137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE2744 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  100 
 
 		 532 aa  1105    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  31.71 
 
 		 528 aa  216  9e-55  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  26.51 
 
 		 561 aa  184  3e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  26.51 
 
 		 563 aa  184  3e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  26.12 
 
 		 557 aa  169  1e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  26.19 
 
 		 633 aa  163  6e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  26.61 
 
 		 578 aa  159  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  24.19 
 
 		 575 aa  156  8e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  25.38 
 
 		 564 aa  155  2e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  26.22 
 
 		 611 aa  151  3e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  26.66 
 
 		 571 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  26.25 
 
 		 577 aa  147  5e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  24.7 
 
 		 575 aa  142  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  25.04 
 
 		 612 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  26.18 
 
 		 589 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.15 
 
 		 565 aa  140  7e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  25.77 
 
 		 492 aa  138  2e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  26.86 
 
 		 584 aa  138  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.13 
 
 		 442 aa  135  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  25.33 
 
 		 590 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  24.15 
 
 		 576 aa  126  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  25.26 
 
 		 585 aa  125  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  28.66 
 
 		 323 aa  124  4e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.83 
 
 		 495 aa  123  7e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  25.21 
 
 		 557 aa  122  9.999999999999999e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  23.45 
 
 		 561 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  23.97 
 
 		 547 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  24.49 
 
 		 597 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  26.18 
 
 		 444 aa  111  3e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.57 
 
 		 477 aa  110  5e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.54 
 
 		 390 aa  110  9.000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  25.08 
 
 		 616 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  27.27 
 
 		 477 aa  106  8e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  23.65 
 
 		 565 aa  103  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  27.55 
 
 		 447 aa  103  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.71 
 
 		 572 aa  101  4e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  25 
 
 		 471 aa  100  7e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  25.66 
 
 		 501 aa  97.1  8e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.75 
 
 		 520 aa  95.5  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  29.38 
 
 		 538 aa  94.7  4e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  25.08 
 
 		 587 aa  92  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  21.24 
 
 		 556 aa  91.3  4e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  23.75 
 
 		 457 aa  89.4  1e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  23.04 
 
 		 490 aa  89.4  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  19.5 
 
 		 469 aa  87  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  32.49 
 
 		 400 aa  85.1  0.000000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  26.17 
 
 		 479 aa  81.6  0.00000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  35.2 
 
 		 450 aa  80.9  0.00000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.64 
 
 		 237 aa  79  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  22.1 
 
 		 439 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  23.61 
 
 		 425 aa  78.2  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  23.73 
 
 		 390 aa  77  0.0000000000007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  30.77 
 
 		 374 aa  76.6  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  21.94 
 
 		 514 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  21.61 
 
 		 476 aa  75.1  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  27.5 
 
 		 405 aa  72  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  19.76 
 
 		 413 aa  71.6  0.00000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.83 
 
 		 493 aa  70.1  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  33.06 
 
 		 460 aa  69.3  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 435 aa  68.6  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  24.91 
 
 		 398 aa  67.8  0.0000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  28.03 
 
 		 547 aa  67.4  0.0000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  29.11 
 
 		 236 aa  66.6  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.62 
 
 		 453 aa  66.6  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  21.89 
 
 		 477 aa  65.5  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  19.1 
 
 		 429 aa  64.7  0.000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  21.1 
 
 		 465 aa  63.9  0.000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1576  type I restriction-modification system, S subunit  28.27 
 
 		 399 aa  62  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.200835  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  23.81 
 
 		 400 aa  61.6  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  26.97 
 
 		 438 aa  62  0.00000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  22.85 
 
 		 453 aa  61.2  0.00000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  27.01 
 
 		 412 aa  60.8  0.00000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  22.71 
 
 		 511 aa  60.5  0.00000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  20.7 
 
 		 442 aa  60.5  0.00000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  23.97 
 
 		 435 aa  60.5  0.00000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.31 
 
 		 419 aa  58.2  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  24.84 
 
 		 420 aa  57.4  0.0000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3533  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  45.45 
 
 		 86 aa  57.4  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.000840506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  26.09 
 
 		 412 aa  56.6  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  20.06 
 
 		 464 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  21.71 
 
 		 404 aa  55.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  25.77 
 
 		 420 aa  55.5  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.74 
 
 		 532 aa  55.8  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  26.18 
 
 		 411 aa  55.5  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  23.04 
 
 		 175 aa  55.5  0.000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.72 
 
 		 442 aa  55.1  0.000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.38 
 
 		 464 aa  54.7  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.66 
 
 		 444 aa  55.1  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.31 
 
 		 642 aa  54.7  0.000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  24.36 
 
 		 595 aa  54.3  0.000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  21.67 
 
 		 442 aa  52.4  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.38 
 
 		 433 aa  52.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  27.32 
 
 		 395 aa  52  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  24.32 
 
 		 474 aa  51.2  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.47 
 
 		 419 aa  51.6  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  23.94 
 
 		 392 aa  51.6  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.88 
 
 		 427 aa  51.2  0.00005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.91 
 
 		 473 aa  51.2  0.00005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  26.42 
 
 		 424 aa  50.8  0.00006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  23.96 
 
 		 451 aa  50.8  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>