71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_0020 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_0020  Rhomboid family protein  100 
 
 		 242 aa  476  1e-133  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.430888  normal  0.257082 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2190  rhomboid-like protein  45.08 
 
 		 256 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4037  Rhomboid family protein  39 
 
 		 256 aa  138  7e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.6253 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03495  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  43.68 
 
 		 241 aa  136  3.0000000000000003e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3473  hypothetical protein  43.1 
 
 		 174 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000477638  normal  0.0111497 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1014  Rhomboid family protein  38.27 
 
 		 211 aa  103  3e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29150  uncharacterized membrane protein  42.18 
 
 		 192 aa  102  5e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.77593 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1968  Rhomboid family protein  38.02 
 
 		 209 aa  101  8e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.579025  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3833  rhomboid family protein  40.37 
 
 		 229 aa  99.8  3e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.123516 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3847  rhomboid-like protein  40.37 
 
 		 229 aa  99.8  3e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.706998  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3921  rhomboid family protein  40.37 
 
 		 229 aa  99.8  3e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0637  rhomboid-like protein  37.74 
 
 		 191 aa  99  5e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00193081 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2687  Rhomboid family protein  36.73 
 
 		 195 aa  97.1  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0458  Rhomboid family protein  38.93 
 
 		 199 aa  96.3  4e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.365759  normal  0.0342055 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01334  Rhomboid-like protein  40.51 
 
 		 179 aa  96.3  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.902393  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0445  Rhomboid family protein  38.93 
 
 		 199 aa  96.3  4e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1292  Rhomboid family protein  39.52 
 
 		 218 aa  94.4  1e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11367  hypothetical protein  38.6 
 
 		 240 aa  94  2e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000159255  normal  0.565329 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2245  Rhomboid family protein  38.22 
 
 		 208 aa  94  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.927336  normal  0.19661 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0409  rhomboid family protein  35.06 
 
 		 254 aa  94  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.48547  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3288  rhomboid family protein  37.58 
 
 		 188 aa  93.2  3e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.419904  normal  0.14136 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4290  rhomboid family protein  37.24 
 
 		 225 aa  90.9  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.235195 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05645  hypothetical protein  31.58 
 
 		 243 aa  90.9  2e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1218  rhomboid-like protein  35.67 
 
 		 192 aa  90.1  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2355  rhomboid family protein  37.87 
 
 		 225 aa  90.1  3e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.481734  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4537  Rhomboid family protein  39.26 
 
 		 211 aa  89.4  5e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1781  rhomboid-like protein protein  38.36 
 
 		 214 aa  89  7e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.138273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1699  Rhomboid family protein  32.67 
 
 		 238 aa  87.4  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0109717  normal  0.288911 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0267  Rhomboid family protein  33.13 
 
 		 224 aa  87.4  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0999  membrane protein-like protein  36.71 
 
 		 214 aa  82  0.000000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1835  hypothetical protein  39.62 
 
 		 208 aa  81.3  0.00000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.210618 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0810  Rhomboid family protein  33.16 
 
 		 258 aa  80.5  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3785  rhomboid family protein  34.66 
 
 		 185 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1694  rhomboid-like protein  33.52 
 
 		 184 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.534876  normal  0.239545 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1166  rhomboid family protein  38.46 
 
 		 203 aa  79.7  0.00000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.270459  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0886  hypothetical protein  32.74 
 
 		 199 aa  77.8  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0440  Rhomboid family protein  36.49 
 
 		 194 aa  76.3  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0836383  normal  0.594708 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05140  uncharacterized membrane protein  37.34 
 
 		 215 aa  75.9  0.0000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0193508  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0855  hypothetical protein  31.55 
 
 		 199 aa  75.5  0.0000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1238  Rhomboid family protein  38.67 
 
 		 211 aa  70.1  0.00000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000294506 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0870  rhomboid family protein  31.76 
 
 		 217 aa  69.3  0.00000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.474351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2931  hypothetical protein  32.87 
 
 		 209 aa  69.3  0.00000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3385  rhomboid family protein  37.95 
 
 		 183 aa  65.1  0.0000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.861601 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0816  rhomboid family protein  32.43 
 
 		 217 aa  64.7  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0338425 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0518  rhomboid family protein  38.41 
 
 		 210 aa  61.6  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.137461  normal  0.0721678 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2165  rhomboid family protein  33.11 
 
 		 201 aa  53.5  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0257176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1915  rhomboid family protein  33.09 
 
 		 205 aa  53.1  0.000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135917  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2504  hypothetical protein  32 
 
 		 204 aa  52.8  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2060  rhomboid family protein  32 
 
 		 204 aa  52  0.000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00283359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2114  rhomboid family protein  30.46 
 
 		 198 aa  51.6  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00343017  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2270  Rhomboid family protein  29.8 
 
 		 198 aa  49.3  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00653341  normal  0.491355 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2256  rhomboid family protein  29.8 
 
 		 187 aa  49.3  0.00005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.18089  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4542  hypothetical protein  29.8 
 
 		 198 aa  49.3  0.00006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2160  rhomboid family protein  31.85 
 
 		 198 aa  48.9  0.00008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0175034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5574  Rhomboid family protein  32.28 
 
 		 228 aa  46.2  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2016  rhomboid-like protein  28.99 
 
 		 218 aa  46.6  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1853  rhomboid family protein  27.7 
 
 		 188 aa  45.8  0.0006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.124866  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2256  rhomboid-like protein  32.19 
 
 		 201 aa  45.8  0.0007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.250731  normal  0.0526301 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0230  membrane protein, rhomboid family  29.93 
 
 		 193 aa  44.7  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  26.32 
 
 		 235 aa  44.7  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  26.32 
 
 		 235 aa  44.7  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  28.36 
 
 		 342 aa  43.5  0.003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1875  rhomboid family protein  29.71 
 
 		 209 aa  43.5  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  29.1 
 
 		 342 aa  42.4  0.006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0249  rhomboid family protein  28.42 
 
 		 190 aa  42.4  0.006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0235  rhomboid family protein  28.42 
 
 		 190 aa  42.4  0.006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  31.71 
 
 		 292 aa  42.4  0.007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0888  rhomboid family protein  27.01 
 
 		 186 aa  42.4  0.007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.86404 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01423  hypothetical protein  29.46 
 
 		 162 aa  42  0.009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0221  rhomboid-like protein  27.87 
 
 		 190 aa  42  0.009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0260  rhomboid family protein  27.87 
 
 		 190 aa  42  0.009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>