More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE2080 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE2080  cytidylate kinase/ribosomal protein S1  100 
 
 		 811 aa  1649    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  42.08 
 
 		 574 aa  431  1e-119  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  41.14 
 
 		 573 aa  432  1e-119  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  41.67 
 
 		 584 aa  431  1e-119  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  41.31 
 
 		 584 aa  424  1e-117  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  41.13 
 
 		 584 aa  422  1e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0867  30S ribosomal protein S1  40.74 
 
 		 586 aa  419  9.999999999999999e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000314961  normal  0.0879612 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2145  ribosomal protein S1  41.24 
 
 		 573 aa  410  1e-113  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000142665  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  39.25 
 
 		 568 aa  411  1e-113  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  39.25 
 
 		 568 aa  411  1e-113  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2301  30S ribosomal protein S1  39.23 
 
 		 578 aa  412  1e-113  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.75877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  39.25 
 
 		 568 aa  411  1e-113  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  38.27 
 
 		 593 aa  405  1e-111  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  36.56 
 
 		 596 aa  405  1e-111  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  38.31 
 
 		 579 aa  399  9.999999999999999e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  38.24 
 
 		 575 aa  396  1e-109  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  37.57 
 
 		 577 aa  394  1e-108  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  38.6 
 
 		 577 aa  394  1e-108  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  37.3 
 
 		 574 aa  392  1e-107  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  38.37 
 
 		 570 aa  387  1e-106  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0247  ribosomal protein S1  39.25 
 
 		 562 aa  383  1e-105  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0373  30S ribosomal protein S1  40.59 
 
 		 570 aa  381  1e-104  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0107492  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2382  ribosomal protein S1  37.92 
 
 		 608 aa  379  1e-103  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105209  normal  0.526812 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  37.85 
 
 		 609 aa  377  1e-103  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  37.59 
 
 		 604 aa  376  1e-103  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  38.01 
 
 		 720 aa  375  1e-102  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  35.47 
 
 		 557 aa  369  1e-101  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  37.86 
 
 		 597 aa  367  1e-100  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  37.59 
 
 		 555 aa  362  2e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000015623  hitchhiker  0.000000568585 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  38.49 
 
 		 555 aa  360  5e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  38.49 
 
 		 555 aa  360  5e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  38.49 
 
 		 555 aa  360  5e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  38.49 
 
 		 555 aa  360  5e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  38.49 
 
 		 555 aa  360  6e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  38.94 
 
 		 555 aa  360  8e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  38.94 
 
 		 555 aa  360  8e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  38.94 
 
 		 555 aa  360  8e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  38.94 
 
 		 555 aa  360  8e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  37.8 
 
 		 555 aa  360  8e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3882  30S ribosomal protein S1  37.29 
 
 		 561 aa  359  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.237416  normal  0.848573 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  39.07 
 
 		 555 aa  359  9.999999999999999e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  38.88 
 
 		 555 aa  357  3.9999999999999996e-97  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3786  30S ribosomal protein S1  37 
 
 		 571 aa  357  6.999999999999999e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  hitchhiker  0.000327486 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  37.41 
 
 		 555 aa  356  8.999999999999999e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1025  30S ribosomal protein S1  37.41 
 
 		 558 aa  356  1e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0436614  normal  0.528214 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0570  30S ribosomal protein S1  35.94 
 
 		 592 aa  356  1e-96  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  36.69 
 
 		 555 aa  355  2e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3590  30S ribosomal protein S1  37.12 
 
 		 561 aa  355  2e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.019363  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3275  30S ribosomal protein S1  37.12 
 
 		 561 aa  355  2e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62304 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0452  30S ribosomal protein S1  36.36 
 
 		 592 aa  355  2.9999999999999997e-96  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000961926  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0200  30S ribosomal protein S1  37.77 
 
 		 558 aa  354  5e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.977671  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1794  30S ribosomal protein S1  35.75 
 
 		 588 aa  352  2e-95  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000217401  normal  0.053041 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  37.41 
 
 		 557 aa  350  7e-95  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1732  30S ribosomal protein S1  36.25 
 
 		 589 aa  350  8e-95  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000125222  decreased coverage  0.00441133 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2073  30S ribosomal protein S1  37.41 
 
