More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TBFG_10002 on replicon NC_009565
Organism: Mycobacterium tuberculosis F11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009565  TBFG_10002  DNA polymerase III subunit beta  100 
 
 
402 aa  788  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  79.6 
 
 
398 aa  622  1e-177  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  78.86 
 
 
398 aa  618  1e-176  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  78.86 
 
 
398 aa  619  1e-176  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  78.86 
 
 
398 aa  618  1e-176  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  77.86 
 
 
398 aa  600  1e-170  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  66.08 
 
 
396 aa  522  1e-147  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  66.58 
 
 
388 aa  507  1e-142  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  57.32 
 
 
378 aa  428  1e-119  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00020  DNA polymerase III subunit beta  57.68 
 
 
379 aa  387  1e-106  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  2.51098e-09  normal  0.535088 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  51.07 
 
 
408 aa  377  1e-103  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  50.77 
 
 
375 aa  372  1e-102  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  6.84448e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0002  DNA polymerase III, beta subunit  52.42 
 
 
386 aa  375  1e-102  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  51.03 
 
 
379 aa  369  1e-101  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  49.37 
 
 
408 aa  367  1e-100  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.31 
 
 
396 aa  357  3e-97  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0135269  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0086  DNA polymerase III subunit beta  47.96 
 
 
379 aa  350  2e-95  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  47.45 
 
 
380 aa  347  2e-94  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  1.43991e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  49.49 
 
 
378 aa  345  1e-93  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.97 
 
 
379 aa  339  5e-92  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  46.68 
 
 
376 aa  337  2e-91  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00020  DNA polymerase III, beta subunit  46.02 
 
 
376 aa  333  5e-90  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  45.66 
 
 
377 aa  332  8e-90  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0003  DNA polymerase III, beta subunit  45.97 
 
 
402 aa  331  1e-89  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  1.38278e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.62 
 
 
374 aa  330  2e-89  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.24 
 
 
387 aa  330  3e-89  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0002  DNA polymerase III, beta subunit  46.79 
 
 
377 aa  330  3e-89  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.00244113  unclonable  1.86271e-08 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0003  DNA polymerase III, beta subunit  47.5 
 
 
386 aa  330  4e-89  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0002  DNA polymerase III, beta subunit  46.04 
 
 
378 aa  328  1e-88  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  44.33 
 
 
374 aa  327  2e-88  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.73 
 
 
376 aa  326  4e-88  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  8.49521e-07  normal  0.168185 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0003  DNA polymerase III, beta subunit  47.18 
 
 
377 aa  325  7e-88  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  3.16606e-10  hitchhiker  0.00386911 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.85 
 
 
374 aa  323  4e-87  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.5514e-14 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  44.99 
 
 
374 aa  319  6e-86  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.85 
 
 
383 aa  318  1e-85  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00435185 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  43.56 
 
 
365 aa  311  1e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00020  DNA polymerase III, beta subunit  42.89 
 
 
378 aa  310  3e-83  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0002  DNA polymerase III subunit beta  45.24 
 
 
380 aa  308  8e-83  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000348637  normal  0.134322 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5295  DNA polymerase III, beta subunit  43.94 
 
 
384 aa  295  7e-79  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3544  DNA polymerase III subunit beta  40.77 
 
 
364 aa  261  1e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.908435  normal  0.835762 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1435  DNA polymerase III subunit beta  37.01 
 
 
374 aa  253  3e-66  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.674698  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0044  DNA polymerase III, beta subunit  34.99 
 
 
374 aa  248  1e-64  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5871  DNA polymerase III, beta subunit  39.29 
 
 
404 aa  226  4e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.24159  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0738  DNA polymerase III beta subunit family protein  37.02 
 
 
433 aa  226  6e-58  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.911699 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.75 
 
 
365 aa  189  5e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  30.18 
 
 
366 aa  188  1e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  5.53224e-06  hitchhiker  3.89013e-07 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.23 
 
 
369 aa  174  3e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  27.37 
 
 
365 aa  172  9e-42  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.81 
 
 
378 aa  164  2e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.92 
 
 
366 aa  160  4e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.53 
 
 
366 aa  160  5e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.53 
 
 
366 aa  160  5e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  25.91 
 
 
366 aa  159  6e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  29.32 
 
 
385 aa  159  8e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.27 
 
 
378 aa  159  9e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  1.67002e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.79 
 
 
378 aa  157  2e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.41 
 
 
375 aa  158  2e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  4.18991e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  26.85 
 
 
365 aa  157  2e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  5.99685e-05 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  28.82 
 
 
376 aa  157  3e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.57 
 
 
385 aa  157  3e-37  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  28.57 
 
 
385 aa  157  4e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.06 
 
 
372 aa  152  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  29.27 
 
 
390 aa  152  1e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.64 
 
 
374 aa  151  2e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  3.74529e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1227  DNA polymerase III, beta subunit  27.3 
 
 
378 aa  150  3e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  1.28167e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1009  DNA polymerase III, beta subunit  27.05 
 
 
378 aa  149  1e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  5.12645e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0686  DNA polymerase III, beta subunit  26.75 
 
 
366 aa  149  1e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0347365  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0199  DNA polymerase III subunit beta  28.35 
 
 
374 aa  149  1e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  5.79402e-05  normal  0.0770055 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1036  DNA polymerase III, beta subunit  26.88 
 
 
378 aa  147  3e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  3.28779e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  26.67 
 
 
379 aa  147  4e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.24 
 
 
367 aa  146  6e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  3.48538e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.67 
 
 
379 aa  146  6e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.67 
 
 
379 aa  146  6e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0662  DNA polymerase III, beta subunit  25.97 
 
 
366 aa  145  1e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  3.26321e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  26.67 
 
 
379 aa  145  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  8.20509e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.67 
 
 
379 aa  145  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.79 
 
 
381 aa  144  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.67 
 
 
379 aa  145  2e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132884  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0002  DNA polymerase III subunit beta  26.67 
 
 
379 aa  145  2e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.341639  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.38 
 
 
380 aa  144  2e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  26.07 
 
 
375 aa  144  3e-33  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  1.5774e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.5 
 
 
385 aa  144  4e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.354313  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.54 
 
 
377 aa  144  4e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.54 
 
 
377 aa  144  4e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0251  DNA polymerase III, beta subunit  34.03 
 
 
365 aa  143  5e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.79 
 
 
381 aa  142  8e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  28.29 
 
 
366 aa  142  1e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.26636e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.88 
 
 
372 aa  142  2e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  1.38199e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0019  DNA polymerase III, beta subunit  29.14 
 
 
378 aa  141  2e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  28.89 
 
 
366 aa  140  3e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  9.97729e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.43 
 
 
376 aa  140  3e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.65 
 
 
365 aa  140  3e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0002  DNA polymerase III subunit beta  26.53 
 
 
381 aa  140  4e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  3.41772e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5318  DNA polymerase III subunit beta  26.53 
 
 
381 aa  140  4e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.00172021  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4406  DNA polymerase III, beta subunit  25.63 
 
 
377 aa  140  4e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.150139  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0231  DNA polymerase III, beta subunit  25.91 
 
 
367 aa  140  6e-32  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  8.74025e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  26.84 
 
 
377 aa  139  7e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  26.12 
 
 
366 aa  139  1e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  26.49 
 
 
376 aa  139  1e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  1.88302e-11  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  23.99 
 
 
366 aa  139  1e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>