More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE1341 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002967  TDE1341  hypothetical protein  100 
 
 
460 aa  938    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.181704  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.34 
 
 
456 aa  147  4.0000000000000006e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.180708  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.62 
 
 
454 aa  144  4e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2138  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.58 
 
 
436 aa  143  8e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.87877  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  26.05 
 
 
455 aa  141  1.9999999999999998e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  38.14 
 
 
464 aa  139  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0139  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.23 
 
 
492 aa  134  3.9999999999999996e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00237598  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.53 
 
 
470 aa  133  6e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.1 
 
 
423 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.82 
 
 
473 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0818  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.54 
 
 
440 aa  129  9.000000000000001e-29  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00477647  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.65 
 
 
462 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0340332  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.64 
 
 
468 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.01 
 
 
459 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  26.94 
 
 
458 aa  127  3e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.62 
 
 
470 aa  128  3e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0158  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.08 
 
 
457 aa  127  4.0000000000000003e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0865096  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1609  MesJ protein  36.55 
 
 
332 aa  126  7e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.368084 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0791  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.84 
 
 
458 aa  126  7e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000325177  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.37 
 
 
419 aa  125  2e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.32 
 
 
472 aa  125  2e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.5 
 
 
480 aa  124  3e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0357  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.84 
 
 
414 aa  124  3e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173835  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2474  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.58 
 
 
469 aa  124  3e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1891  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  38.42 
 
 
468 aa  123  6e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000460009  hitchhiker  0.0000000000638883 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2788  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.07 
 
 
469 aa  123  7e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.39 
 
 
509 aa  121  1.9999999999999998e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0704  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.67 
 
 
328 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.23 
 
 
481 aa  120  3.9999999999999996e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.2 
 
 
464 aa  119  9e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1594  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.35 
 
 
457 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.2 
 
 
338 aa  117  6e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  25.36 
 
 
471 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1746  MesJ protein  35.6 
 
 
354 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
464 aa  116  1.0000000000000001e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5217  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.07 
 
 
444 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.64 
 
 
471 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0626  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.07 
 
 
325 aa  114  3e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0622  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.86 
 
 
456 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.336141  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.31 
 
 
325 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.391449  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.97 
 
 
524 aa  114  5e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.85 
 
 
457 aa  114  5e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.5 
 
 
334 aa  114  5e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.41369 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3018  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.84 
 
 
450 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.21 
 
 
472 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27 
 
 
476 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2248  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.06 
 
 
485 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000793902  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.72 
 
 
476 aa  111  3e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2187  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  34.91 
 
 
444 aa  111  3e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.150034  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.18 
 
 
469 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00012547  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.62 
 
 
521 aa  110  4.0000000000000004e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.5 
 
 
486 aa  110  4.0000000000000004e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  35.75 
 
 
476 aa  110  5e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  35.75 
 
 
476 aa  110  5e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  35.75 
 
 
476 aa  110  6e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.75 
 
 
476 aa  110  6e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09873  putative cell-cycle protein  36.67 
 
 
436 aa  110  6e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.55826  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0865  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  27.24 
 
 
676 aa  109  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000888188 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  34.72 
 
 
476 aa  108  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.81 
 
 
431 aa  108  2e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.992157  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.2 
 
 
476 aa  108  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0872  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.55 
 
 
311 aa  108  3e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.203605  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  34.2 
 
 
476 aa  107  4e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.2 
 
 
476 aa  107  4e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.16 
 
 
476 aa  107  5e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0589  cell cycle protein MesJ  31.19 
 
 
445 aa  107  5e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0620316  normal  0.254248 
 
 
-
 
NC_002950  PG2046  hypothetical protein  32.61 
 
 
454 aa  106  9e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000839704 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3762  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.08 
 
 
445 aa  106  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0801202  hitchhiker  0.00083153 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0321  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  24.78 
 
 
682 aa  105  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.124455 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0541  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.2 
 
 
336 aa  105  1e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.41194  normal  0.862893 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.36 
 
 
241 aa  105  2e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0106  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.29 
 
 
489 aa  105  2e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.31319 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2027  ketose-bisphosphate aldolase, class-II  32.84 
 
 
357 aa  105  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.481135  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1815  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.16 
 
 
450 aa  104  3e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.195712  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.7 
 
 
455 aa  104  4e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  30.81 
 
 
425 aa  104  4e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1620  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.38 
 
 
390 aa  104  4e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0544  hypothetical protein  31.44 
 
 
431 aa  103  6e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000216418  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0531  hypothetical protein  31.44 
 
 
431 aa  103  6e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00156827  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0294  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.85 
 
 
433 aa  103  6e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.212762 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0402  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  31.44 
 
 
430 aa  103  7e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0260657  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0957  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.38 
 
 
377 aa  102  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.57 
 
 
446 aa  102  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.615384  normal  0.623923 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0016  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  34.01 
 
 
422 aa  102  2e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1198  hypothetical protein  33.51 
 
 
454 aa  101  3e-20  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0013516 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
334 aa  101  4e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.070597 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2521  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.55 
 
 
476 aa  100  6e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000332242  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.19 
 
 
442 aa  100  7e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25 
 
 
464 aa  100  8e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8428  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.05 
 
 
358 aa  100  8e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25 
 
 
464 aa  100  8e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1229  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.49 
 
 
476 aa  99  2e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0093  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.41 
 
 
457 aa  99  2e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167197  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1556  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.89 
 
 
306 aa  98.2  3e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0991  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  32.84 
 
 
539 aa  98.2  3e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0298578 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.16 
 
 
436 aa  97.8  4e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.934648 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.95 
 
 
321 aa  97.1  6e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1203  PP-loop  33.17 
 
 
476 aa  96.3  9e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1752  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.09 
 
 
334 aa  95.9  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.927815  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1265  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.22 
 
 
470 aa  95.9  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.265542  normal  0.258224 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>