143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE_tRNA-Pseudo-1 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE_tRNA-Pseudo-1  tRNA-OTHER  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.526537  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0056  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer01  tRNA-Ser  87.8 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.454319  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0023  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt19  tRNA-Ser  85.88 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00413231 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0026  tRNA-Ser  93.22 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.167759  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0024  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.595817 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  90.14 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0019  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282273 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0051  tRNA-Ser  95.12 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.352709 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0028  tRNA-Ser  91.84 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.208638  hitchhiker  0.00938841 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  88.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.232156  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0008  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.59905e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0042  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0012  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0188639 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  90.16 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0044  tRNA-Ser  89.8 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.919429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0037  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0056  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  54  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.300802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0046  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00798672  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03460  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.12073  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1941  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0070  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.399314  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2014  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0295784  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.597346 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0036  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688413  normal  0.378449 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0088  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  88.71 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0785  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0631  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.985518  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0533  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2051  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.220366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.355586  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467256 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna37  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00032  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000331013  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0043  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0020807  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0052  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.360325 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0055  tRNA-Ser  88.52 
 
 		 90 bp  50.1  0.00008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.953649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  88.52 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0043  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2165  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00542927  normal  0.154256 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2161  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000713726  normal  0.978327 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2065  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000178932  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2218  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00379666  normal  0.543792 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0057  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4672  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000507057  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5040  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0066  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.75993  normal  0.681656 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0048  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00171886  normal  0.292826 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0041  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  90 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2818  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000985587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4308  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  90 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0050  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0056  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.189519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0054  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1149  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000101348  hitchhiker  0.0000000000000214207 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0027  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000116718  hitchhiker  6.42112e-17 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0969  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000352025  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Pseudo-2  tRNA-OTHER  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.520192  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.510614  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0095  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0056  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.129701  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0055  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.265922  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0020  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.79696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0056  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.124384  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0040  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0721486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0021  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0023  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.290353  normal  0.259608 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0065  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.211097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0037  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0005  tRNA-Ser  90.2 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.179049 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0054  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35196  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0050  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000005871  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6026  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.045296 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0005  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0203622  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0002  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>