More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_0034 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013889  TK90_0034  diguanylate cyclase  100 
 
 
433 aa  858  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.523887  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  34.14 
 
 
451 aa  186  5e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  31.8 
 
 
460 aa  145  2e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  31.91 
 
 
614 aa  140  5e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  28.96 
 
 
690 aa  136  6e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  36.29 
 
 
461 aa  134  2e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  28.36 
 
 
677 aa  132  1e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  30.13 
 
 
653 aa  130  5e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  29.24 
 
 
645 aa  130  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  36.41 
 
 
355 aa  130  7e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  27.07 
 
 
516 aa  129  8e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  27.97 
 
 
696 aa  129  1e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  37.56 
 
 
355 aa  129  1e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  29.14 
 
 
518 aa  128  3e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  26.5 
 
 
516 aa  126  7e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  29.96 
 
 
565 aa  126  9e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  28.72 
 
 
645 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  28.39 
 
 
642 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  32.14 
 
 
518 aa  123  6e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2481  diguanylate cyclase  41.29 
 
 
374 aa  123  7e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  37.06 
 
 
355 aa  122  1e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  29.23 
 
 
508 aa  122  2e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  33.61 
 
 
668 aa  121  2e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  36.55 
 
 
514 aa  122  2e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  37.95 
 
 
339 aa  121  2e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  37.88 
 
 
328 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  43.87 
 
 
569 aa  121  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  31.46 
 
 
518 aa  121  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  46.99 
 
 
384 aa  120  3e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  40.3 
 
 
359 aa  121  3e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  31.46 
 
 
518 aa  121  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  31.46 
 
 
518 aa  120  5e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  1.65218e-05 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  31.48 
 
 
518 aa  120  6e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  44.94 
 
 
608 aa  120  6e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  31.84 
 
 
518 aa  120  6e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  1.4858e-06 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  31.48 
 
 
518 aa  120  6e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1291  diguanylate cyclase  31.34 
 
 
518 aa  120  6e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  31.09 
 
 
518 aa  119  8e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  31.11 
 
 
341 aa  119  9e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  32.21 
 
 
518 aa  119  1e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  36.04 
 
 
354 aa  119  1e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  37.43 
 
 
518 aa  118  2e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  43.64 
 
 
425 aa  118  2e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  35.48 
 
 
530 aa  118  2e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  34.48 
 
 
559 aa  117  4e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  44.09 
 
 
622 aa  117  4e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  39.33 
 
 
490 aa  117  4e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  37.82 
 
 
352 aa  117  5e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  42.07 
 
 
418 aa  117  5e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0266  diguanylate cyclase  41.83 
 
 
1195 aa  117  5e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  39.89 
 
 
355 aa  117  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  43.18 
 
 
461 aa  117  6e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  31.49 
 
 
349 aa  116  6e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  35.03 
 
 
354 aa  116  6e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  34.53 
 
 
355 aa  116  7e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  39.46 
 
 
343 aa  116  8e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  32.38 
 
 
671 aa  115  1e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  26.48 
 
 
518 aa  116  1e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  40.88 
 
 
382 aa  115  2e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 
374 aa  115  2e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  32.71 
 
 
351 aa  115  2e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  40.94 
 
 
540 aa  114  2e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  36.61 
 
 
518 aa  115  2e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  3.7754e-05 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.42 
 
 
438 aa  114  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  40 
 
 
342 aa  114  4e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0574  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.36 
 
 
772 aa  114  5e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122166  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  39.79 
 
 
348 aa  113  6e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0005  diguanylate cyclase  31.21 
 
 
520 aa  113  7e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.379493  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  30.21 
 
 
536 aa  113  7e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  37.87 
 
 
355 aa  113  8e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1570  diguanylate cyclase  38.98 
 
 
516 aa  113  8e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  41.99 
 
 
393 aa  112  9e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  34.21 
 
 
352 aa  112  9e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  37.44 
 
 
306 aa  112  9e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1305  diguanylate cyclase  43.55 
 
 
256 aa  112  9e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  37.44 
 
 
307 aa  112  1e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  8.66239e-05 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  39.55 
 
 
490 aa  112  1e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  34.41 
 
 
518 aa  112  1e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
347 aa  112  1e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  37.36 
 
 
339 aa  112  1e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  36.04 
 
 
343 aa  112  2e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1662  GGDEF domain-containing protein  42.51 
 
 
533 aa  112  2e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  34.06 
 
 
689 aa  111  2e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0266  diguanylate cyclase  44.31 
 
 
942 aa  112  2e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.955306  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  37.44 
 
 
273 aa  112  2e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  41.44 
 
 
378 aa  111  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  38.69 
 
 
342 aa  111  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  38.69 
 
 
342 aa  111  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  39.81 
 
 
630 aa  111  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  38.69 
 
 
360 aa  111  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0076  GGDEF domain-containing protein  36.87 
 
 
524 aa  110  4e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.790276  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0500  diguanylate cyclase  43.11 
 
 
458 aa  110  4e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1587  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.52 
 
 
297 aa  110  4e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.275085  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  38.69 
 
 
342 aa  110  4e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  38.46 
 
 
355 aa  110  4e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  38.69 
 
 
342 aa  110  4e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  38.12 
 
 
259 aa  110  4e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1847  diguanylate cyclase  32.92 
 
 
470 aa  110  5e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  38.46 
 
 
624 aa  110  5e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  38.86 
 
 
351 aa  110  6e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>