More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TBFG_10085 on replicon NC_009565
Organism: Mycobacterium tuberculosis F11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009565  TBFG_10085  formate hydrogenlyase hycD  100 
 
 
316 aa  595  1e-169  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.14852e-09  normal  0.333416 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2986  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  65.18 
 
 
316 aa  338  1e-91  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.045877  hitchhiker  0.00511814 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4704  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  66.55 
 
 
307 aa  325  4e-88  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4468  putative formate hydrogenlyase HycD (FHL)  56.31 
 
 
316 aa  258  9e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2461  hydrogenase, membrane subunit 3-like protein (EchB-like)  46.13 
 
 
314 aa  226  3e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.823728 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2475  NADH dehydrogenase  47.2 
 
 
318 aa  225  7e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.636409 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3854  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  46.04 
 
 
316 aa  219  5e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2150  hydrogenase-4, C subunit  45.31 
 
 
313 aa  216  4e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1808  formate hydrogenlyase membrane subunit HyfD  45.31 
 
 
313 aa  216  4e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.63651  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0930  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  46.21 
 
 
316 aa  216  6e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150795  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3291  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  41.69 
 
 
316 aa  214  2e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1261  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  44.2 
 
 
316 aa  212  5e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0917  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  43.25 
 
 
315 aa  212  8e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.941707 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1397  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  44.77 
 
 
318 aa  212  9e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0328  formate hydrogenlyase subunit 4  42.61 
 
 
316 aa  205  8e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.346135  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1306  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  35.45 
 
 
305 aa  204  1e-51  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6066  formate hydrogenlyase subunit 4  42.25 
 
 
316 aa  202  5e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.214804  hitchhiker  0.000633847 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1141  hydrogenase subunit  44.79 
 
 
312 aa  201  1e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.887658  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0167  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  45.42 
 
 
317 aa  201  1e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.440005  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1262  formate hydrogenlyase subunit 4  43.46 
 
 
316 aa  201  2e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.583518  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1531  putative hydrogenase, membrane subunit  42.4 
 
 
316 aa  197  2e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1616  putative hydrogenase, membrane subunit  42.4 
 
 
316 aa  197  2e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4670  hydrogenase subunit C  41.58 
 
 
315 aa  196  4e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112602  normal  0.180606 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0702  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  35.71 
 
 
311 aa  196  4e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.249973  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0178  formate hydrogenlyase subunit 4  40.27 
 
 
316 aa  192  6e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0110  formate hydrogenlyase subunit 4  43.01 
 
 
975 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0792  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  42.12 
 
 
299 aa  191  2e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1690  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  32.79 
 
 
312 aa  188  1e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.178697  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1126  formate hydrogenlyase subunit 4  35.37 
 
 
313 aa  178  1e-43  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.519574  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4287  hydrogenase, membrane subunit 3-like protein (EchB-like)  37.11 
 
 
328 aa  173  4e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00137692  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2190  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  38.11 
 
 
313 aa  169  6e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.552986 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1452  hydrogenase, HycD subunit  36.08 
 
 
316 aa  164  2e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0337  NAD-dependent dehydrogenase subunit  37.76 
 
 
302 aa  164  2e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.419633  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1821  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  33.33 
 
 
313 aa  163  3e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000380647  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3656  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  39.01 
 
 
302 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0153222  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1574  hydrogenase, HycD subunit, putative  36.08 
 
 
313 aa  161  1e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3714  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  40.14 
 
 
302 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3797  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  40.14 
 
 
302 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.492003  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2600  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  37.02 
 
 
302 aa  160  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1320  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  35.59 
 
 
313 aa  159  6e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1070  NAD-dependent dehydrogenase subunit  35.07 
 
 
302 aa  159  9e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.36021e-34 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2709  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  35.74 
 
 
315 aa  157  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1793  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  33.87 
 
 
314 aa  157  2e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.116687  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3191  NAD-dependent dehydrogenase subunit  34.74 
 
 
302 aa  157  2e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.20554  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2431  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  35.89 
 
 
311 aa  154  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2971  formate hydrogenlyase, subunit D  34.93 
 
 
307 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3160  formate hydrogenlyase, subunit D  34.59 
 
 
307 aa  153  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.184477 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3002  formate hydrogenlyase subunit D  34.59 
 
 
307 aa  153  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00604695 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3037  formate hydrogenlyase subunit D  34.59 
 
