More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE1205 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002967  TDE1205  integrase/recombinase XerD  100 
 
 
274 aa  566  1e-160  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  43.25 
 
 
301 aa  226  3e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.2 
 
 
296 aa  217  1e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.2 
 
 
296 aa  217  1e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.2 
 
 
296 aa  217  1e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.2 
 
 
296 aa  217  1e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.2 
 
 
296 aa  217  2e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.2 
 
 
296 aa  217  2e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.2 
 
 
296 aa  217  2e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.62 
 
 
299 aa  216  4e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.2 
 
 
296 aa  215  8e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.2 
 
 
296 aa  215  8e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.85 
 
 
298 aa  213  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.37 
 
 
296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  42.7 
 
 
296 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.78 
 
 
296 aa  212  5.999999999999999e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.64 
 
 
298 aa  208  7e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.57 
 
 
298 aa  207  1e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1239  hypothetical protein  41.15 
 
 
299 aa  207  2e-52  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.968724 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  47.6 
 
 
297 aa  206  2e-52  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2436  tyrosine recombinase XerD  39 
 
 
305 aa  204  9e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.578966 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  41.31 
 
 
299 aa  203  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  42.19 
 
 
304 aa  203  2e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  42.8 
 
 
295 aa  203  3e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  41.91 
 
 
295 aa  203  3e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  41.11 
 
 
299 aa  202  4e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  43.04 
 
 
308 aa  202  4e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  39.13 
 
 
254 aa  202  5e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  42.29 
 
 
298 aa  202  5e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  43.21 
 
 
295 aa  202  6e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.27 
 
 
298 aa  202  6e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.15 
 
 
298 aa  202  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  40.53 
 
 
296 aa  201  9e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  41.7 
 
 
310 aa  201  9e-51  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  40.96 
 
 
301 aa  201  9e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.15 
 
 
298 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.15 
 
 
298 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.87 
 
 
298 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.15 
 
 
298 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.15 
 
 
298 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  38.89 
 
 
308 aa  201  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  41.06 
 
 
295 aa  199  3e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.77 
 
 
299 aa  200  3e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  41.13 
 
 
297 aa  200  3e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  39.15 
 
 
305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2702  site-specific recombinase  43.64 
 
 
299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.92 
 
 
298 aa  199  5e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.32 
 
 
298 aa  198  6e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  40.32 
 
 
298 aa  198  6e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.32 
 
 
298 aa  198  6e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.32 
 
 
298 aa  198  6e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.32 
 
 
298 aa  198  6e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.44 
 
 
299 aa  199  6e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  40.32 
 
 
298 aa  198  6e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.32 
 
 
298 aa  198  6e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.16 
 
 
299 aa  198  7e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  39.6 
 
 
296 aa  198  7e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.32 
 
 
298 aa  198  7e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.32 
 
 
298 aa  198  7e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.16 
 
 
299 aa  198  7e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  39.7 
 
 
296 aa  198  7e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.16 
 
 
299 aa  198  7e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  40.48 
 
 
295 aa  198  7.999999999999999e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  39.68 
 
 
295 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  39.1 
 
 
304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  38.08 
 
 
301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  41.32 
 
 
302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.17 
 
 
300 aa  196  2.0000000000000003e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0590  tyrosine recombinase XerD  39.84 
 
 
306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.37 
 
 
297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0817  tyrosine recombinase XerD  39.85 
 
 
305 aa  196  3e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.763193  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  39.31 
 
 
295 aa  196  3e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2022  tyrosine recombinase XerD subunit  38.76 
 
 
309 aa  196  3e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  42.15 
 
 
321 aa  196  3e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  41.92 
 
 
300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2038  tyrosine recombinase XerD  40.41 
 
 
311 aa  196  5.000000000000001e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.487981  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1146  tyrosine recombinase XerD  39.6 
 
 
286 aa  194  1e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  39.53 
 
 
303 aa  194  1e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5470  tyrosine recombinase XerD  40.96 
 
 
316 aa  194  1e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.602612  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.15 
 
 
298 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  41.45 
 
 
320 aa  193  2e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0139  tyrosine recombinase XerD  39.84 
 
 
312 aa  194  2e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.24 
 
 
299 aa  193  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  40.16 
 
 
295 aa  194  2e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  40.48 
 
 
300 aa  193  3e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  41.2 
 
 
306 aa  193  3e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  41.83 
 
 
294 aa  193  3e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02665  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.52 
 
 
336 aa  192  3e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  39.37 
 
 
302 aa  192  4e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  38.35 
 
 
309 aa  192  5e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  38.37 
 
 
295 aa  192  5e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  40.23 
 
 
300 aa  192  5e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3331  tyrosine recombinase XerD  40.61 
 
 
300 aa  192  7e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  39.18 
 
 
295 aa  191  8e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  39.18 
 
 
295 aa  191  8e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  41.53 
 
 
292 aa  191  8e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  44.4 
 
 
290 aa  191  8e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  41.15 
 
 
298 aa  191  9e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  39.68 
 
 
302 aa  191  1e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0124  phage integrase family protein  45.54 
 
 
298 aa  191  1e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.776243  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>