More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Synpcc7942_1591 on replicon NC_007604
Organism: Synechococcus elongatus PCC 7942



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007604  Synpcc7942_1591  RNA binding S1  100 
 
 
295 aa  592  1e-168  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.762694 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2933  RNA-binding S1 domain-containing protein  53.66 
 
 
301 aa  325  8.000000000000001e-88  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.768911  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3732  SSU ribosomal protein S1P  53.08 
 
 
302 aa  323  1e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000110633  normal  0.180719 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0430  RNA binding S1 domain protein  53.5 
 
 
302 aa  309  4e-83  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.930952 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0419  RNA binding S1 domain protein  53.5 
 
 
302 aa  309  4e-83  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1211  RNA binding S1 domain protein  51.25 
 
 
284 aa  304  1.0000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2502  SSU ribosomal protein S1P  50.51 
 
 
304 aa  292  5e-78  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0230802  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07751  30S ribosomal protein S1 protein B, putative Nbp1  48.51 
 
 
481 aa  263  2e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.761988 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1637  RNA binding S1  45.73 
 
 
412 aa  261  1e-68  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.397933  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0726  SSU ribosomal protein S1P  46.46 
 
 
424 aa  256  2e-67  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05331  30S ribosomal protein S1-like protein B, putative Nbp1  45.26 
 
 
416 aa  254  1.0000000000000001e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.422935  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05941  30S ribosomal protein S1 protein B, putative Nbp1  45.42 
 
 
408 aa  246  3e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05861  30S ribosomal protein S1 protein B, putative Nbp1  43.01 
 
 
465 aa  244  9.999999999999999e-64  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1861  SSU ribosomal protein S1P  43.01 
 
 
431 aa  244  1.9999999999999999e-63  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0931144  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3643  RNA binding S1 domain protein  44.1 
 
 
292 aa  243  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.686885  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05561  30S ribosomal protein S1-like protein B, putative Nbp1  43.12 
 
 
401 aa  236  3e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.748166  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0530  SSU ribosomal protein S1P  43.89 
 
 
404 aa  235  6e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05861  30S ribosomal protein S1 protein B, putative Nbp1  42.39 
 
 
401 aa  233  3e-60  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.974619  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3072  30S ribosomal protein S1  38.11 
 
 
331 aa  213  3.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3048  30S ribosomal protein S1  38.11 
 
 
331 aa  213  3.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00340355  normal  0.25508 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4111  RNA-binding S1 domain-containing protein  37.1 
 
 
341 aa  207  1e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1505  30S ribosomal protein S1  37.46 
 
 
343 aa  207  2e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.00000000000040832  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4028  30S ribosomal protein S1  36.71 
 
 
321 aa  204  1e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.861757  hitchhiker  0.00019437 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4663  30S ribosomal protein S1  36.4 
 
 
390 aa  203  2e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0608752  decreased coverage  0.00279875 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3490  30S ribosomal protein S1  36.71 
 
 
328 aa  202  4e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10847  predicted protein  38.64 
 
 
284 aa  201  9.999999999999999e-51  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.695244  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_22161  30S ribosomal protein S1  35.66 
 
 
367 aa  198  9e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0694  30S ribosomal protein S1  37.76 
 
 
307 aa  194  2e-48  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000685189  normal  0.456587 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0318  30S ribosomal protein S1  36.27 
 
 
366 aa  189  4e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.721162  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03371  30S ribosomal protein S1  36.27 
 
 
363 aa  189  4e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03361  30S ribosomal protein S1  36.27 
 
 
363 aa  189  5e-47  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1867  30S ribosomal protein S1  36.01 
 
 
367 aa  187  1e-46  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.61448  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03451  30S ribosomal protein S1  36.27 
 
 
363 aa  187  2e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1689  30S ribosomal protein S1  35.66 
 
 
369 aa  186  5e-46  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.781588  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04021  30S ribosomal protein S1  35.66 
 
 
369 aa  186  6e-46  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.337887 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0468  30S ribosomal protein S1  35.66 
 
 
386 aa  185  7e-46  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03471  30S ribosomal protein S1  34.62 
 
 
371 aa  181  2e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_36339  Plastid ribosomal protein S1, imported to chloroplast, small ribosomal subunit  34.97 
 
 
339 aa  180  2e-44  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1730  RNA-binding S1 domain-containing protein  32.56 
 
 
403 aa  145  1e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0218599  normal  0.469855 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  33.85 
 
 
411 aa  142  6e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  33.21 
 
 
678 aa  137  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1437  RNA binding S1 domain protein  29.84 
 
 
400 aa  125  6e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.245145  normal  0.159598 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1728  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  29.66 
 
 
672 aa  125  8.000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0455896  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  31.27 
 
 
672 aa  122  6e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0502  RNA-binding S1 domain-containing protein  30.35 
 
 
415 aa  122  8e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0714  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  29.37 
 
 
694 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000369991  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2117  30S ribosomal protein S1  29.54 
 
