117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE1854 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE1854  nucleotidyltransferase family protein  100 
 
 		 107 aa  210  4.9999999999999996e-54  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.00000000063807  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2416  DNA polymerase beta subunit  45.26 
 
 		 103 aa  100  5e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.606985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1475  DNA polymerase beta domain protein region  33.66 
 
 		 129 aa  76.6  0.00000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125283  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2453  DNA polymerase beta subunit  39.18 
 
 		 100 aa  72.4  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00090311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0479  DNA polymerase, beta-like region  40.4 
 
 		 105 aa  72  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0274  hypothetical protein  32.71 
 
 		 112 aa  70.9  0.000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2453  DNA polymerase beta domain protein region  35.05 
 
 		 109 aa  70.1  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.17145 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3907  DNA polymerase beta domain protein region  32.99 
 
 		 109 aa  69.3  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4370  DNA polymerase beta domain protein region  38.61 
 
 		 132 aa  69.3  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.541368 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1934  DNA polymerase beta domain protein region  33.65 
 
 		 104 aa  68.2  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.739683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0844  DNA polymerase beta subunit  34.74 
 
 		 116 aa  65.5  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.909458  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3447  DNA polymerase beta subunit  32.61 
 
 		 98 aa  65.9  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.665517  normal  0.0889414 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1853  DNA polymerase beta domain protein region  34.34 
 
 		 113 aa  65.5  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1879  DNA polymerase beta domain protein region  34.34 
 
 		 113 aa  65.5  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1968  nucleotidyltransferase  33.71 
 
 		 99 aa  65.1  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6474  DNA polymerase beta domain protein region  33.7 
 
 		 102 aa  64.3  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4407  DNA polymerase beta domain protein region  37.76 
 
 		 112 aa  62.8  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.622454  hitchhiker  0.00236557 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2192  DNA polymerase, beta-like region  33.33 
 
 		 110 aa  63.2  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.479342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0949  DNA polymerase beta subunit  44.74 
 
 		 102 aa  63.2  0.000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.878884  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4345  DNA polymerase beta domain protein region  34.86 
 
 		 112 aa  63.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2615  hypothetical protein  33.33 
 
 		 109 aa  62.4  0.000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.111377 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1342  DNA polymerase beta domain protein region  36.9 
 
 		 111 aa  62  0.000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1803  DNA polymerase beta domain protein region  38.3 
 
 		 96 aa  60.5  0.000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0152  DNA polymerase  34.02 
 
 		 100 aa  60.5  0.000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0898  DNA polymerase, beta-like region  35.11 
 
 		 103 aa  58.5  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2974  DNA polymerase beta domain protein region  31.63 
 
 		 108 aa  58.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3135  DNA polymerase beta domain protein region  31.63 
 
 		 108 aa  58.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.434644 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0337  DNA polymerase beta domain protein region  34.88 
 
 		 86 aa  57.8  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.707738 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0033  hypothetical protein  32.58 
 
 		 110 aa  56.2  0.0000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1806  DNA polymerase beta domain protein region  33.7 
 
 		 104 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.943156  normal  0.843762 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0871  DNA polymerase beta domain protein region  36.46 
 
 		 99 aa  55.8  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2968  DNA polymerase beta domain protein region  32.29 
 
 		 126 aa  55.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.201607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0697  DNA polymerase beta subunit  33.33 
 
 		 96 aa  55.1  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2017  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 		 103 aa  54.7  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.538218  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3960  DNA polymerase beta subunit  32.32 
 
 		 104 aa  54.7  0.0000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.886641  normal  0.332553 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2036  DNA polymerase beta domain protein region  34.88 
 
 		 98 aa  54.7  0.0000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.18823  normal  0.524072 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3147  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 		 96 aa  54.3  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.949814 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0845  DNA polymerase beta subunit  32.14 
 
 		 96 aa  53.9  0.0000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3484  DNA polymerase beta domain protein region  32.53 
 
 		 115 aa  53.9  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.628631 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3117  DNA polymerase beta subunit  33.73 
 
 		 110 aa  53.5  0.0000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1784  nucleotidyltransferase  30.23 
 
 		 97 aa  53.5  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1883  DNA polymerase, beta-like region  32.29 
 
 		 108 aa  53.1  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.230497 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3457  DNA polymerase beta subunit  37.18 
 
 		 98 aa  53.1  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288007 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0357  DNA polymerase beta subunit  29.17 
 
 		 101 aa  52.8  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0316504 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0998  DNA polymerase beta domain protein region  31.91 
 
 		 102 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.050559 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1789  DNA polymerase beta domain protein region  35.62 
 
 		 109 aa  52  0.000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0202  DNA polymerase beta domain protein region  32.56 
 
 		 131 aa  50.8  0.000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.368731 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3786  DNA polymerase beta domain protein region  36.9 
 
 		 97 aa  50.8  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.123289  normal  0.700807 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3618  DNA polymerase beta domain protein region  32.32 
 
 		 96 aa  50.4  0.000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0409  DNA polymerase beta subunit  35.29 
 
 		 96 aa  49.7  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0028  nucleotidyltransferase family protein  35.53 
 
