221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE1668 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE1668  amino acid permease family protein  100 
 
 		 458 aa  909    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000379191  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0441  amino acid permease-associated region  26.52 
 
 		 740 aa  79.7  0.0000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.238325  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2418  amino acid permease-associated region  22.73 
 
 		 444 aa  70.1  0.00000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112494  normal  0.0680601 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1784  amino acid transporter  25.65 
 
 		 462 aa  67  0.0000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000562371  hitchhiker  4.50262e-17 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1769  amino acid permease-associated region  26.44 
 
 		 439 aa  65.9  0.000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0779  amino acid permease family protein  23.96 
 
 		 467 aa  65.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0818  amino acid permease family protein  23.96 
 
 		 467 aa  65.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2919  amino acid permease family protein  23.83 
 
 		 471 aa  64.3  0.000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.236218  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0728  amino acid permease  23.96 
 
 		 467 aa  64.7  0.000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3141  amino acid permease family protein  23.83 
 
 		 471 aa  64.3  0.000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.681445  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1930  amino acid permease-associated region  24.05 
 
 		 463 aa  64.3  0.000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000372004  hitchhiker  0.00366235 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0983  amino acid permease family protein  24.56 
 
 		 467 aa  64.3  0.000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0258  amino acid permease  25.26 
 
 		 471 aa  64.7  0.000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000104623  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3152  amino acid permease family protein  23.83 
 
 		 471 aa  64.3  0.000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.496369 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5067  amino acid permease  25.26 
 
 		 471 aa  64.7  0.000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000115655  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0714  amino acid permease  23.96 
 
 		 467 aa  63.9  0.000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0914  amino acid permease family protein  23.96 
 
 		 467 aa  63.9  0.000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.43784e-41 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0909  amino acid permease family protein  23.96 
 
 		 467 aa  63.5  0.000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1057  amino acid permease-associated region  24.93 
 
 		 490 aa  63.5  0.000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.422812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0277  amino acid transporter, cationic amino acid transporter (CAT) family  27.94 
 
 		 471 aa  62.8  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000621788  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4463  amino acid permease family protein  23.96 
 
 		 467 aa  62.4  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.821822 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0872  amino acid permease family protein  23.96 
 
 		 467 aa  62  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0263  amino acid permease  26.18 
 
 		 471 aa  62.4  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000358452  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0506  amino acid permease (amino acid transporter)  23.31 
 
 		 471 aa  62.4  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0746  amino acid permease-associated region  25.2 
 
 		 716 aa  62  0.00000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.200674  normal  0.311948 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4706  alanine permease  22.72 
 
 		 471 aa  62  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.34441 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3620  amino acid permease-associated region  20.47 
 
 		 494 aa  62.4  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0721  amino acid permease family protein  23.09 
 
 		 471 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0737  amino acid permease-associated region  24.71 
 
 		 506 aa  61.2  0.00000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000351708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3163  amino acid permease family protein  24.03 
 
 		 471 aa  60.8  0.00000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0660  amino acid permease family protein  23.09 
 
 		 471 aa  60.8  0.00000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0562  amino acid permease family protein  23.09 
 
 		 471 aa  60.8  0.00000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0504  amino acid permease (amino acid transporter)  23.09 
 
 		 471 aa  60.8  0.00000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.140308  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3131  amino acid permease family protein  24.25 
 
 		 471 aa  60.8  0.00000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0593  amino acid permease family protein  23.09 
 
 		 471 aa  60.8  0.00000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0650  amino acid permease family protein  23.09 
 
 		 471 aa  60.8  0.00000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000109071 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3597  amino acid permease-associated region  26.73 
 
 		 549 aa  60.8  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.333154 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0507  amino acid permease-associated region  22.83 
 
 		 471 aa  60.5  0.00000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.778672  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1640  amino acid permease-associated region  24.09 
 
 		 463 aa  60.5  0.00000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000819091  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0445  amino acid permease  22.88 
 
 		 426 aa  60.1  0.00000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000397922  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0728  amino acid permease-associated region  23.37 
 
 		 467 aa  60.1  0.00000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2897  amino acid permease  23.61 
 
 		 471 aa  59.7  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0279038  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2679  amino acid permease-associated region  27.63 
 
 		 482 aa  59.7  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2625  amino acid permease-associated region  27.63 
 
 		 482 aa  59.7  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0475967  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2849  amino acid permease  25 
 
 		 471 aa  58.9  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.714889  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2106  amino acid permease family protein  24.04 
 
 		 471 aa  58.9  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1920  amino acid permease-associated region  22.46 
 
 		 466 aa  58.9  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000169214  normal  0.866406 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4749  D-alanine/D-serine/glycine permease  24.48 
 
 		 470 aa  58.5  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000228678  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04080  D-alanine/D-serine/glycine transporter  24.48 
 
