More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Syncc9902_0609 on replicon NC_007513
Organism: Synechococcus sp. CC9902



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007513  Syncc9902_0609  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  100 
 
 
351 aa  722    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.164087  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2063  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  86.09 
 
 
351 aa  620  1e-177  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.029616  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04411  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  77.84 
 
 
356 aa  556  1e-157  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16031  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  71.14 
 
 
356 aa  506  9.999999999999999e-143  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18821  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  66.87 
 
 
359 aa  482  1e-135  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1012  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  66.27 
 
 
359 aa  478  1e-134  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2804  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  59.35 
 
 
355 aa  415  9.999999999999999e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.745253 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0210  radical SAM enzyme, Cfr family  59.48 
 
 
367 aa  415  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.128689 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1468  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  59.35 
 
 
340 aa  412  1e-114  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1609  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  56.76 
 
 
355 aa  409  1e-113  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00249025 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1442  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  59.05 
 
 
340 aa  410  1e-113  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1758  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  57.56 
 
 
361 aa  406  1.0000000000000001e-112  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2928  radical SAM protein  57.57 
 
 
345 aa  405  1.0000000000000001e-112  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.333944  normal  0.253326 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0906  radical SAM enzyme, Cfr family  57.57 
 
 
356 aa  405  1.0000000000000001e-112  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16721  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  53.04 
 
 
347 aa  387  1e-106  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16611  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  53.04 
 
 
348 aa  385  1e-106  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.785393  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1574  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  51.59 
 
 
348 aa  382  1e-105  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16851  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  51.59 
 
 
348 aa  384  1e-105  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_12087  predicted protein  51.99 
 
 
340 aa  332  7.000000000000001e-90  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  46.65 
 
 
349 aa  310  2.9999999999999997e-83  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_49687  predicted protein  45.3 
 
 
369 aa  281  2e-74  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.622489 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1590  radical SAM protein  47.81 
 
 
318 aa  280  3e-74  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2310  radical SAM enzyme, Cfr family  43.53 
 
 
349 aa  273  2.0000000000000002e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0772545  hitchhiker  0.000694436 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1955  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.69 
 
 
365 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.49 
 
 
364 aa  269  5e-71  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0572  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40 
 
 
349 aa  267  2e-70  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00705994  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1660  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.23 
 
 
389 aa  268  2e-70  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0331  radical SAM enzyme, Cfr family  46.01 
 
 
344 aa  266  5e-70  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.81414 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.17 
 
 
343 aa  265  8.999999999999999e-70  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0928  radical SAM enzyme, Cfr family  44.64 
 
 
364 aa  265  1e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.947592  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1227  hypothetical protein  40.62 
 
 
357 aa  263  3e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.75541  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1503  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.09 
 
 
340 aa  263  4e-69  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.578618  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.6 
 
 
343 aa  263  4e-69  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1711  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.81 
 
 
347 aa  261  1e-68  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.294696  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1385  radical SAM protein  41.69 
 
 
351 aa  260  2e-68  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1751  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.17 
 
 
342 aa  260  2e-68  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.493385  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.81 
 
 
347 aa  260  3e-68  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3605  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.19 
 
 
362 aa  259  6e-68  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3963  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.19 
 
 
362 aa  258  8e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1708  radical SAM protein  41.37 
 
 
350 aa  258  9e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3906  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.19 
 
 
362 aa  258  9e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3715  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.19 
 
 
362 aa  258  9e-68  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3623  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.19 
 
 
362 aa  258  9e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4002  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.19 
 
 
362 aa  258  9e-68  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3912  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.19 
 
 
362 aa  258  9e-68  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00181542  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3878  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.19 
 
 
362 aa  258  9e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.42646e-19 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1280  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.19 
 
 
362 aa  258  1e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0793601 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07736  hypothetical protein  39.64 
 
 
346 aa  258  1e-67  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.161739  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2516  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.9 
 
 
362 aa  258  1e-67  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00628508  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1436  radical SAM enzyme, Cfr family  40.11 
 
 
348 aa  257  2e-67  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1361  radical SAM enzyme, Cfr family  42.23 
 
