152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Synpcc7942_0081 on replicon NC_007604
Organism: Synechococcus elongatus PCC 7942



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007604  Synpcc7942_0081  RNA-binding S4  100 
 
 
69 aa  143  1e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0383  RNA-binding S4  60.34 
 
 
72 aa  84  7e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10651  S4 domain-containing protein  58.62 
 
 
72 aa  81.6  3e-15  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.0278753 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4907  RNA-binding S4  68.42 
 
 
68 aa  77  8e-14  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.93545  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1824  RNA-binding S4  60.94 
 
 
73 aa  77  8e-14  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2293  RNA-binding S4 domain protein  61.82 
 
 
70 aa  73.6  9e-13  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.26047 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3539  RNA-binding S4 domain-containing protein  60 
 
 
67 aa  72.4  2e-12  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0130697 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0098  RNA-binding S4  55.38 
 
 
65 aa  72  2e-12  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  4.56096e-07  normal  0.262898 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10421  S4 domain-containing protein  60 
 
 
58 aa  71.6  3e-12  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09031  hypothetical protein  58.82 
 
 
82 aa  71.2  4e-12  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10421  S4 domain-containing protein  58 
 
 
58 aa  70.9  5e-12  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.507688  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0831  hypothetical protein  66.04 
 
 
91 aa  69.3  1e-11  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.366919  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0003  S4 domain-containing protein  53.45 
 
 
68 aa  69.7  1e-11  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0003  S4 domain-containing protein  53.45 
 
 
68 aa  69.7  1e-11  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0414  RNA-binding S4 domain protein  53.12 
 
 
65 aa  69.3  2e-11  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1437  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.33 
 
 
62 aa  68.9  2e-11  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.614466  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0972  RNA-binding S4  58 
 
 
58 aa  68.9  2e-11  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0342  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.69 
 
 
65 aa  68.2  4e-11  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  4.86446e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0464  S4 domain-containing protein  50 
 
 
71 aa  67  7e-11  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0103248  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_13901  S4 domain-containing protein  68.75 
 
 
65 aa  67.4  7e-11  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.453758 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2576  RNA-binding S4 domain protein  53.12 
 
 
71 aa  67.4  7e-11  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0003  RNA-binding S4 domain protein  56.14 
 
 
71 aa  66.6  1e-10  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.241542  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0173  S4 domain protein YaaA  48.44 
 
 
72 aa  65.5  2e-10  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.563705  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3530  RNA-binding S4 domain protein  53.12 
 
 
71 aa  65.9  2e-10  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2373  RNA-binding S4  55.17 
 
 
68 aa  63.9  7e-10  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0003  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.26 
 
 
68 aa  63.2  1e-09  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0003  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.85 
 
 
70 aa  62  3e-09  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.212549  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1647  RNA-binding S4  53.33 
 
 
66 aa  61.6  4e-09  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.396094  normal  0.423975 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3643  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.41 
 
 
80 aa  60.1  1e-08  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.252029  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0053  RNA-binding S4 domain protein  55.17 
 
 
74 aa  59.7  1e-08  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.525969  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1301  RNA-binding S4 domain protein  62.75 
 
 
77 aa  60.1  1e-08  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.517293  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0004  RNA-binding S4  50.85 
 
 
61 aa  59.3  2e-08  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  3.61246e-05  hitchhiker  7.30719e-08 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3116  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.56 
 
 
72 aa  58.9  2e-08  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.147068  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3156  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.56 
 
 
72 aa  58.5  3e-08  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.914223  normal  0.39579 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3096  RNA-binding S4  55.56 
 
 
72 aa  58.5  3e-08  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0618  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.33 
 
 
70 aa  58.5  3e-08  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109181  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0003  RNA-binding S4 domain protein  49.12 
 
 
71 aa  58.5  3e-08  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.518781  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06080  hypothetical protein  51.72 
 
 
80 aa  58.2  3e-08  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1607  RNA-binding S4 domain protein  60.42 
 
 
76 aa  58.2  4e-08  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.932623 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0112  RNA-binding S4 domain protein  57.41 
 
 
80 aa  57.8  5e-08  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.361623  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0003  S4 domain protein YaaA  47.54 
 
 
76 aa  57.8  5e-08  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313437  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09391  S4 domain-containing protein  52.94 
 
 
69 aa  57.4  7e-08  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000185916 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6817  hypothetical protein  48.33 
 
 
65 aa  57  9e-08  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1550  S4 domain protein YaaA  46.67 
 
 
71 aa  56.6  1e-07  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.715034  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0003  RNA-binding S4  56.36 
 
 
64 aa  56.6  1e-07  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000218407  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0126  RNA-binding S4 domain protein  58.49 
 
 
76 aa  56.2  1e-07  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.564525  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22660  hypothetical protein  56.25 
 
 
72 aa  55.8  2e-07  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.294703  normal  0.222073 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1693  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.86 
 
