More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Synpcc7942_1746 on replicon NC_007604
Organism: Synechococcus elongatus PCC 7942



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007604  Synpcc7942_1746  group2 RNA polymerase sigma factor SigB  100 
 
 
320 aa  642    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.204199  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2539  RNA polymerase sigma factor  68.87 
 
 
328 aa  451  1.0000000000000001e-126  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2825  RNA polymerase sigma factor  67.61 
 
 
328 aa  447  1e-125  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000598465 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3567  RNA polymerase sigma factor  68.87 
 
 
328 aa  451  1e-125  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000319642  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1480  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  68.67 
 
 
327 aa  447  1.0000000000000001e-124  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000452918  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1905  RNA polymerase sigma factor  67.82 
 
 
327 aa  436  1e-121  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000225231  normal  0.0162266 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1584  RNA polymerase sigma factor  66.04 
 
 
327 aa  428  1e-119  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0418085 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1673  RNA polymerase sigma factor SigD  64.87 
 
 
318 aa  417  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0784  RNA polymerase sigma factor  65.38 
 
 
336 aa  401  1e-111  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.532885  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4527  RNA polymerase sigma factor SigD  63.29 
 
 
318 aa  401  1e-111  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.479044 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3061  RNA polymerase sigma factor SigD  62.54 
 
 
318 aa  397  1e-109  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1892  RNA polymerase sigma factor SigD  62.03 
 
 
332 aa  396  1e-109  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.96303 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3060  RNA polymerase sigma factor SigD  62.54 
 
 
318 aa  397  1e-109  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.650467 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4058  RNA polymerase sigma factor SigD  61.29 
 
 
319 aa  390  1e-107  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.284305  normal  0.0136203 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0572  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  59.38 
 
 
332 aa  390  1e-107  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0672  RNA polymerase sigma factor SigD  61.02 
 
 
320 aa  378  1e-104  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194136  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0139  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  56.74 
 
 
332 aa  362  6e-99  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0093  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  58.39 
 
 
335 aa  361  1e-98  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01641  Type II alternative RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family protein  57.1 
 
 
350 aa  337  9.999999999999999e-92  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0053  sigma-28  53.21 
 
 
316 aa  338  9.999999999999999e-92  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1722  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  53.12 
 
 
344 aa  333  2e-90  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.733843  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20821  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  54.19 
 
 
335 aa  333  2e-90  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1207  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  53.87 
 
 
335 aa  331  9e-90  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18181  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  52.81 
 
 
333 aa  330  2e-89  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18211  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  52.19 
 
 
344 aa  330  3e-89  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18391  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  52.19 
 
 
344 aa  328  7e-89  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09841  Type II alternative RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family protein  56.03 
 
 
320 aa  328  9e-89  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17561  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  52.26 
 
 
335 aa  322  7e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.041437  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1164  RNA polymerase sigma factor SigC  48.22 
 
 
416 aa  316  3e-85  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.115543  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1849  RNA polymerase sigma factor SigC  49.16 
 
 
398 aa  316  4e-85  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.291457 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0565  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  47.67 
 
 
417 aa  314  9.999999999999999e-85  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1788  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.01 
 
 
455 aa  314  9.999999999999999e-85  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.847972  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4172  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.42 
 
 
417 aa  312  5.999999999999999e-84  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0384182  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4132  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.42 
 
 
417 aa  312  5.999999999999999e-84  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2820  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.89 
 
 
418 aa  310  2e-83  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.075955 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1514  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.28 
 
 
378 aa  299  5e-80  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2234  type II alternative RNA polymerase sigma factor  47.08 
 
 
377 aa  297  2e-79  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5068  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.92 
 
 
386 aa  297  2e-79  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.651182  normal  0.814117 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1979  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.08 
 
 
376 aa  294  1e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.953654 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1415  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  51.77 
 
 
295 aa  293  2e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04961  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.79 
 
 
425 aa  293  2e-78  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.147427  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1678  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.12 
 
 
451 aa  293  2e-78  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05531  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.79 
 
 
420 aa  293  3e-78  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.417716 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1829  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.79 
 
 
420 aa  293  4e-78  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2596  type II alternative RNA polymerase sigma factor  46.29 
 
 
377 aa  292  4e-78  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.297655 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0649  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.72 
 
 
399 aa  292  6e-78  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07291  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.47 
 
 
444 aa  291  7e-78  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0681  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.79 
 
 
435 aa  291  1e-77  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.875896 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2817  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  46.69 
 
 
390 aa  290  2e-77  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00156659  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1410  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.37 
 
 
390 aa  290  3e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.414735  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1956  RNA polymerase, sigma 28 subunit  47.14 
 