 
372 aa  257  2e-67  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2783  radical SAM enzyme, Cfr family  42.65 
 
 
408 aa  256  3e-67  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0633  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.96 
 
 
344 aa  256  6e-67  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1313  radical SAM enzyme, Cfr family  42.14 
 
 
360 aa  255  9e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2488  radical SAM protein  40.49 
 
 
356 aa  254  1.0000000000000001e-66  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00360289  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3124  hypothetical protein  38.26 
 
 
365 aa  254  1.0000000000000001e-66  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.347966 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3687  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.3 
 
 
362 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1338  radical SAM enzyme, Cfr family  39.88 
 
 
351 aa  253  4.0000000000000004e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0802459  normal  0.737261 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.19 
 
 
364 aa  253  5.000000000000001e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.902149  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1277  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.19 
 
 
364 aa  253  5.000000000000001e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  41.74 
 
 
342 aa  252  9.000000000000001e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1323  radical SAM enzyme, Cfr family  43.36 
 
 
348 aa  251  9.000000000000001e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0458  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.76 
 
 
368 aa  251  1e-65  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  38.73 
 
 
369 aa  251  1e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2191  radical SAM enzyme, Cfr family  41.43 
 
 
392 aa  250  2e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1043  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.54 
 
 
341 aa  251  2e-65  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2967  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.57 
 
 
358 aa  250  3e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0788473  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1699  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.57 
 
 
348 aa  250  3e-65  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1431  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.56 
 
 
367 aa  249  5e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0461  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.57 
 
 
364 aa  248  1e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.745055  normal  0.162604 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0784  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.4 
 
 
364 aa  247  2e-64  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0850  radical SAM enzyme, Cfr family  38.86 
 
 
381 aa  246  6e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0880  radical SAM protein  38.86 
 
 
381 aa  246  6e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.588351  normal  0.297118 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4328  radical SAM protein  38.86 
 
 
381 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000000214748 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4731  radical SAM enzyme, Cfr family  38.51 
 
 
350 aa  245  6.999999999999999e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.698724  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0893  radical SAM protein  38.86 
 
 
381 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000355307 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1353  radical SAM protein  38.68 
 
 
371 aa  245  9e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000160208 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1905  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.62 
 
 
347 aa  244  9.999999999999999e-64  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0212666  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4305  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.24 
 
 
363 aa  244  9.999999999999999e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1533  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.26 
 
 
349 aa  242  7e-63  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  39.02 
 
 
377 aa  242  9e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.18 
 
 
360 aa  241  1e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14130  radical SAM enzyme, Cfr family  39.94 
 
 
351 aa  241  1e-62  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  39.02 
 
 
382 aa  241  1e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4986  radical SAM enzyme, Cfr family  38.75 
 
 
349 aa  241  1e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.323052  hitchhiker  0.00454129 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0620  hypothetical protein  38.15 
 
 
370 aa  241  1e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.180215  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4182  radical SAM protein  42.69 
 
 
374 aa  241  1e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  38.73 
 
 
382 aa  241  2e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2243  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.77 
 
 
359 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.726084 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0188  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.49 
 
 
365 aa  240  2.9999999999999997e-62  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  39.27 
 
 
376 aa  239  4e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3503  radical SAM protein  37.43 
 
 
382 aa  239  4e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2956  radical SAM enzyme, Cfr family  40.87 
 
 
342 aa  239  5e-62  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0007  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40 
 
 
356 aa  239  5e-62  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0937459  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0906  hypothetical protein  42.52 
 
 
354 aa  239  5.999999999999999e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000883258  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3115  radical SAM enzyme, Cfr family  40.36 
 
 
353 aa  239  8e-62  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.248396  hitchhiker  0.0000000842526 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1087  radical SAM enzyme, Cfr family  40.77 
 
 
383 aa  238  1e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.486861  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4604  hypothetical protein  37.64 
 
 
382 aa  238  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1167  radical SAM protein  40.77 
 
 
374 aa  238  1e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1431  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.32 
 
 
398 aa  238  1e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>