 
378 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0745  30S ribosomal protein S1  28.68 
 
 
491 aa  121  9.999999999999999e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.146171  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2405  30S ribosomal protein S1  29.54 
 
 
378 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1344  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  29.43 
 
 
687 aa  120  3e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0642692  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2872  RNA binding S1 domain protein  28.17 
 
 
529 aa  119  3.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.569342  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1495  30S ribosomal protein S1  33.21 
 
 
570 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.255625 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1089  30S ribosomal protein S1  27.8 
 
 
515 aa  119  7e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0119116  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2872  RNA binding S1 domain protein  28.16 
 
 
487 aa  118  9e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0962  RNA binding S1 domain protein  29.96 
 
 
418 aa  118  9.999999999999999e-26  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.331059  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  30.58 
 
 
736 aa  118  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0103  30S ribosomal protein S1  30.63 
 
 
569 aa  118  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.924927 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0110  RNA binding S1 domain-containing protein  31.62 
 
 
558 aa  118  1.9999999999999998e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000433742  normal  0.284586 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3606  30S ribosomal protein S1  30.04 
 
 
569 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000377018  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3561  30S ribosomal protein S1  27.8 
 
 
481 aa  117  3e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0469219  normal  0.360425 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2169  30S ribosomal protein S1  35.56 
 
 
387 aa  117  3e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000104963  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0601  30S ribosomal protein S1  28.09 
 
 
500 aa  117  3e-25  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2523  RNA binding S1 domain protein  31.2 
 
 
405 aa  117  3e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.270612  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1027  RNA binding S1 domain protein  28.32 
 
 
504 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000173139  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3020  30S ribosomal protein S1  27.8 
 
 
479 aa  116  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.156856  normal  0.0844361 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3713  RNA-binding S1 domain-containing protein  26.77 
 
 
397 aa  116  3.9999999999999997e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000276005  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3005  30S ribosomal protein S1  27.8 
 
 
479 aa  116  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  30.89 
 
 
677 aa  116  3.9999999999999997e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3051  30S ribosomal protein S1  27.8 
 
 
479 aa  116  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3356  30S ribosomal protein S1  27.8 
 
 
481 aa  116  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0698685  normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12990  30S ribosomal protein S1  26.24 
 
 
492 aa  116  5e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.927286 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2000  30S ribosomal protein S1  29.25 
 
 
591 aa  116  5e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000749746  normal  0.10797 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1322  30S ribosomal protein S1  32.37 
 
 
566 aa  115  1.0000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.85252  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11140  30S ribosomal protein S1  27.68 
 
 
485 aa  115  1.0000000000000001e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.28152  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1577  30S ribosomal protein S1  30.34 
 
 
587 aa  115  1.0000000000000001e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00419028  normal  0.668764 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2435  RNA binding S1 domain protein  28.01 
 
 
499 aa  114  1.0000000000000001e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1079  RNA binding S1 domain protein  28.57 
 
 
427 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2989  30S ribosomal protein S1  26.46 
 
 
490 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0790572  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11646  30S ribosomal protein S1  27.44 
 
 
481 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.75465 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0194  30S ribosomal protein S1  29.2 
 
 
573 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.571877  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  28.85 
 
 
661 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14990  30S ribosomal protein S1  26.77 
 
 
493 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0409109  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  29.25 
 
 
676 aa  113  3e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1350  RNA binding S1 domain protein  29.56 
 
 
431 aa  114  3e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1794  30S ribosomal protein S1  28.85 
 
 
588 aa  113  4.0000000000000004e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000217401  normal  0.053041 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0570  30S ribosomal protein S1  29.25 
 
 
592 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0163  30S ribosomal protein S1  29.15 
 
 
566 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.97893  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25930  30S ribosomal protein S1  27.55 
 
 
495 aa  112  5e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5522  30S ribosomal protein S1  27.17 
 
 
495 aa  113  5e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05300  SSU ribosomal protein S1P  30.8 
 
 
403 aa  112  5e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.467971  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3458  30S ribosomal protein S1  29.56 
 
 
568 aa  112  5e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2446  30S ribosomal protein S1  30.51 
 
 
570 aa  112  6e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.822205  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3034  30S ribosomal protein S1  27.34 
 
 
485 aa  112  7.000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000095518  hitchhiker  0.00573325 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0207  30S ribosomal protein S1  30.71 
 
 
570 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.271501  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  28.08 
 
 
598 aa  112  7.000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4287  RNA-binding S1 domain-containing protein  28.27 
 
 
393 aa  112  8.000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000310337  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1305  30S ribosomal protein S1  29.52 
 
 
566 aa  112  8.000000000000001e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000305659  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0103  30S ribosomal protein S1  29.39 
 
 
569 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.503388  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0934  RNA-binding S1 domain-containing protein  28.27 
 
 
388 aa  112  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000731277  normal  0.167396 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2193  30S ribosomal protein S1  27.21 
 
 
488 aa  111  1.0000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.210966  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>