More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Synpcc7942_1999 on replicon NC_007604
Organism: Synechococcus elongatus PCC 7942



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  100 
 
 
95 aa  192  2e-48  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  75 
 
 
94 aa  136  7.999999999999999e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0252  RNP-1 like RNA-binding protein  74.68 
 
 
90 aa  136  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.313784 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  67.02 
 
 
99 aa  132  1.9999999999999998e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  63.16 
 
 
105 aa  129  9e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1079  RNP-1 like RNA-binding protein  61.54 
 
 
98 aa  125  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000508915  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  61.54 
 
 
98 aa  125  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  63.74 
 
 
99 aa  125  3e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0128  RNA-binding region RNP-1  69.88 
 
 
103 aa  124  3e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  65.85 
 
 
104 aa  124  6e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  66.27 
 
 
109 aa  122  2e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  62.77 
 
 
101 aa  122  2e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  56.52 
 
 
110 aa  119  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  65.06 
 
 
103 aa  119  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  63.41 
 
 
111 aa  118  3e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  67.07 
 
 
103 aa  118  3e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  57.89 
 
 
98 aa  115  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.319676 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  59.09 
 
 
97 aa  116  9.999999999999999e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0348  RNP-1 like RNA-binding protein  59.34 
 
 
94 aa  115  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0341  RNP-1 like RNA-binding protein  59.34 
 
 
94 aa  115  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  62.65 
 
 
99 aa  114  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  61.45 
 
 
102 aa  114  6e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  59.34 
 
 
96 aa  111  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.239557 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  60.98 
 
 
102 aa  111  4.0000000000000004e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1118  RNP-1 like RNA-binding protein  57.89 
 
 
101 aa  110  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.761285  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1525  RNP-1 like RNA-binding protein  62.2 
 
 
92 aa  109  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1552  RNP-1 like RNA-binding protein  62.2 
 
 
92 aa  109  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.863608 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  57.95 
 
 
89 aa  107  5e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09671  RNA-binding protein RbpD  58.02 
 
 
104 aa  106  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1404  RNA-binding region RNP-1  62.03 
 
 
95 aa  106  1e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.187524  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4357  RNP-1 like RNA-binding protein  52.63 
 
 
97 aa  105  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1645  RNA recognition motif-containing protein  60.76 
 
 
95 aa  104  4e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0679  RNA-binding region RNP-1  65.85 
 
 
107 aa  104  4e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19341  hypothetical protein  57.32 
 
 
82 aa  103  6e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.39481  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1059  RNA recognition motif-containing protein  57.32 
 
 
82 aa  103  6e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4642  RNA-binding region RNP-1  60.47 
 
 
102 aa  103  8e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0167628  normal  0.0600558 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0014  RNA-binding region RNP-1  58.75 
 
 
196 aa  100  5e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0890039  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11941  peptidylprolyl isomerase  52.81 
 
 
97 aa  100  8e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.408542  normal  0.27768 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0014  RNA recognition motif-containing protein  57.5 
 
 
173 aa  99.4  1e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00121  RNA recognition motif-containing protein  57.5 
 
 
250 aa  99  2e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0705626  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1340  RNA recognition motif-containing protein  57.5 
 
 
250 aa  99  2e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00131  RNA recognition motif-containing protein  57.5 
 
 
245 aa  98.6  3e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00821888 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00131  RNA recognition motif-containing protein  56.25 
 
 
202 aa  96.7  9e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1510  RNA recognition motif-containing protein  52.5 
 
 
81 aa  94.7  4e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.206818  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0013  RNA-binding region RNP-1 (RNA recognition motif)  56.25 
 
 
222 aa  94.4  4e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00121  RNA recognition motif-containing protein  55 
 
 
222 aa  94.4  5e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.239184  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1499  RNA-binding region RNP-1  42.11 
 
 
100 aa  92.8  1e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.212691  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00121  RNA recognition motif-containing protein  56.96 
 
 
203 aa  92  2e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.3683  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00121  RNA recognition motif-containing protein  55 
 
 
217 aa  91.3  4e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.044748  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2851  RNP-1 like RNA-binding protein  54.74 
 
 
97 aa  90.5  8e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  56.32 
 
 
88 aa  89  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  54.76 
 
 
88 aa  89  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15501  RNA-binding protein RbpD  40 
 
 
96 aa  87.4  6e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  49.38 
 
 
82 aa  87  8e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  54.88 
 
 
89 aa  86.3  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  53.85 
 
 
107 aa  86.7  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  54.22 
 
 
87 aa  86.3  1e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  44.32 
 
 
90 aa  85.9  2e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  48.75 
 
 
114 aa  85.9  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  57.89 
 
 
89 aa  85.5  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  44.58 
 
 
89 aa  84  7e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  52.44 
 
 
86 aa  83.6  9e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  52.38 
 
 
90 aa  82  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  52.87 
 
 
88 aa  82.4  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0980  RNA-binding region RNP-1  47.5 
 
 
81 aa  81.6  0.000000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  hitchhiker  0.000651233  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  54.76 
 
 
88 aa  81.3  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0944  RNP-1 like RNA-binding protein  48.15 
 
 
117 aa  81.3  0.000000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  46.43 
 
 
88 aa  80.5  0.000000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  47.5 
 
 
146 aa  80.5  0.000000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  45.78 
 
 
101 aa  80.1  0.000000000000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  42.53 
 
 
157 aa  79.7  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  43.18 
 
 
90 aa  79.7  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  46.99 
 
 
88 aa  79.7  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_8269  predicted protein  50 
 
 
77 aa  79.3  0.00000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  54.67 
 
 
88 aa  78.6  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  43.9 
 
 
122 aa  79  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  48.78 
 
 
143 aa  78.6  0.00000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  43.75 
 
 
108 aa  78.2  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  48.05 
 
 
95 aa  78.2  0.00000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  40.74 
 
 
162 aa  77.8  0.00000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  42.17 
 
 
140 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0140  RNP-1-like RNA-binding protein  47.62 
 
 
152 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0664394 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  39.76 
 
 
150 aa  77.4  0.00000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  39.76 
 
 
148 aa  77.4  0.00000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2769  RNA-binding protein, RNP-1  41.05 
 
 
119 aa  77.4  0.00000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.00000000000135251  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  42.17 
 
 
122 aa  77.4  0.00000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0195  RNA-binding protein  46.34 
 
 
151 aa  77  0.00000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237988  normal  0.0118199 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  39.76 
 
 
132 aa  76.6  0.00000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4336  RNP-1-like RNA-binding protein  48.15 
 
 
155 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000106713  hitchhiker  0.0000013394 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  38.64 
 
 
90 aa  75.5  0.0000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  44.05 
 
 
87 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0233  RNA-binding protein  45.12 
 
 
149 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540695  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39629  predicted protein  43.42 
 
 
86 aa  75.1  0.0000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_8270  predicted protein  46.51 
 
 
84 aa  75.1  0.0000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  45.88 
 
 
97 aa  75.5  0.0000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  39.76 
 
 
152 aa  75.1  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  46.25 
 
 
114 aa  75.1  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1761  RNP-1 like RNA-binding protein  45.68 
 
 
96 aa  75.1  0.0000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000000106406  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  38.55 
 
 
134 aa  75.1  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  39.76 
 
 
151 aa  75.1  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>