238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Synpcc7942_0042 on replicon NC_007604
Organism: Synechococcus elongatus PCC 7942



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007604  Synpcc7942_0042  50S ribosomal protein L28  100 
 
 
78 aa  159  8e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0615  50S ribosomal protein L28  75.64 
 
 
78 aa  129  2e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.149975  normal  0.298778 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3337  50S ribosomal protein L28  75.64 
 
 
78 aa  127  7e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.189365  normal  0.694787 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2765  50S ribosomal protein L28  75.64 
 
 
78 aa  127  7e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0142  50S ribosomal protein L28  76 
 
 
78 aa  121  3e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0995678  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2853  ribosomal protein L28  76 
 
 
78 aa  119  1e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15261  50S ribosomal protein L28  66.67 
 
 
78 aa  117  4e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.412029 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1605  50S ribosomal protein L28  74.67 
 
 
78 aa  117  4e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1405  50S ribosomal protein L28  66.67 
 
 
78 aa  117  4e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1081  50S ribosomal protein L28  65.38 
 
 
78 aa  115  2e-25  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.933186  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4126  50S ribosomal protein L28  65.38 
 
 
78 aa  114  4e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09781  50S ribosomal protein L28  58.97 
 
 
78 aa  108  2e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.203602  normal  0.299661 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0305  50S ribosomal protein L28  58.97 
 
 
78 aa  108  2e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.286615  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08581  50S ribosomal protein L28  55.13 
 
 
78 aa  106  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00122267 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0898  50S ribosomal protein L28  58.97 
 
 
78 aa  106  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.512107  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09591  50S ribosomal protein L28  57.69 
 
 
78 aa  104  3e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0503954  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09571  50S ribosomal protein L28  57.69 
 
 
78 aa  104  4e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.759768  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09841  50S ribosomal protein L28  55.13 
 
 
78 aa  100  6e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.275607  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_9941  predicted protein  60.27 
 
 
73 aa  89.4  2e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0491291  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4559  ribosomal protein L28  50.7 
 
 
78 aa  75.1  3e-13  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.382747  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13563  ribosomal protein L28  50 
 
 
79 aa  73.2  1e-12  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2139  50S ribosomal protein L28  50.7 
 
 
78 aa  72.8  1e-12  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0181781  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0648  50S ribosomal protein L28P  54.55 
 
 
80 aa  72.8  2e-12  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1918  ribosomal protein L28  46.48 
 
 
78 aa  68.9  2e-11  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0607  ribosomal protein L28  47.14 
 
 
79 aa  67.8  4e-11  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36500  LSU ribosomal protein L28P  47.06 
 
 
78 aa  67.8  4e-11  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.608 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2903  ribosomal protein L28  52.11 
 
 
78 aa  67.4  7e-11  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.961047  normal  0.643497 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0055  ribosomal protein L28  45.07 
 
 
78 aa  66.2  1e-10  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.378886  normal  0.0544728 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0546  50S ribosomal protein L28  45.07 
 
 
78 aa  66.2  1e-10  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0481  50S ribosomal protein L28  45.07 
 
 
78 aa  66.2  1e-10  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2670  50S ribosomal protein L28  45.07 
 
 
78 aa  66.2  2e-10  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3521  ribosomal protein L28  47.69 
 
 
77 aa  65.5  2e-10  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2295  50S ribosomal protein L28  45.07 
 
 
78 aa  66.2  2e-10  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0544676 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4983  50S ribosomal protein L28  46.97 
 
 
78 aa  65.5  2e-10  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19190  50S ribosomal protein L28  45.07 
 
 
78 aa  65.1  3e-10  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.182224  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3827  50S ribosomal protein L28  47.89 
 
 
78 aa  65.1  3e-10  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.199336  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0610  ribosomal protein L28  43.59 
 
 
83 aa  65.5  3e-10  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.904571  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0544  50S ribosomal protein L28  46.97 
 
 
78 aa  65.1  3e-10  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0520  50S ribosomal protein L28  46.97 
 
 
78 aa  65.1  3e-10  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1960  50S ribosomal protein L28  46.97 
 
 
79 aa  64.7  4e-10  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1995  ribosomal protein L28  43.94 
 
 
78 aa  64.7  4e-10  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.8198  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0327  ribosomal protein L28  46.48 
 
 
106 aa  64.7  4e-10  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0383291  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5537  50S ribosomal protein L28  44.74 
 
 
77 aa  64.7  4e-10  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0793752  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0589  50S ribosomal protein L28  42.25 
 
 
78 aa  63.9  6e-10  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.74438  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3565  50S ribosomal protein L28  45.07 
 
 
78 aa  63.9  6e-10  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0150151  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70190  50S ribosomal protein L28  43.66 
 
 
78 aa  63.9  7e-10  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6092  50S ribosomal protein L28  43.66 
 
 
78 aa  63.9  7e-10  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3951  50S ribosomal protein L28  42.25 
 
 
78 aa  63.5  8e-10  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0188  50S ribosomal protein L28  43.66 
 
 
78 aa  63.5  8e-10  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  1.90685e-05 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3769  50S ribosomal protein L28  47.89 
 
 
78 aa  63.2  1e-09  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.326629  normal  0.774565 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0389  50S ribosomal protein L28  47.89 
 
 
78 aa  63.2  1e-09  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  2.30782e-07  hitchhiker  5.79861e-05 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0403  50S ribosomal protein L28  47.89 
 