 		 96 aa  49.3  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.422617  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0638  nucleotidyltransferase  36.49 
 
 		 101 aa  49.3  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1948  DNA polymerase beta domain protein region  37.68 
 
 		 96 aa  48.9  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.506279 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1959  DNA polymerase beta domain protein region  37.68 
 
 		 96 aa  48.9  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.332639 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0296  DNA polymerase beta domain protein region  30.59 
 
 		 97 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.499305 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3299  DNA polymerase beta domain protein region  31.82 
 
 		 96 aa  49.3  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000315403 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0547  DNA polymerase beta subunit  34.29 
 
 		 100 aa  48.1  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.790238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1762  nucleotidyltransferase family protein  30.56 
 
 		 97 aa  48.1  0.00004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.324196 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3213  DNA polymerase beta domain protein region  34.57 
 
 		 96 aa  48.1  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1148  DNA polymerase beta subunit  29.41 
 
 		 115 aa  47  0.00009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0900  DNA polymerase beta subunit  29.59 
 
 		 103 aa  47  0.00009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000013918 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1203  DNA polymerase, beta-like region  30.43 
 
 		 96 aa  46.2  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.229672  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3062  DNA polymerase beta domain protein region  30.38 
 
 		 189 aa  46.6  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3031  DNA polymerase beta subunit  30.68 
 
 		 96 aa  46.2  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.424813  normal  0.471509 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0315  DNA polymerase beta domain protein region  28.17 
 
 		 97 aa  46.6  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0889475 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2072  DNA polymerase beta domain protein region  38.46 
 
 		 97 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0110003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0374  DNA polymerase, beta-like region  25.84 
 
 		 121 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0548  nucleotidyltransferase family protein  33.33 
 
 		 93 aa  45.4  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0274  DNA polymerase beta subunit  31.33 
 
 		 96 aa  45.8  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.122937  unclonable  0.00000800451 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3557  DNA polymerase beta subunit  33.33 
 
 		 254 aa  45.8  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1790  DNA polymerase beta domain protein region  37.5 
 
 		 114 aa  45.8  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0862  DNA polymerase beta domain protein region  35.82 
 
 		 101 aa  45.4  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000634599  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0854  DNA polymerase beta subunit  33.77 
 
 		 96 aa  45.4  0.0003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0053  DNA polymerase beta subunit  32.61 
 
 		 102 aa  45.4  0.0003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0582464  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2359  DNA polymerase beta domain protein region  28.74 
 
 		 100 aa  45.1  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3743  DNA polymerase beta domain protein region  34.18 
 
 		 98 aa  45.4  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1207  DNA polymerase beta domain protein region  40.26 
 
 		 96 aa  45.1  0.0004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0626  DNA polymerase beta subunit  32.61 
 
 		 102 aa  44.7  0.0004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.717752  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0627  DNA polymerase beta subunit  32.91 
 
 		 101 aa  44.7  0.0004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0052  DNA polymerase beta subunit  32.91 
 
 		 101 aa  44.7  0.0004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0550488  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1188  DNA polymerase beta domain protein region  25.61 
 
 		 113 aa  44.7  0.0005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0829  DNA polymerase beta subunit  30.49 
 
 		 98 aa  44.3  0.0005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.141069  normal  0.412533 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1075  DNA polymerase beta domain protein region  33.82 
 
 		 97 aa  44.3  0.0006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.796392  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2568  hypothetical protein  41.03 
 
 		 68 aa  43.9  0.0007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3948  DNA polymerase beta subunit  30.59 
 
 		 97 aa  43.9  0.0008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2462  DNA polymerase beta subunit  31.94 
 
 		 98 aa  43.9  0.0008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.266656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1104  DNA polymerase beta domain protein region  30 
 
 		 96 aa  43.9  0.0008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0953254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1113  DNA polymerase beta subunit  35.06 
 
 		 109 aa  43.5  0.0009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0686  DNA polymerase beta subunit  30.43 
 
 		 96 aa  43.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0886  hypothetical protein  28.92 
 
 		 129 aa  43.5  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0454668  hitchhiker  0.00000000702025 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1228  DNA polymerase beta subunit  35.23 
 
 		 97 aa  43.1  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0369  DNA polymerase beta subunit  29.27 
 
 		 105 aa  43.5  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.832865  normal  0.194305 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3039  DNA polymerase beta domain protein region  34.52 
 
 		 99 aa  42.7  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0279  DNA polymerase beta domain protein region  31.75 
 
 		 115 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.155068  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0943  DNA polymerase beta subunit  31.58 
 
 		 97 aa  42.4  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.744259 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5548  DNA polymerase beta subunit  32.14 
 
 		 93 aa  42.7  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.861724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3676  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 		 132 aa  42.7  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.839378  normal  0.137366 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2757  nucleotidyltransferase family protein  31.33 
 
 		 102 aa  41.6  0.003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2793  DNA polymerase, beta-like region  30.53 
 
 		 270 aa  42  0.003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.196612 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50230  DNA polymerase, beta-like region-containing protein  34.67 
 
 		 96 aa  42  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>