 
410 aa  288  6e-77  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.672319  decreased coverage  0.00257504 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0154  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.83 
 
 
379 aa  287  2e-76  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0150  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.83 
 
 
379 aa  287  2e-76  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00526884  hitchhiker  0.00120338 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3985  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  51.5 
 
 
389 aa  286  4e-76  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05601  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.47 
 
 
397 aa  285  7e-76  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0497  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.47 
 
 
393 aa  284  1.0000000000000001e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.508169  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05231  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.47 
 
 
394 aa  283  2.0000000000000002e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05531  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.47 
 
 
394 aa  284  2.0000000000000002e-75  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1198  sigma 28 (flagella/sporulation)  51.16 
 
 
378 aa  283  3.0000000000000004e-75  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29561  putative type II alternative RNA polymerase sigma factor  45.09 
 
 
376 aa  282  7.000000000000001e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3149  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.52 
 
 
295 aa  279  4e-74  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.363768 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1557  principal RNA polymerase sigma factor SigA  49.03 
 
 
310 aa  271  1e-71  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.110322  normal  0.483499 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3122  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  51.3 
 
 
372 aa  268  8.999999999999999e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0568  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.17 
 
 
372 aa  266  2e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0111  sigma-70  44.19 
 
 
314 aa  263  4e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1713  RNA polymerase, sigma 28 subunit  49.01 
 
 
413 aa  262  4.999999999999999e-69  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.0793228 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4426  RNA polymerase, sigma 28 subunit  45.85 
 
 
384 aa  262  6.999999999999999e-69  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1463  RNA polymerase sigma factor SigB  45.2 
 
 
332 aa  261  8.999999999999999e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.662899  normal  0.13568 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0569  DNA-directed RNA polymerase sigma subunit (sigma70/sigma32)-like  46.13 
 
 
311 aa  261  1e-68  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00544782 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1424  RNA polymerase sigma factor SigB  44 
 
 
328 aa  261  1e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0865315  hitchhiker  0.0000203032 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3948  RNA polymerase sigma factor SigB  47.56 
 
 
329 aa  259  5.0000000000000005e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0297  RNA polymerase sigma factor  44.13 
 
 
474 aa  258  1e-67  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0692  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.98 
 
 
489 aa  258  1e-67  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0164  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.16 
 
 
375 aa  257  2e-67  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0160  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.16 
 
 
375 aa  256  3e-67  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.303814  normal  0.0300558 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2166  RNA polymerase sigma factor SigB  46.91 
 
 
319 aa  256  4e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0407173  hitchhiker  0.00170553 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2177  RNA polymerase sigma factor SigB  46.91 
 
 
319 aa  256  4e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2223  RNA polymerase sigma factor SigB  46.91 
 
 
319 aa  256  4e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2414  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.05 
 
 
374 aa  255  6e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000700134  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2451  RNA polymerase sigma factor SigB  46.43 
 
 
329 aa  255  6e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.449528  normal  0.642503 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1237  RpoD family RNA polymerase sigma factor  44.59 
 
 
423 aa  255  7e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.002863 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0365  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.72 
 
 
338 aa  255  8e-67  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1127  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.07 
 
 
368 aa  255  9e-67  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.00000000000620377  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1761  RNA polymerase sigma factor  43.4 
 
 
559 aa  254  1.0000000000000001e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2245  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.83 
 
 
489 aa  254  1.0000000000000001e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12718  RNA polymerase sigma factor  44.87 
 
 
528 aa  254  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1653  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.74 
 
 
368 aa  254  1.0000000000000001e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00000164842  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1619  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.74 
 
 
368 aa  254  1.0000000000000001e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000324281  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12724  RNA polymerase sigma factor SigB  45.57 
 
 
345 aa  254  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3505  sigma 38  43.04 
 
 
422 aa  254  2.0000000000000002e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0157  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.72 
 
 
375 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2461  RNA polymerase sigma factor  44.55 
 
 
478 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2238  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  46.23 
 
 
337 aa  253  3e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0708538  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2352  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.48 
 
 
392 aa  253  3e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1283  sigma 38  44.63 
 
 
409 aa  253  3e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2129  RpoD family RNA polymerase sigma factor  44.63 
 
 
409 aa  253  3e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2057  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  42.9 
 
 
495 aa  253  4.0000000000000004e-66  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.130961  normal  0.746729 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1726  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.74 
 
 
369 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14881  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  45.13 
 
 
313 aa  253  4.0000000000000004e-66  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1607  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  42.45 
 
 
559 aa  252  5.000000000000001e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.512877  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>