More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE0085 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE0085  ATP-dependent DNA helicase UvrD  100 
 
 		 1139 aa  2320    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  25.57 
 
 		 1121 aa  213  2e-53  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1286  UvrD/REP helicase  26.21 
 
 		 1074 aa  189  3e-46  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  22.76 
 
 		 1241 aa  188  6e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.65 
 
 		 1241 aa  188  6e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.65 
 
 		 1241 aa  186  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  23.96 
 
 		 1061 aa  186  2.0000000000000003e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  23.25 
 
 		 1241 aa  183  1e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  24.45 
 
 		 1282 aa  183  1e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  23.25 
 
 		 1241 aa  183  1e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0841  UvrD/REP helicase  25.31 
 
 		 1161 aa  183  2e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.94071  normal  0.0247795 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.49 
 
 		 1241 aa  183  2e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  22.76 
 
 		 1242 aa  182  2.9999999999999997e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  25.87 
 
 		 1226 aa  182  4e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.89 
 
 		 1240 aa  182  4e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.76 
 
 		 1241 aa  181  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.49 
 
 		 1241 aa  181  5.999999999999999e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.32 
 
 		 1241 aa  180  2e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4408  UvrD/REP helicase  24.63 
 
 		 1123 aa  179  3e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.471337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  22.81 
 
 		 1244 aa  165  4.0000000000000004e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  24.49 
 
 		 1115 aa  159  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  24.11 
 
 		 1217 aa  159  3e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  24.11 
 
 		 1217 aa  159  3e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1805  UvrD/REP helicase  24.56 
 
 		 1184 aa  158  5.0000000000000005e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  25.74 
 
 		 1110 aa  158  6e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.51 
 
 		 1251 aa  158  7e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  22.42 
 
 		 1218 aa  156  2.9999999999999998e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2076  UvrD/REP helicase  23.86 
 
 		 1240 aa  154  8.999999999999999e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.692604  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3423  recombination helicase AddA  23.97 
 
 		 1377 aa  154  1e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1146  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  22.12 
 
 		 1236 aa  153  2e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  23.62 
 
 		 1117 aa  152  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1357  UvrD/REP helicase  26.99 
 
 		 1196 aa  148  7.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  24.07 
 
 		 1119 aa  147  8.000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  27.88 
 
 		 1057 aa  146  2e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  24.56 
 
 		 1080 aa  145  3e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3622  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.43 
 
 		 1135 aa  142  3e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.750566 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  24.46 
 
 		 1106 aa  141  6e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08490  ATP-dependent exonuclase V beta subunit, helicase and exonuclease domain-containing  22.96 
 
 		 1251 aa  141  7.999999999999999e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.266931 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2832  recombination helicase AddA  23.14 
 
 		 1392 aa  140  1e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00770  ATP-dependent exonuclase V beta subunit, helicase and exonuclease domain-containing  24.27 
 
 		 1262 aa  138  5e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  24.26 
 
 		 1106 aa  138  6.0000000000000005e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  26.47 
 
 		 1248 aa  138  7.000000000000001e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3105  UvrD/REP helicase  22.96 
 
 		 1047 aa  137  8e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.224612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1276  UvrD-like DNA helicase, C terminal  25.04 
 
 		 1230 aa  135  3e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.85 
 
 		 1200 aa  134  7.999999999999999e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  24.97 
 
 		 1149 aa  132  3e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0344  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.88 
 
 		 1130 aa  131  7.000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3118  UvrD/REP helicase  23.09 
 
 		 1061 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674969 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  23.21 
 
 		 1159 aa  125  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.45 
 
 		 1230 aa  125  4e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0203  UvrD-like DNA helicase, C terminal  24.92 
 
 		 1233 aa  124  7e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  23.56 
 
 		 1124 aa  124  8e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  25.46 
 
 		 1177 aa  124  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0324  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25 
 
 		 1129 aa  124  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.904758 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1486  recombination helicase AddA  22.96 
 
 		 1242 aa  123  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  26.46 
 
 		 1173 aa  122  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  22.6 
 
 		 1244 aa  122  3e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0782  UvrD/REP helicase  22.95 
 
 		 1107 aa  121  7.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.685172  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.43 
 
 		 1177 aa  121  7.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1031  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  25 
 
 		 1204 aa  120  9.999999999999999e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.655323  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1571  UvrD/REP helicase  25.27 
 
 		 1110 aa  119  1.9999999999999998e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0988  UvrD/REP helicase  22.36 
 
 		 1146 aa  120  1.9999999999999998e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.181635  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0681  exodeoxyribonuclease V beta chain  24.53 
 
 		 1208 aa  119  3e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.112115  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.62 
 
 		 1200 aa  117  8.999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  22.25 
 
 		 1161 aa  116  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1560  UvrD/REP helicase  22.73 
 
 		 1054 aa  115  3e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.538348  normal  0.490234 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1775  hypothetical protein  25.93 
 
 		 1076 aa  115  4.0000000000000004e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0519  UvrD/REP helicase  25.54 
 
 		 1130 aa  115  4.0000000000000004e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2005  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.75 
 
 		 1155 aa  115  5e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1776  hypothetical protein  25.56 
 
 		 1076 aa  114  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1708  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  23.94 
 
 		 1118 aa  113  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01028  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  21.97 
 
 		 1336 aa  113  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1403  UvrD/REP helicase  26.26 
 
 		 900 aa  113  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.405797  normal  0.0281555 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0025  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.88 
 
 		 1271 aa  113  3e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  24.58 
 
 		 1173 aa  111  7.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1910  UvrD/REP helicase  27.5 
 
 		 907 aa  110  1e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  24.93 
 
 		 1180 aa  110  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0874  exonuclease RexA  24.3 
 
 		 1207 aa  110  2e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.149314  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0579  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.17 
 
 		 1085 aa  110  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0910  putative recombination protein RecB  27.57 
 
 		 933 aa  109  2e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.646697  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2254  UvrD/REP helicase  23.51 
 
 		 685 aa  109  3e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.816502  normal  0.58095 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  25 
 
 		 1125 aa  109  3e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0025  recombination helicase AddA  24.92 
 
 		 1270 aa  109  3e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  26.53 
 
 		 1180 aa  108  4e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0090  putative recombination protein RecB  27.68 
 
 		 903 aa  108  4e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1341  UvrD/REP helicase  29.45 
 
 		 1195 aa  108  5e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.638227  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  26.69 
 
 		 1180 aa  108  6e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  26.4 
 
 		 1187 aa  108  7e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2352  UvrD/REP helicase  22.86 
 
 		 920 aa  107  1e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2642  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  21.94 
 
 		 1229 aa  107  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1741  UvrD/REP helicase  24.79 
 
 		 1162 aa  107  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.616964  hitchhiker  0.00243499 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  25.29 
 
 		 1173 aa  107  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0851  UvrD/REP helicase  21.08 
 
 		 1349 aa  106  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0309  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  22.03 
 
 		 1186 aa  107  2e-21  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  26.05 
 
 		 705 aa  106  3e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1055  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  21.05 
 
 		 1203 aa  105  4e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2985  UvrD/REP helicase  23.59 
 
 		 1131 aa  105  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.105436  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0233  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.14 
 
 		 639 aa  105  4e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  23.7 
 
 		 1120 aa  105  4e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  24.59 
 
 		 1185 aa  105  5e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>