101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE2740 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE2740  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  100 
 
 		 162 aa  337  5.9999999999999996e-92  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0987272  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  38 
 
 		 392 aa  105  3e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  39.62 
 
 		 380 aa  103  9e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1260  restriction modification system DNA specificity subunit  31.48 
 
 		 385 aa  85.5  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  32.06 
 
 		 511 aa  84.7  5e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  28.25 
 
 		 476 aa  84.3  6e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0870  restriction modification system DNA specificity subunit  30.32 
 
 		 195 aa  83.6  0.000000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.48 
 
 		 565 aa  82.4  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  37.35 
 
 		 323 aa  76.3  0.0000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4462  restriction modification system DNA specificity subunit  33.12 
 
 		 349 aa  74.3  0.0000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  26.92 
 
 		 387 aa  69.3  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.63 
 
 		 429 aa  69.3  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.06 
 
 		 384 aa  67.8  0.00000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  28.65 
 
 		 528 aa  64.3  0.0000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  29.45 
 
 		 450 aa  64.3  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  29.94 
 
 		 557 aa  62.8  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  45 
 
 		 595 aa  59.3  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  30.77 
 
 		 571 aa  57.8  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  28 
 
 		 397 aa  57.8  0.00000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  26.14 
 
 		 846 aa  57.4  0.00000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  25.79 
 
 		 175 aa  57  0.0000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  22.55 
 
 		 453 aa  56.2  0.0000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  26.35 
 
 		 395 aa  56.2  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.86 
 
 		 417 aa  56.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0871  restriction modification system DNA specificity subunit  27.72 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  30.53 
 
 		 576 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  29.41 
 
 		 422 aa  55.5  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0040  restriction-modification enzyme subunit s3a  33.02 
 
 		 372 aa  55.1  0.0000004  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.0522579  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  27.08 
 
 		 236 aa  55.1  0.0000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  27.45 
 
 		 834 aa  54.7  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  28.05 
 
 		 391 aa  54.7  0.0000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  23.71 
 
 		 393 aa  54.7  0.0000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.73 
 
 		 406 aa  54.7  0.0000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  26.25 
 
 		 432 aa  53.9  0.0000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  26.29 
 
 		 547 aa  53.5  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  24.85 
 
 		 575 aa  53.5  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.19 
 
 		 477 aa  53.9  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.25 
 
 		 401 aa  53.5  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.06 
 
 		 520 aa  52.8  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.91 
 
 		 419 aa  52.8  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  21.85 
 
 		 419 aa  51.6  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  29.19 
 
 		 532 aa  50.4  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  28.8 
 
 		 444 aa  50.1  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  24.51 
 
 		 440 aa  50.1  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  25.3 
 
 		 429 aa  50.1  0.00001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  24.7 
 
 		 612 aa  50.1  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.17 
 
 		 495 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  30 
 
 		 471 aa  49.3  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.6 
 
 		 572 aa  49.7  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.74 
 
 		 422 aa  49.7  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  22.98 
 
 		 422 aa  48.9  0.00003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  25.74 
 
 		 477 aa  48.9  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  27.1 
 
 		 616 aa  48.1  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 577 aa  48.5  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.35 
 
 		 408 aa  48.5  0.00004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  28.35 
 
 		 426 aa  47.8  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  26.21 
 
 		 447 aa  47.4  0.00007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1393  restriction and modification enzyme CjeI  25.83 
 
 		 1285 aa  47.4  0.00007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  28.35 
 
 		 409 aa  47.8  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 633 aa  47.4  0.00008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  22.09 
 
 		 590 aa  47.4  0.00008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  25.6 
 
 		 564 aa  46.6  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  37.88 
 
 		 501 aa  47  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.48 
 
 		 427 aa  46.6  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  24.22 
 
 		 402 aa  45.8  0.0002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  27.81 
 
 		 578 aa  46.2  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  32.26 
 
 		 460 aa  45.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1852  anti-codon nuclease masking agent  24.83 
 
 		 165 aa  45.8  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  24.26 
 
 		 471 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3953  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.75 
 
 		 413 aa  45.4  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.55 
 
 		 388 aa  45.8  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.89 
 
 		 237 aa  45.8  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  20.74 
 
 		 456 aa  45.1  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  26.19 
 
 		 400 aa  45.1  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  26.72 
 
 		 479 aa  44.7  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  27.56 
 
 		 456 aa  45.1  0.0005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  27.03 
 
 		 538 aa  44.7  0.0006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  23.44 
 
 		 392 aa  44.7  0.0006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.52 
 
 		 473 aa  43.9  0.0009  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  27.34 
 
 		 425 aa  43.5  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  50 
 
 		 575 aa  43.9  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  21.6 
 
 		 382 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.86 
 
 		 442 aa  43.9  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.74 
 
 		 400 aa  43.5  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  30.84 
 
 		 420 aa  42.7  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.56 
 
 		 453 aa  43.1  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  20.83 
 
 		 416 aa  42.4  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  44.9 
 
 		 547 aa  42.4  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2272  type I restriction system specificity protein  25.84 
 
 		 399 aa  42  0.003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  27.1 
 
 		 393 aa  42.4  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  25 
 
 		 417 aa  42.4  0.003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  40.62 
 
 		 493 aa  42  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.62 
 
 		 462 aa  42  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.86 
 
 		 424 aa  42  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  28.92 
 
 		 492 aa  41.6  0.005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  27.36 
 
 		 557 aa  41.6  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  25.61 
 
 		 584 aa  40.8  0.007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  27.97 
 
 		 562 aa  40.8  0.009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  29.07 
 
 		 495 aa  40.8  0.009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  24.56 
 
 		 439 aa  40.4  0.01  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>