 		 555 aa  349  9e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000721785  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2000  30S ribosomal protein S1  35.04 
 
 		 591 aa  349  1e-94  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000749746  normal  0.10797 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6612  30S ribosomal protein S1  37.16 
 
 		 569 aa  348  2e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.328912  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6076  30S ribosomal protein S1  36.98 
 
 		 569 aa  347  4e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0349  30S ribosomal protein S1  36.18 
 
 		 586 aa  347  4e-94  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.000000000135822  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0721  30S ribosomal protein S1  37.05 
 
 		 558 aa  347  6e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0686992  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0293  30S ribosomal protein S1  36.85 
 
 		 573 aa  345  1e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0255  30S ribosomal protein S1  36.74 
 
 		 558 aa  346  1e-93  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0579142  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0418  30S ribosomal protein S1  35.26 
 
 		 591 aa  346  1e-93  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000167097  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0644  30S ribosomal protein S1  35.06 
 
 		 611 aa  345  2e-93  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.35055 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  36.98 
 
 		 556 aa  345  2e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0124  30S ribosomal protein S1  36.62 
 
 		 570 aa  344  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.463891 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0182  30S ribosomal protein S1  36.62 
 
 		 570 aa  344  4e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.357984  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  37.05 
 
 		 556 aa  342  1e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  36.15 
 
 		 559 aa  343  1e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0027  30S ribosomal protein S1  37.61 
 
 		 566 aa  341  4e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.173864  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0026  30S ribosomal protein S1  37.61 
 
 		 566 aa  341  4e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0149  30S ribosomal protein S1  36.59 
 
 		 569 aa  341  4e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  36.98 
 
 		 556 aa  340  5e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0029  30S ribosomal protein S1  37.04 
 
 		 566 aa  340  5e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  36.35 
 
 		 557 aa  340  5e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  35.84 
 
 		 556 aa  340  8e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  36.38 
 
 		 560 aa  339  9.999999999999999e-92  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0207  30S ribosomal protein S1  36.09 
 
 		 570 aa  339  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.271501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0640  30S ribosomal protein S1  36.61 
 
 		 565 aa  338  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.079846 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0163  30S ribosomal protein S1  36.25 
 
 		 566 aa  338  1.9999999999999998e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.97893  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0397  30S ribosomal protein S1  36.25 
 
 		 565 aa  338  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0168105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  35.3 
 
 		 560 aa  338  2.9999999999999997e-91  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0103  30S ribosomal protein S1  36.07 
 
 		 569 aa  337  3.9999999999999995e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.503388  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1176  RNA binding S1 domain protein  36.33 
 
 		 644 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0098  30S ribosomal protein S1  36.69 
 
 		 566 aa  337  3.9999999999999995e-91  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2446  30S ribosomal protein S1  36.41 
 
 		 570 aa  337  5e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.822205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1709  30S ribosomal protein S1  36.98 
 
 		 559 aa  337  5e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000421469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0067  30S ribosomal protein S1  36.07 
 
 		 565 aa  337  5e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00605902  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1297  30S ribosomal protein S1  37.94 
 
 		 599 aa  337  7.999999999999999e-91  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2339  30S ribosomal protein S1  37.05 
 
 		 569 aa  336  7.999999999999999e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00489204  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1094  30S ribosomal protein S1  37.09 
 
 		 557 aa  336  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.613662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1046  30S ribosomal protein S1  37.09 
 
 		 557 aa  336  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.700125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1079  30S ribosomal protein S1  37.09 
 
 		 557 aa  336  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0828489 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1014  30S ribosomal protein S1  37.09 
 
 		 557 aa  336  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.535746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0987  30S ribosomal protein S1  37.09 
 
 		 557 aa  336  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0123742  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2685  30S ribosomal protein S1  37.09 
 
 		 557 aa  335  2e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000435893  normal  0.630998 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2209  30S ribosomal protein S1  37.09 
 
 		 557 aa  335  2e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000110592  normal  0.604495 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0192  30S ribosomal protein S1  36.07 
 
 		 565 aa  335  2e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0782699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2417  30S ribosomal protein S1  37.09 
 
 		 557 aa  335  2e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000560944  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1008  30S ribosomal protein S1  37.09 
 
 		 557 aa  335  2e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000383759  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>