 
307 aa  153  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000217312 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0603  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  33.98 
 
 
317 aa  153  4e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.47269  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3053  formate hydrogenlyase subunit D  34.59 
 
 
307 aa  153  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.190103 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2557  NAD-dependent dehydrogenase subunit  37.37 
 
 
303 aa  151  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0374  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  36.14 
 
 
302 aa  151  2e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00620608  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0990  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  33.9 
 
 
307 aa  150  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0456069 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0967  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  33.9 
 
 
307 aa  150  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02572  hydrogenase 3, membrane subunit  33.9 
 
 
307 aa  150  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533076  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02537  hypothetical protein  33.9 
 
 
307 aa  150  3e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.478077  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3010  formate hydrogenlyase, subunit D  33.9 
 
 
307 aa  150  3e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2858  formate hydrogenlyase, subunit D  33.9 
 
 
307 aa  150  3e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2847  formate hydrogenlyase, subunit D  33.56 
 
 
307 aa  149  7e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.115372 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0777  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  35.84 
 
 
313 aa  149  7e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.289576  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3154  formate hydrogenlyase, subunit D  33.56 
 
 
307 aa  148  9e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0891  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  36.01 
 
 
302 aa  147  2e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3973  formate hydrogenlyase, subunit D  33.22 
 
 
307 aa  146  4e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3195  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  33.56 
 
 
307 aa  145  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3782  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  35.74 
 
 
303 aa  142  6e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0166339  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0740  NAD-dependent dehydrogenase subunit  34.69 
 
 
302 aa  140  2e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.618786  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1284  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  35.51 
 
 
315 aa  140  3e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0584834  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0778  formate hydrogenlyase subunit 4 (HycD)  29.3 
 
 
319 aa  139  7e-32  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.24219  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0731  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.15 
 
 
320 aa  135  1e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0127528  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2616  hydrogenase-4 component C  36.21 
 
 
315 aa  131  1e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3705  hydrogenase-4 component C  36.21 
 
 
315 aa  132  1e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.438396  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3277  NAD-dependent dehydrogenase subunit  33.48 
 
 
308 aa  131  1e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1186  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  35.78 
 
 
315 aa  130  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00950  formate hydrogenlyase subunit 4  30.15 
 
 
309 aa  129  4e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0942  hydrogenase, component C-formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  30.59 
 
 
304 aa  129  6e-29  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.121502  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2855  hydrogenase-4 component C  35.34 
 
 
314 aa  127  3e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2765  hydrogenase-4 component C  35.78 
 
 
314 aa  126  4e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1996  formate hydrogenlyase subunit 4 (HycD)  28.67 
 
 
317 aa  121  1e-26  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.503426  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1432  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  29.55 
 
 
313 aa  120  3e-26  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0187  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.84 
 
 
312 aa  119  9e-26  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4574  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.3 
 
 
312 aa  117  2e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3433  hypothetical protein  36.01 
 
 
285 aa  117  3e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.845767  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3214  hypothetical protein  36.01 
 
 
285 aa  117  3e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.97087  normal  0.0411002 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0317  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  31.58 
 
 
300 aa  109  5e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.460489  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2630  hydrogenase-4 component C  34.91 
 
 
315 aa  109  7e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2793  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.83 
 
 
303 aa  108  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2785  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.83 
 
 
303 aa  108  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2619  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  33.58 
 
 
301 aa  105  7e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0721168  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1790  hydrogenase-4 component C  28.3 
 
 
306 aa  99.4  7e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00154252  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2457  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.89 
 
 
349 aa  96.3  6e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.112935  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1863  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  26.78 
 
 
308 aa  95.9  8e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0153018  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1913  hypothetical protein  27.52 
 
 
306 aa  94.4  2e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0131  hydrogenase-4 component C  27.66 
 
 
306 aa  94  3e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.103807  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1421  membrane bound hydrogenase subunit mbhM  29.67 
 
 
323 aa  90.9  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.245548  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4505  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.85 
 
 
319 aa  89.7  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.166702 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3193  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  29.96 
 
 
332 aa  85.9  8e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0151  ech hydrogenase subunit B  26.74 
 
 
287 aa  85.5  1e-15  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1881  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  29.27 
 
 
323 aa  82.8  6e-15  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.417671  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2226  NADH dehydrogenase (quinone)  32 
 
 
328 aa  82.8  8e-15  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>