 
78 aa  63.2  1e-09  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  1.09188e-06  hitchhiker  1.30483e-10 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3596  50S ribosomal protein L28  47.89 
 
 
78 aa  63.2  1e-09  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00843458  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0377  50S ribosomal protein L28  47.89 
 
 
78 aa  63.2  1e-09  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160044  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0360  50S ribosomal protein L28  47.89 
 
 
78 aa  63.2  1e-09  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0375632  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0378  50S ribosomal protein L28  47.89 
 
 
78 aa  63.2  1e-09  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  5.07603e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0463  50S ribosomal protein L28  47.89 
 
 
78 aa  63.2  1e-09  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  8.43852e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0325  ribosomal protein L28  40.85 
 
 
78 aa  63.2  1e-09  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0629  50S ribosomal protein L28  43.66 
 
 
78 aa  63.2  1e-09  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  3.03775e-08 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4247  50S ribosomal protein L28  47.89 
 
 
78 aa  63.2  1e-09  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3149  50S ribosomal protein L28  40.85 
 
 
77 aa  62.8  2e-09  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.65679 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2339  ribosomal protein L28  39.44 
 
 
78 aa  62.8  2e-09  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3372  50S ribosomal protein L28  42.42 
 
 
78 aa  62.8  2e-09  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2139  ribosomal protein L28  40.85 
 
 
78 aa  62.4  2e-09  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.476497  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3723  50S ribosomal protein L28  40.85 
 
 
78 aa  62.4  2e-09  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3679  50S ribosomal protein L28  42.25 
 
 
78 aa  62.4  2e-09  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  1.85253e-08  normal  0.0401063 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2021  ribosomal protein L28  42.25 
 
 
78 aa  61.6  3e-09  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  1.79883e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2855  ribosomal protein L28  49.3 
 
 
78 aa  62  3e-09  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.621933  normal  0.357043 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4374  50S ribosomal protein L28  42.25 
 
 
78 aa  60.8  5e-09  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.335186 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2971  50S ribosomal protein L28  40.85 
 
 
78 aa  60.8  5e-09  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458218  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0021  ribosomal protein L28  44.87 
 
 
78 aa  60.8  5e-09  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0386  50S ribosomal protein L28  46.48 
 
 
78 aa  61.2  5e-09  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00127683  hitchhiker  1.15642e-07 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3480  50S ribosomal protein L28  45.07 
 
 
78 aa  61.2  5e-09  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000307468  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3921  50S ribosomal protein L28  43.08 
 
 
78 aa  60.8  6e-09  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4560  50S ribosomal protein L28  46.48 
 
 
78 aa  60.8  6e-09  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00191213  hitchhiker  4.96067e-06 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0312  50S ribosomal protein L28  40.85 
 
 
78 aa  60.5  7e-09  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000118312  normal  0.224841 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48050  50S ribosomal protein L28  42.25 
 
 
78 aa  60.5  7e-09  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0570  hypothetical protein  41.43 
 
 
83 aa  60.5  7e-09  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0817  50S ribosomal protein L28  40.85 
 
 
77 aa  60.5  8e-09  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.761124 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1253  50S ribosomal protein L28  40.85 
 
 
78 aa  60.5  8e-09  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5282  50S ribosomal protein L28  43.94 
 
 
78 aa  60.1  9e-09  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0089  ribosomal protein L28  42.11 
 
 
77 aa  60.1  9e-09  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.376703  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0224  50S ribosomal protein L28  42.11 
 
 
77 aa  60.1  9e-09  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5333  50S ribosomal protein L28  43.94 
 
 
78 aa  60.1  9e-09  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0220339 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5192  50S ribosomal protein L28  43.94 
 
 
78 aa  60.1  9e-09  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244386  normal  0.27276 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3143  50S ribosomal protein L28  40.85 
 
 
77 aa  60.1  1e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00769008  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6556  ribosomal protein L28  45.45 
 
 
79 aa  60.1  1e-08  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3856  ribosomal protein L28  38.03 
 
 
78 aa  59.7  1e-08  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000509188  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1710  50S ribosomal protein L28  40.85 
 
 
78 aa  59.7  1e-08  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3087  ribosomal protein L28  40.85 
 
 
78 aa  59.7  1e-08  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.280967  normal  0.0287054 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1989  50S ribosomal protein L28  40.85 
 
 
78 aa  59.7  1e-08  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0601  50S ribosomal protein L28  43.48 
 
 
72 aa  59.3  2e-08  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.201453  normal  0.0263054 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2599  50S ribosomal protein L28  45.07 
 
 
78 aa  59.3  2e-08  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.88112e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2641  50S ribosomal protein L28P  38.03 
 
 
78 aa  59.3  2e-08  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00055  ribosomal protein L28  42.25 
 
 
78 aa  58.9  2e-08  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  2.88614e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2589  50S ribosomal protein L28  42.25 
 
 
78 aa  59.3  2e-08  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.155889 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3291  ribosomal protein L28  39.44 
 
 
78 aa  58.9  2e-08  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3836  50S ribosomal protein L28  43.66 
 
 
78 aa  58.9  2e-08  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  8.49102e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1743  50S ribosomal protein L28  42.25 
 
 
72 aa  58.5  3e-08  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001820  LSU ribosomal protein L28p  43.66 
 
 
78 aa  58.5  3e-08  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  4.91703e-09  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>