59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TBFG_12774 on replicon NC_009565
Organism: Mycobacterium tuberculosis F11



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009565  TBFG_12774  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS  100 
 
 
364 aa  737  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  30.59 
 
 
417 aa  126  6e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  41.4 
 
 
378 aa  112  8e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  35.06 
 
 
371 aa  103  4e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  28.19 
 
 
416 aa  103  5e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  33.54 
 
 
351 aa  99  1e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  38.62 
 
 
424 aa  96.3  8e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.96 
 
 
428 aa  95.9  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  37.16 
 
 
430 aa  90.5  4e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  34.72 
 
 
374 aa  81.3  2e-14  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  25.69 
 
 
390 aa  75.9  1e-12  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  31.34 
 
 
428 aa  74.3  3e-12  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  27.03 
 
 
354 aa  73.2  7e-12  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  27.95 
 
 
422 aa  73.2  7e-12  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  27.82 
 
 
397 aa  72.4  1e-11  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  27.34 
 
 
303 aa  72.4  1e-11  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  5.13186e-05  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  28.47 
 
 
400 aa  72  2e-11  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  32.46 
 
 
413 aa  70.9  4e-11  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  32.16 
 
 
413 aa  69.7  8e-11  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  29.1 
 
 
364 aa  67.8  3e-10  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  27.71 
 
 
429 aa  64.7  2e-09  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  23.68 
 
 
419 aa  64.7  2e-09  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  4.06123e-05 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1094  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.54 
 
 
205 aa  64.3  3e-09  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0782363  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  31.11 
 
 
419 aa  64.3  3e-09  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  29.2 
 
 
414 aa  60.8  4e-08  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  22.07 
 
 
385 aa  60.8  4e-08  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  31.91 
 
 
444 aa  60.5  5e-08  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1435  restriction modification system DNA specificity subunit  29.91 
 
 
340 aa  59.3  9e-08  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.16 
 
 
442 aa  58.2  2e-07  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  31.58 
 
 
368 aa  58.2  2e-07  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  23.74 
 
 
427 aa  58.2  2e-07  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.99 
 
 
386 aa  57.8  3e-07  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  27.27 
 
 
415 aa  57.8  3e-07  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  24.23 
 
 
373 aa  57.4  4e-07  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  26.99 
 
 
418 aa  56.2  8e-07  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  26.99 
 
 
418 aa  56.2  8e-07  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.64 
 
 
388 aa  54.3  4e-06  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  29.45 
 
 
415 aa  54.3  4e-06  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1544  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.5 
 
 
374 aa  53.5  5e-06  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  24.66 
 
 
393 aa  52.8  9e-06  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  27.64 
 
 
402 aa  51.2  3e-05  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.54 
 
 
532 aa  50.1  5e-05  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  26.35 
 
 
406 aa  50.1  7e-05  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  30.97 
 
 
392 aa  49.7  7e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  24.31 
 
 
400 aa  50.1  7e-05  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  22.68 
 
 
388 aa  49.7  9e-05  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  23.93 
 
 
175 aa  49.3  0.0001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  24.54 
 
 
477 aa  48.5  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  26.01 
 
 
405 aa  48.1  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  27.12 
 
 
405 aa  47.8  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  23.75 
 
 
360 aa  47  0.0005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3010  restriction endonuclease S subunits-like protein  27.81 
 
 
388 aa  47  0.0005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.116402  normal  0.20864 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  25.47 
 
 
364 aa  46.2  0.0009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  28.21 
 
 
363 aa  45.8  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1500  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.82 
 
 
398 aa  45.8  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.100633  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  25.61 
 
 
395 aa  45.4  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  28.77 
 
 
401 aa  45.4  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  32.63 
 
 
363 aa  43.9  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  23.94 
 
 
390 aa  43.1  0.007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  2.69296e-06  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>