More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Synpcc7942_0894 on replicon NC_007604
Organism: Synechococcus elongatus PCC 7942



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  100 
 
 
190 aa  378  1e-104  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  56.32 
 
 
181 aa  209  3e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  52.3 
 
 
184 aa  199  1.9999999999999998e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  52.33 
 
 
181 aa  191  6e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  54.07 
 
 
187 aa  187  5.999999999999999e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  54.07 
 
 
187 aa  187  5.999999999999999e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3524  Shikimate kinase  55.76 
 
 
169 aa  186  2e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.236256  normal  0.835023 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  51.96 
 
 
199 aa  182  3e-45  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  48.33 
 
 
191 aa  176  2e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  50 
 
 
192 aa  173  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  49.44 
 
 
184 aa  173  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49363  predicted protein  47.22 
 
 
277 aa  172  2.9999999999999996e-42  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.130562  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01791  shikimate kinase  44.07 
 
 
198 aa  157  1e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0539701  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1476  shikimate kinase  42.94 
 
 
198 aa  152  2e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01231  shikimate kinase  45.45 
 
 
197 aa  147  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.428162 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01201  shikimate kinase  38.95 
 
 
185 aa  144  6e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01241  shikimate kinase  42.51 
 
 
185 aa  143  1e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01231  shikimate kinase  40.72 
 
 
185 aa  140  9e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0111  shikimate kinase  41.32 
 
 
185 aa  140  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  42.61 
 
 
186 aa  132  3e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_10503  predicted protein  42.14 
 
 
170 aa  130  7.999999999999999e-30  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  43.43 
 
 
183 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  41.46 
 
 
174 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  48.94 
 
 
184 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  40.68 
 
 
186 aa  128  6e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  47.52 
 
 
184 aa  128  6e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  43.45 
 
 
170 aa  127  7.000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  42.76 
 
 
166 aa  126  2.0000000000000002e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  46.81 
 
 
183 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  46.72 
 
 
179 aa  124  6e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  47.76 
 
 
195 aa  124  7e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  46.27 
 
 
170 aa  124  7e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  43.45 
 
 
170 aa  124  7e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  44.52 
 
 
190 aa  124  9e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  43.45 
 
 
168 aa  124  9e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  45.95 
 
 
175 aa  123  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  41.21 
 
 
180 aa  123  1e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  43.83 
 
 
176 aa  123  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  43.95 
 
 
190 aa  122  2e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  46.1 
 
 
183 aa  123  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  44.37 
 
 
209 aa  122  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  44.37 
 
 
177 aa  122  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  44.37 
 
 
177 aa  122  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  44.37 
 
 
177 aa  122  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  44.37 
 
 
177 aa  122  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  46.1 
 
 
184 aa  122  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  44.37 
 
 
177 aa  122  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  40.57 
 
 
178 aa  122  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  45 
 
 
190 aa  122  4e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  44.37 
 
 
184 aa  122  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  43.66 
 
 
199 aa  121  6e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  45.39 
 
 
183 aa  121  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0882  Shikimate kinase  42.94 
 
 
179 aa  120  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.314525  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  48.51 
 
 
169 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0734  shikimate kinase  42.94 
 
 
179 aa  120  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  47.37 
 
 
176 aa  120  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  38.55 
 
 
190 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  45.27 
 
 
229 aa  119  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  38.04 
 
 
172 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0220  Shikimate kinase  41.52 
 
 
167 aa  119  3e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000013813  normal  0.0131612 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  47.76 
 
 
169 aa  119  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  40.88 
 
 
593 aa  119  3e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  43.48 
 
 
171 aa  119  3e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  47.52 
 
 
196 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  45.52 
 
 
192 aa  118  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  37.78 
 
 
196 aa  117  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  43.12 
 
 
173 aa  117  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  46.72 
 
 
177 aa  116  1.9999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  41.14 
 
 
173 aa  116  1.9999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  39.77 
 
 
182 aa  115  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  37.97 
 
 
169 aa  115  5e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02182  shikimate kinase  40.24 
 
 
180 aa  114  6e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  41.78 
 
 
174 aa  114  8.999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  43.14 
 
 
171 aa  113  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  42.36 
 
 
591 aa  112  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  40.24 
 
 
169 aa  113  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  37.34 
 
 
168 aa  112  2.0000000000000002e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  45.52 
 
 
169 aa  112  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2313  Shikimate kinase  39.63 
 
 
168 aa  112  3e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0915782  hitchhiker  0.00353016 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  38.75 
 
 
167 aa  112  3e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  41.1 
 
 
191 aa  112  3e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  44.06 
 
 
179 aa  112  3e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  42.36 
 
 
203 aa  112  4.0000000000000004e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  38.85 
 
 
181 aa  112  4.0000000000000004e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  42.86 
 
 
172 aa  111  5e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  49.58 
 
 
192 aa  110  9e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  44.78 
 
 
172 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  42 
 
 
181 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  40 
 
 
192 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  38.37 
 
 
195 aa  110  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  38.07 
 
 
579 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  38.71 
 
 
177 aa  110  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  42.36 
 
 
183 aa  110  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  42.55 
 
 
176 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  41.89 
 
 
175 aa  109  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  41.89 
 
 
175 aa  109  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  43.17 
 
 
174 aa  109  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  36.11 
 
 
196 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  42 
 
 
193 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  41.21 
 
 
172 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>