 
84 aa  55.5  2e-07  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0200012  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00030  RNA-binding S4 domain protein  51.79 
 
 
72 aa  55.8  2e-07  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0002  RNA-binding S4 domain protein  45.61 
 
 
70 aa  56.2  2e-07  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  6.78168e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2770  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.56 
 
 
78 aa  55.1  3e-07  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.013443  normal  0.790943 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3479  RNA-binding S4  52.63 
 
 
74 aa  54.7  5e-07  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0003  S4 region, YaaA  44.26 
 
 
78 aa  53.1  1e-06  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0386838  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0003  S4 region YaaA family protein  44.26 
 
 
78 aa  53.1  1e-06  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0799775  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0003  S4 domain protein YaaA  50.94 
 
 
76 aa  52.8  1e-06  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1635  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.06 
 
 
76 aa  52.8  2e-06  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0673485  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1672  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.06 
 
 
76 aa  52.8  2e-06  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0473065  normal  0.414698 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1650  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.06 
 
 
76 aa  52.8  2e-06  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.944903  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2708  RNA-binding S4 domain protein  49.06 
 
 
76 aa  52.8  2e-06  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.368118  hitchhiker  7.07392e-07 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1088  RNA-binding S4 domain protein  44.93 
 
 
84 aa  52  3e-06  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.115578  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2551  hypothetical protein  45.28 
 
 
78 aa  51.6  3e-06  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.28368  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0414  RNA-binding S4 domain protein  53.12 
 
 
65 aa  52  3e-06  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0499509  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1729  RNA-binding S4 domain protein  49.06 
 
 
91 aa  52  3e-06  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0180543  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1365  RNA-binding S4 domain protein  48.33 
 
 
77 aa  50.8  6e-06  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  5.48467e-13 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5767  hypothetical protein  52.08 
 
 
72 aa  49.7  1e-05  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.401314 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1527  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.08 
 
 
79 aa  49.7  1e-05  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0046  hypothetical protein  50.94 
 
 
74 aa  50.1  1e-05  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2003  RNA-binding S4 domain protein  45.28 
 
 
74 aa  50.1  1e-05  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2197  hypothetical protein  51.92 
 
 
83 aa  48.9  2e-05  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.330181 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0676  RNA-binding S4  44.07 
 
 
71 aa  48.9  2e-05  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3548  RNA-binding S4 domain protein  49.12 
 
 
61 aa  49.3  2e-05  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.101956  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0003  S4 domain protein YaaA  49.09 
 
 
73 aa  49.3  2e-05  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  1.26771e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2642  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.17 
 
 
76 aa  48.5  3e-05  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0497559  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2457  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.37 
 
 
77 aa  48.5  3e-05  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2237  hypothetical protein  46.15 
 
 
120 aa  48.1  3e-05  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1328  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.45 
 
 
92 aa  48.5  3e-05  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1224  hypothetical protein  47.06 
 
 
73 aa  48.1  4e-05  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0985687 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0985  hypothetical protein  40.35 
 
 
70 aa  48.1  4e-05  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.523788  normal  0.0666799 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2524  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.17 
 
 
76 aa  47.4  7e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0627424  unclonable  2.73439e-05 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2616  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.17 
 
 
76 aa  47.4  7e-05  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  1.66621e-09 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2454  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.17 
 
 
76 aa  47.4  7e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  unclonable  1.84888e-11 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1515  RNA-binding S4 domain protein  43.4 
 
 
68 aa  47.4  8e-05  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.686645 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2522  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.37 
 
 
74 aa  47  9e-05  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0154969 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0041  RNA-binding S4 domain protein  42.86 
 
 
67 aa  47  9e-05  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1167  hypothetical protein  42.37 
 
 
70 aa  46.6  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00521353  normal  0.0222508 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0573  hypothetical protein  41.51 
 
 
70 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0326332  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0629  hypothetical protein  41.51 
 
 
70 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0306723  normal  0.860883 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0446  hypothetical protein  41.51 
 
 
70 aa  46.6  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.52535e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3094  hypothetical protein  41.51 
 
 
70 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0341601  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0003  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.59 
 
 
71 aa  46.6  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00478  predicted RNA-binding protein  41.51 
 
 
70 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.226593  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0526  hypothetical protein  43.86 
 
 
160 aa  46.6  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00483  hypothetical protein  41.51 
 
 
70 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.325601  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0569  hypothetical protein  41.51 
 
 
70 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  5.93229e-05  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3085  conserved hypothetical protein  41.51 
 
 
70 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000297466  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0003  S4-like RNA binding protein  41.51 
 
 
73 aa  45.4  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000208957  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0649  hypothetical protein  41.51 
 
 
70 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0589  hypothetical protein  41.51 
 
 
70 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.725964  normal  0.31098 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0586  hypothetical protein  41.51 
 
 
70 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0256741 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0594  hypothetical protein  41.51 
 
 
70 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.705899  normal  0.0117354 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>