 
 
266 aa  287  1e-76  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00155792  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0138  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  53.41 
 
 
266 aa  286  3e-76  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.287048  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3929  exodeoxyribonuclease III  52.67 
 
 
263 aa  283  2e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4050  exodeoxyribonuclease III Xth  53.64 
 
 
262 aa  276  2e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.21179e-06 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0277  exodeoxyribonuclease III Xth  49.25 
 
 
267 aa  265  4e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0273673  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0227  exodeoxyribonuclease III Xth  49.63 
 
 
267 aa  265  5e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0233  exodeoxyribonuclease III Xth  49.63 
 
 
267 aa  265  5e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0089  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  54.2 
 
 
263 aa  265  7e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.499029 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1541  AP endonuclease  51.52 
 
 
267 aa  261  7e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.241112  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0339  exodeoxyribonuclease III Xth  50 
 
 
267 aa  258  8e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0288  exodeoxyribonuclease III Xth  50 
 
 
264 aa  256  3e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.923056 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0167  exodeoxyribonuclease III Xth  43.81 
 
 
319 aa  252  3e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201775  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3225  exodeoxyribonuclease III Xth  49.62 
 
 
265 aa  250  2e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  hitchhiker  2.09509e-06 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2193  exodeoxyribonuclease III Xth  50.38 
 
 
267 aa  249  3e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  9.41808e-08  hitchhiker  0.000239022 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05100  exodeoxyribonuclease III  49.81 
 
 
265 aa  249  3e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6475  exodeoxyribonuclease III Xth  47.33 
 
 
264 aa  242  5e-63  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0180  exodeoxyribonuclease III Xth  42.58 
 
 
259 aa  234  8e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.101584  hitchhiker  7.10685e-06 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5292  exodeoxyribonuclease III Xth  42.58 
 
 
259 aa  234  1e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.328538 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5200  exodeoxyribonuclease III Xth  42.58 
 
 
259 aa  234  1e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  0.425377 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5341  exodeoxyribonuclease III Xth  42.58 
 
 
259 aa  234  1e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.11599  hitchhiker  0.00893933 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70390  catabolite repression control protein  42.35 
 
 
259 aa  233  2e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6108  catabolite repression control protein  42.35 
 
 
259 aa  233  2e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0466604  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1619  exodeoxyribonuclease III Xth  47.53 
 
 
266 aa  232  4e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.8373 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5745  exodeoxyribonuclease III Xth  46.86 
 
 
294 aa  231  7e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321792  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5545  exodeoxyribonuclease III xth  41.41 
 
 
259 aa  229  4e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4384  exodeoxyribonuclease III Xth  40.55 
 
 
259 aa  228  1e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.465503  normal  0.053083 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0618  exodeoxyribonuclease III Xth  39.45 
 
 
258 aa  226  4e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  1.57128e-12 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0215  exodeoxyribonuclease III xth  40.23 
 
 
259 aa  226  4e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0079  exodeoxyribonuclease III, putative  39.84 
 
 
259 aa  223  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0890  exodeoxyribonuclease III Xth  43.82 
 
 
254 aa  222  5e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4271  exodeoxyribonuclease III Xth  44.53 
 
 
256 aa  221  9e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3497  exodeoxyribonuclease III  43.65 
 
 
254 aa  219  2e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.570342 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02870  catabolite repression control protein; Crc  40.55 
 
 
259 aa  219  3e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0269  exodeoxyribonuclease III  43.65 
 
 
254 aa  218  6e-56  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3205  exodeoxyribonuclease III  40.23 
 
 
255 aa  215  5e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0832  exodeoxyribonuclease III Xth  43.53 
 
 
253 aa  211  8e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.808552  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2986  exodeoxyribonuclease III Xth  44.27 
 
 
254 aa  211  1e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1247  exodeoxyribonuclease III Xth  40.32 
 
 
255 aa  209  5e-53  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01760  exodeoxyribonuclease  43.53 
 
 
254 aa  206  2e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0948  exodeoxyribonuclease III Xth  44.57 
 
 
272 aa  205  5e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.875165  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3242  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  38.74 
 
 
258 aa  203  2e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0851525 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0377  exodeoxyribonuclease III Xth  44.05 
 
 
255 aa  203  2e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1734  exodeoxyribonuclease III  42.35 
 
 
256 aa  202  6e-51  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00350824  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1451  exodeoxyribonuclease III Xth  42.86 
 
 
254 aa  196  2e-49  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.991336  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0547  exodeoxyribonuclease III Xth  35.74 
 
 
268 aa  196  3e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0461  exodeoxyribonuclease III (xth)  43.6 
 
 
267 aa  194  1e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.25576  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3507  exodeoxyribonuclease III Xth  40.4 
 
 
252 aa  194  1e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0122233  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0582  exodeoxyribonuclease III Xth  38.76 
 
 
249 aa  194  1e-48  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.24337  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0254  exodeoxyribonuclease III Xth  37.98 
 
 
249 aa  192  6e-48  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.345857  normal  0.41311 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1647  exodeoxyribonuclease III Xth  37.74 
 
 
249 aa  191  7e-48  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2145  exodeoxyribonuclease III  39.68 
 
 
251 aa  191  7e-48  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0982  exodeoxyribonuclease III  39.53 
 
 
250 aa  191  7e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0521  exodeoxyribonuclease III Xth  39.37 
 
 
254 aa  191  8e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  6.0728e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2558  exodeoxyribonuclease III  43.31 
 
 
262 aa  189  5e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4586  exodeoxyribonuclease III Xth  39.13 
 
 
250 aa  188  8e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.3952e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3484  exodeoxyribonuclease III  39.6 
 
 
252 aa  188  8e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.385947  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1460  exodeoxyribonuclease III  38.8 
 
 
252 aa  187  1e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  4.56655e-05 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3750  exodeoxyribonuclease III  39.6 
 
 
252 aa  187  1e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1797e-11 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3584  exodeoxyribonuclease III  39.6 
 
 
252 aa  187  1e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3868  exodeoxyribonuclease III  39.6 
 
 
252 aa  187  1e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>