More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE2576 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  100 
 
 		 244 aa  495  1e-139  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1202  pseudouridine synthase  40.34 
 
 		 247 aa  167  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.90311  normal  0.0231079 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0494  pseudouridine synthase  36.18 
 
 		 268 aa  151  8e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.931297  normal  0.454399 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  36.93 
 
 		 315 aa  151  8e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2521  pseudouridine synthase  39.5 
 
 		 240 aa  141  7e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.5 
 
 		 350 aa  141  9.999999999999999e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3759  pseudouridine synthase  39.75 
 
 		 255 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.437728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  36.18 
 
 		 346 aa  135  5e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  31.43 
 
 		 319 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  31.43 
 
 		 319 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  32.78 
 
 		 320 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  35.95 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  35.15 
 
 		 363 aa  132  3.9999999999999996e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  37.33 
 
 		 211 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  36 
 
 		 211 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  35.74 
 
 		 235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  35.08 
 
 		 347 aa  130  2.0000000000000002e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  35.11 
 
 		 211 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6555  pseudouridine synthase  36.25 
 
 		 240 aa  130  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  36.89 
 
 		 225 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  36.91 
 
 		 548 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  34.85 
 
 		 326 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  35.12 
 
 		 311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35140  Pseudouridylate synthase RluA  35.56 
 
 		 211 aa  129  5.0000000000000004e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  34.89 
 
 		 298 aa  128  7.000000000000001e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  33.04 
 
 		 305 aa  128  8.000000000000001e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  34.3 
 
 		 332 aa  127  1.0000000000000001e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2377  RluA family pseudouridine synthase  34.89 
 
 		 298 aa  127  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.62 
 
 		 322 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  36 
 
 		 225 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  35.65 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  32.92 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1798  pseudouridine synthase, RluA family  37.92 
 
 		 349 aa  126  3e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  32.26 
 
 		 318 aa  125  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.74 
 
 		 321 aa  125  4.0000000000000003e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.54 
 
 		 332 aa  125  5e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.88 
 
 		 319 aa  125  6e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  32.22 
 
 		 350 aa  125  7e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2574  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 315 aa  125  7e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0131416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  36 
 
 		 225 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.2 
 
 		 211 aa  124  9e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  32.26 
 
 		 323 aa  124  1e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.39 
 
 		 352 aa  124  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.67 
 
 		 211 aa  124  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  32.34 
 
 		 255 aa  124  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  31.25 
 
 		 376 aa  124  1e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3040  pseudouridylate synthase  35.44 
 
 		 240 aa  124  1e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.523078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  31.6 
 
 		 323 aa  124  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  31.25 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  30.77 
 
 		 256 aa  124  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.19 
 
 		 333 aa  123  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  37.16 
 
 		 241 aa  124  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.61 
 
 		 332 aa  123  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0998  pseudouridine synthase, RluA family  36.33 
 
 		 547 aa  124  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.012801 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  31.84 
 
 		 334 aa  123  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  35.27 
 
 		 336 aa  123  3e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  31.25 
 
 		 345 aa  122  4e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  31.68 
 
 		 349 aa  122  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  35.56 
 
 		 225 aa  122  5e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  32.81 
 
 		 482 aa  122  5e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1875  RluA family pseudouridine synthase  34.87 
 
 		 317 aa  122  5e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.763374  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  32.77 
 
 		 310 aa  122  5e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.95 
 
 		 276 aa  122  6e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  33.05 
 
 		 348 aa  122  6e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  35.27 
 
 		 211 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  34.82 
 
 		 211 aa  121  9e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  36.51 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.1 
 
 		 321 aa  121  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  28.97 
 
 		 244 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  33.46 
 
 		 342 aa  121  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  33.89 
 
 		 330 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  31.67 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.92 
 
 		 349 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  34.73 
 
 		 329 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.67 
 
 		 225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1621  pseudouridine synthase, RluA family  30.26 
 
 		 355 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  33.93 
 
 		 211 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 		 543 aa  119  3e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3265  pseudouridine synthase, RluA family protein  34.57 
 
 		 322 aa  119  3e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1136  23S rRNA pseudouridine synthase D  33.62 
 
 		 325 aa  119  3e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.339776  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  36.52 
 
 		 248 aa  120  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.67 
 
 		 303 aa  119  3e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.67 
 
 		 225 aa  120  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0593  pseudouridine synthase, RluA family  31.67 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000735687  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6830  pseudouridine synthase, RluA family  33.47 
 
 		 303 aa  120  3e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  29.51 
 
 		 352 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  34.52 
 
 		 250 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  33.6 
 
 		 354 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.22 
 
 		 308 aa  119  3.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0584  RluA family pseudouridine synthase  33.05 
 
 		 298 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.460121  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0540  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.94 
 
 		 323 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.373783  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  35.81 
 
 		 318 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2850  pseudouridine synthase, RluA family  34.03 
 
 		 325 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.93 
 
 		 211 aa  119  6e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 341 aa  119  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  32.64 
 
 		 331 aa  118  7e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0884  23S rRNA pseudouridine synthase D  33.06 
 
 		 325 aa  118  7e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0692792  normal  0.0818759 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0777  pseudouridine synthase, RluA family  32.49 
 
 		 298 aa  118  7e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.02 
 
 		 313 aa  118  7e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  31.82 
 
 		 322 aa  118  7e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>