More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Syncc9902_0642 on replicon NC_007513
Organism: Synechococcus sp. CC9902



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  100 
 
 
356 aa  733    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  73.77 
 
 
333 aa  474  1e-133  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21571  putative nitrogen regulation protein NifR3 family protein  70.77 
 
 
336 aa  457  1e-127  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0855264 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  60.87 
 
 
330 aa  422  1e-117  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  61.18 
 
 
330 aa  421  1e-116  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  54.43 
 
 
335 aa  385  1e-106  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  54.74 
 
 
335 aa  383  1e-105  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  54.13 
 
 
335 aa  382  1e-105  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  53.8 
 
 
335 aa  376  1e-103  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.94 
 
 
337 aa  321  1.9999999999999998e-86  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  49.55 
 
 
334 aa  315  9.999999999999999e-85  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.96 
 
 
357 aa  313  2.9999999999999996e-84  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.04 
 
 
350 aa  305  6e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.62 
 
 
336 aa  305  1.0000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.62 
 
 
336 aa  305  1.0000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  47.9 
 
 
351 aa  304  2.0000000000000002e-81  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0283  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  51.07 
 
 
334 aa  253  5.000000000000001e-66  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.37 
 
 
321 aa  229  5e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  39.18 
 
 
319 aa  222  6e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.92 
 
 
353 aa  222  8e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.35 
 
 
328 aa  219  5e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.57 
 
 
347 aa  219  7e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  40.59 
 
 
347 aa  218  1e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  38.92 
 
 
346 aa  218  2e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.98 
 
 
322 aa  217  2e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.96 
 
 
332 aa  216  4e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.84 
 
 
326 aa  216  4e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  39.37 
 
 
318 aa  216  5.9999999999999996e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.27 
 
 
351 aa  215  8e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.68 
 
 
330 aa  214  1.9999999999999998e-54  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.64 
 
 
354 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.36 
 
 
343 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.19 
 
 
327 aa  213  2.9999999999999995e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  37.9 
 
 
320 aa  213  3.9999999999999995e-54  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.51 
 
 
337 aa  213  5.999999999999999e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.48 
 
 
352 aa  211  2e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  36.25 
 
 
347 aa  209  4e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.91 
 
 
348 aa  209  6e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.71 
 
 
320 aa  209  9e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  36.66 
 
 
333 aa  207  2e-52  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  44.98 
 
 
327 aa  207  2e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  39.81 
 
 
336 aa  206  3e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  37.86 
 
 
326 aa  206  4e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.44 
 
 
346 aa  206  5e-52  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  35.92 
 
 
322 aa  206  5e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.86 
 
 
353 aa  206  6e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.61 
 
 
347 aa  205  8e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.9 
 
 
362 aa  205  8e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.29 
 
 
343 aa  205  1e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  39.86 
 
 
353 aa  204  1e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  38.06 
 
 
350 aa  204  2e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  38.17 
 
 
356 aa  204  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  41.12 
 
 
327 aa  204  2e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  39.19 
 
 
333 aa  203  3e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.39 
 
 
333 aa  204  3e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  36.94 
 
 
333 aa  203  4e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.58 
 
 
321 aa  203  4e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  33.97 
 
 
343 aa  202  5e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.6 
 
 
328 aa  202  5e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.48 
 
 
327 aa  202  6e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.8 
 
 
328 aa  202  7e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.54 
 
 
337 aa  201  9.999999999999999e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1620  nifR3 family TIM-barrel protein  39.58 
 
 
354 aa  201  9.999999999999999e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.32 
 
 
346 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  38.78 
 
 
342 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.09 
 
 
330 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.57 
 
 
332 aa  200  3e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43 
 
 
334 aa  200  3e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  40 
 
 
352 aa  200  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  38.8 
 
 
356 aa  199  5e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.19 
 
 
343 aa  199  5e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  40.13 
 
 
347 aa  199  6e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1835  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.77 
 
 
349 aa  199  7e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.02 
 
 
321 aa  199  7.999999999999999e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  37.54 
 
 
332 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0808  cell division protein, FtsL -like  40.42 
 
 
336 aa  198  1.0000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.648535  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  38.96 
 
 
322 aa  198  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.34 
 
 
332 aa  197  2.0000000000000003e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  37.83 
 
 
353 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1130  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.85 
 
 
356 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353247  normal  0.37183 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  39.67 
 
 
355 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  39.67 
 
 
355 aa  197  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.67 
 
 
355 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  35.46 
 
 
329 aa  197  3e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  39.67 
 
 
355 aa  197  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  37.21 
 
 
332 aa  197  3e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  39.67 
 
 
355 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.17 
 
 
355 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.67 
 
 
355 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  40.4 
 
 
332 aa  196  5.000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  41 
 
 
349 aa  196  8.000000000000001e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.92 
 
 
381 aa  196  8.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5928  NifR3 family TIM-barrel protein  41.1 
 
 
358 aa  195  9e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  35.45 
 
 
338 aa  195  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.85 
 
 
355 aa  195  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.26 
 
 
356 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.75 
 
 
317 aa  194  2e-48  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0953  nifR3 family TIM-barrel protein  33.83 
 
 
344 aa  194  2e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000354539  hitchhiker  0.0013853 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  35.28 
 
 
331 aa  194  2e-48  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  40 
 
 
332 aa  194  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>