 		 470 aa  58.5  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000357991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3785  amino acid permease-associated region  24.48 
 
 		 470 aa  58.5  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000255253  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0321  amino acid permease family protein  23.77 
 
 		 460 aa  58.5  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0838341  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3798  D-alanine/D-serine/glycine permease  24.48 
 
 		 470 aa  58.5  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000560112  normal  0.948087 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1318  amino acid transporter  22.29 
 
 		 461 aa  58.5  0.0000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00693769  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4776  D-alanine/D-serine/glycine permease  24.48 
 
 		 470 aa  58.5  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471149  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5725  D-alanine/D-serine/glycine permease  24.48 
 
 		 470 aa  58.5  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00067927  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04043  hypothetical protein  24.48 
 
 		 470 aa  58.5  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000255427  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4458  D-alanine/D-serine/glycine permease  24.48 
 
 		 467 aa  58.2  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000362617  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4095  amino acid permease  24.12 
 
 		 471 aa  57.8  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0027  hypothetical protein  27.14 
 
 		 463 aa  57  0.0000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1042  amino acid permease-associated region  27.09 
 
 		 773 aa  57  0.0000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.534613  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1150  amino acid permease-associated region  24.58 
 
 		 476 aa  56.6  0.0000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000287534  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1634  amino acid permease-associated region  23.19 
 
 		 476 aa  56.2  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.131349  normal  0.325388 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1416  amino acid permease-associated region  21.28 
 
 		 486 aa  56.2  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0026  hypothetical protein  27.14 
 
 		 463 aa  56.2  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0357  hypothetical protein  26.64 
 
 		 394 aa  56.6  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0333  hypothetical protein  25.87 
 
 		 394 aa  56.2  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2206  amino acid permease-associated region  22.73 
 
 		 452 aa  55.8  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.218547  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0631  amino acid permease family protein  25.65 
 
 		 471 aa  56.6  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.279847  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0156  amino acid permease-associated region  25.55 
 
 		 462 aa  56.6  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.041937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0510  amino acid permease-associated region  23.31 
 
 		 471 aa  56.2  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0589175  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1821  lysine-specific permease  24.65 
 
 		 489 aa  56.2  0.000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1961  amino acid permease-associated region  24.75 
 
 		 469 aa  55.8  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0292842  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0050  hypothetical protein  23.15 
 
 		 431 aa  55.1  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4676  D-alanine/D-serine/glycine permease  24.7 
 
 		 469 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00205284  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0831  amino acid permease-associated region  26.32 
 
 		 476 aa  55.5  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0079  putative amino acid permease  27.31 
 
 		 440 aa  55.1  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0554  amino acid transporter  23.04 
 
 		 476 aa  55.5  0.000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00163593  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4275  amino acid permease-associated region  25.27 
 
 		 467 aa  55.5  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2530  amino acid permease-associated region  26.07 
 
 		 449 aa  55.5  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.480015  normal  0.105308 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4816  D-alanine/D-serine/glycine permease  24.7 
 
 		 469 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.343115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4666  D-alanine/D-serine/glycine permease  24.7 
 
 		 469 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0386097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4794  D-alanine/D-serine/glycine permease  24.7 
 
 		 467 aa  55.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.489012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4172  putrescine transporter  23.36 
 
 		 439 aa  54.7  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3677  amino acid permease-associated region  25.99 
 
 		 482 aa  55.1  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.386944 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3976  putrescine transporter  23.36 
 
 		 439 aa  54.7  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0096  amino acid permease-associated region  25.9 
 
 		 466 aa  55.1  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4085  putrescine transporter  23.36 
 
 		 439 aa  54.7  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4054  putrescine transporter  23.36 
 
 		 439 aa  54.7  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3650  putative amino acid permease  22.61 
 
 		 413 aa  54.7  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.171718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4759  D-alanine/D-serine/glycine permease  24.7 
 
 		 467 aa  55.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.329595  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1000  amino acid permease-associated region  24.91 
 
 		 566 aa  54.7  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3335  putrescine transporter  23.81 
 
 		 438 aa  54.7  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3668  putrescine transporter  23.2 
 
 		 439 aa  53.9  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1215  amino acid permease-associated region  21.62 
 
 		 792 aa  53.9  0.000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0313  putrescine transporter  23.51 
 
 		 439 aa  53.5  0.000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3680  putrescine transporter  24.24 
 
 		 439 aa  53.9  0.000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0180  putrescine transporter  23.89 
 
 		 439 aa  53.5  0.000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2142  amino acid permease family protein  26.34 
 
 		 459 aa  53.5  0.000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0190  putative amino acid/amine transport protein  22.57 
 
 		 452 aa  53.5  0.000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3101  amino acid permease-associated region  23.87 
 
 		 466 aa  53.5  0.000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.29025  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>