More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE1914 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002967  TDE1914  Holliday junction DNA helicase RuvB  100 
 
 
343 aa  692    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00218707  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0022  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.74 
 
 
347 aa  405  1.0000000000000001e-112  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1077  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.58 
 
 
338 aa  382  1e-105  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.413326  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3176  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.72 
 
 
345 aa  378  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3832  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.29 
 
 
351 aa  380  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2321  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.92 
 
 
338 aa  379  1e-104  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0801363  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1584  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.37 
 
 
356 aa  375  1e-103  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0383381  normal  0.43268 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2338  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.75 
 
 
341 aa  375  1e-103  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0746  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.06 
 
 
338 aa  376  1e-103  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0364799  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1089  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.91 
 
 
350 aa  375  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.267927  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4269  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.56 
 
 
348 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.812802  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1880  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.69 
 
 
356 aa  375  1e-103  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00242586  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12310  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.62 
 
 
342 aa  377  1e-103  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0273996  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4315  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.55 
 
 
336 aa  371  1e-102  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0417721  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02690  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.29 
 
 
334 aa  373  1e-102  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000554774  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4060  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.57 
 
 
358 aa  372  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4650  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.55 
 
 
333 aa  372  1e-102  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000830982  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3346  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.87 
 
 
354 aa  374  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.729811  hitchhiker  0.00070323 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01559  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.72 
 
 
345 aa  371  1e-102  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.192423  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4803  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.68 
 
 
349 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2344  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.29 
 
 
345 aa  372  1e-102  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.187034 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0927  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.62 
 
 
333 aa  374  1e-102  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0327  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.19 
 
 
355 aa  374  1e-102  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.382015 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4500  Holliday junction DNA helicase RuvA  56.55 
 
 
541 aa  372  1e-102  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000049576 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6906  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.46 
 
 
348 aa  371  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.745573  normal  0.332371 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0182  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.67 
 
 
330 aa  374  1e-102  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.107724  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01831  Holliday junction DNA helicase B  53.92 
 
 
336 aa  368  1e-101  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.144977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1780  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.92 
 
 
336 aa  368  1e-101  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000115623  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1217  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.45 
 
 
348 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.743844  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4657  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.68 
 
 
354 aa  370  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0930  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.42 
 
 
337 aa  371  1e-101  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08899e-19 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4505  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.55 
 
 
333 aa  370  1e-101  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00121958  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2117  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.96 
 
 
337 aa  370  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1354  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.27 
 
 
336 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00473129 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1662  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.31 
 
 
344 aa  368  1e-101  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.280554  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4153  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.55 
 
 
336 aa  371  1e-101  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000576232  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4164  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.55 
 
 
336 aa  371  1e-101  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000669292  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2557  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.57 
 
 
363 aa  369  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.829542  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1251  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.28 
 
 
355 aa  369  1e-101  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000000492423  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0956  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.23 
 
 
336 aa  369  1e-101  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00553774  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1292  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.39 
 
 
349 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0696  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.38 
 
 
333 aa  370  1e-101  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000306713  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4539  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.55 
 
 
333 aa  370  1e-101  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000348871  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2173  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.66 
 
 
338 aa  371  1e-101  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3316  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.42 
 
 
337 aa  370  1e-101  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01819  hypothetical protein  53.92 
 
 
336 aa  368  1e-101  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.146272  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1326  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.92 
 
 
336 aa  369  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0442858  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1953  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.92 
 
 
336 aa  368  1e-101  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.128474  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0820  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.57 
 
 
358 aa  369  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.163531  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1772  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.92 
 
 
336 aa  368  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0145511  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2090  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.92 
 
 
336 aa  368  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000376613  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1246  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.45 
 
 
348 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4267  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.55 
 
 
333 aa  368  1e-101  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000359024  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2596  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.92 
 
 
336 aa  368  1e-101  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0158351  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1230  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.27 
 
 
336 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0225142  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3137  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.55 
 
 
333 aa  368  1e-101  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000701371  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2048  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.27 
 
 
336 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.79761  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0270  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.25 
 
 
335 aa  370  1e-101  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3954  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.38 
 
 
363 aa  370  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0150024 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4554  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.55 
 
 
333 aa  370  1e-101  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00514849  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4201  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.07 
 
 
348 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.564106  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1334  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.12 
 
 
336 aa  369  1e-101  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00146189  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1708  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.36 
 
 
355 aa  371  1e-101  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.780962  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3694  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.55 
 
 
356 aa  366  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.500554  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2904  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.1 
 
 
347 aa  366  1e-100  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0215191  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2053  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.27 
 
 
336 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0123486  normal  0.169016 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1413  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.04 
 
 
338 aa  367  1e-100  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000447105  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2303  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.13 
 
 
334 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00841978  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.42 
 
 
336 aa  365  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00769793  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1410  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.97 
 
 
353 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.585511  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2652  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.43 
 
 
340 aa  366  1e-100  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2211  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.15 
 
 
341 aa  367  1e-100  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00690451 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3181  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.79 
 
 
338 aa  367  1e-100  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.548156  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1704  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.03 
 
 
343 aa  367  1e-100  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0360063  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3998  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.11 
 
 
348 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4070  Holliday junction DNA helicase RuvB  55 
 
 
354 aa  365  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1700  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.46 
 
 
336 aa  365  1e-100  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.979156 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2117  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.59 
 
 
352 aa  367  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.302913  normal  0.384387 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4093  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.82 
 
 
354 aa  367  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0615  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.15 
 
 
355 aa  367  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01270  Holliday junction DNA helicase RuvB  56.62 
 
 
340 aa  367  1e-100  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2371  Holliday junction DNA helicase RuvB  55.86 
 
 
339 aa  365  1e-100  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.821949 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0333  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.94 
 
 
338 aa  365  1e-100  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.693851  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2108  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.27 
 
 
336 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.252002  normal  0.279118 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2944  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.85 
 
 
335 aa  366  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000368947  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1454  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.37 
 
 
338 aa  367  1e-100  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00617754  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3124  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.08 
 
 
346 aa  367  1e-100  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2419  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.13 
 
 
334 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000499721  normal  0.0284883 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0499  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.86 
 
 
356 aa  368  1e-100  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.456698  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1227  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.8 
 
 
361 aa  365  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0512  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.89 
 
 
356 aa  366  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1223  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.94 
 
 
345 aa  364  1e-99  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15164  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2637  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.15 
 
 
346 aa  364  1e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3690  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.65 
 
 
341 aa  363  2e-99  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.212033 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1272  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.29 
 
 
350 aa  363  2e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.197391  normal  0.338771 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4237  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.01 
 
 
354 aa  363  2e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.913769  normal  0.279005 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2042  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.13 
 
 
334 aa  363  2e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000113724  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1436  Holliday junction DNA helicase RuvB  54.34 
 
 
334 aa  363  2e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000380468  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0693  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.64 
 
 
341 aa  363  2e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.418287  normal  0.607101 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01601  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.44 
 
 
334 aa  363  2e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>