125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4739 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_03063  glutamate decarboxylase  84.27 
 
 		 464 aa  849    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2953  glutamate decarboxylase  91.59 
 
 		 464 aa  909    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4739  glutamate decarboxylase  100 
 
 		 464 aa  971    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1197  glutamate decarboxylase beta  93.97 
 
 		 464 aa  929    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0045  glutamate decarboxylase  70.13 
 
 		 468 aa  715    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3826  glutamate decarboxylase  60.98 
 
 		 461 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0551  glutamate decarboxylase  61.09 
 
 		 461 aa  600  1e-170  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0309  glutamate decarboxylase  59.82 
 
 		 455 aa  569  1e-161  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0520233  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1578  glutamate decarboxylase GadB  58.56 
 
 		 466 aa  565  1e-160  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01451  glutamate decarboxylase B, PLP-dependent  58.11 
 
 		 466 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2153  glutamate decarboxylase  58.11 
 
 		 466 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.139052  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1682  glutamate decarboxylase GadB  58.11 
 
 		 466 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2164  glutamate decarboxylase  58.11 
 
 		 466 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.19141  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1680  glutamate decarboxylase GadA  58.11 
 
 		 466 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2106  glutamate decarboxylase GadA  58.11 
 
 		 466 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.139391 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4879  glutamate decarboxylase GadB  58.47 
 
 		 466 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01464  hypothetical protein  58.11 
 
 		 466 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03365  glutamate decarboxylase A, PLP-dependent  58.24 
 
 		 466 aa  561  1e-158  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0196  glutamate decarboxylase  58.24 
 
 		 466 aa  561  1e-158  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03318  hypothetical protein  58.24 
 
 		 466 aa  561  1e-158  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3720  glutamate decarboxylase GadA  58.24 
 
 		 466 aa  561  1e-158  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4005  glutamate decarboxylase  58.24 
 
 		 466 aa  561  1e-158  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0200  glutamate decarboxylase  58.24 
 
 		 466 aa  561  1e-158  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.718769 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3820  glutamate decarboxylase GadB  58.01 
 
 		 466 aa  559  1e-158  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.143383 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1756  glutamate decarboxylase GadB  57.88 
 
 		 466 aa  560  1e-158  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.347541  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18041  glutamate decarboxylase  54.7 
 
 		 479 aa  550  1e-155  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.171895 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0372  glutamate decarboxylase  53.45 
 
 		 466 aa  543  1e-153  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.231865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0181  glutamate decarboxylase  54.11 
 
 		 466 aa  495  1e-139  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.305045 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6904  glutamate decarboxylase  53.81 
 
 		 473 aa  497  1e-139  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2691  glutamate decarboxylase  53.41 
 
 		 489 aa  491  1e-137  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0236488  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5339  glutamate decarboxylase  51.92 
 
 		 468 aa  473  1e-132  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1640  glutamate decarboxylase  49.46 
 
 		 470 aa  468  1.0000000000000001e-131  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8660  glutamate decarboxylase  50.11 
 
 		 463 aa  464  1e-129  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2341  glutamate decarboxylase  48.12 
 
 		 466 aa  457  1e-127  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0367356  normal  0.0856253 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1145  glutamate decarboxylase  52.28 
 
 		 461 aa  454  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1162  glutamate decarboxylase  52.28 
 
 		 461 aa  454  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.824661 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1172  glutamate decarboxylase  52.28 
 
 		 461 aa  454  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.615591  normal  0.0977769 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2315  glutamate decarboxylase  45.69 
 
 		 464 aa  449  1e-125  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2029  glutamate decarboxylase  45.49 
 
 		 466 aa  446  1.0000000000000001e-124  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4374  glutamate decarboxylase  47.24 
 
 		 466 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.777962 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13469  glutamate decarboxylase gadB  52.13 
 
 		 460 aa  446  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.294595  hitchhiker  0.000990947 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1483  glutamate decarboxylase  50.11 
 
 		 463 aa  444  1e-123  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.66379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4935  glutamate decarboxylase  51.11 
 
 		 468 aa  442  1e-123  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1616  glutamate decarboxylase  47.37 
 
 		 488 aa  424  1e-117  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.170706  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0149  glutamate decarboxylase  43.83 
 
 		 496 aa  397  1e-109  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.283505  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3467  glutamate decarboxylase  44.04 
 
 		 457 aa  391  1e-107  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.43113  normal  0.0785631 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05447  hypothetical glutamic acid decarboxylase (Eurofung)  41.72 
 
 		 515 aa  384  1e-105  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.224544  normal  0.629944 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2744  glutamate decarboxylase  45.48 
 
 		 468 aa  372  1e-102  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0749502  hitchhiker  0.000505067 
 
 
-
 
NC_006681  CNL03700  glutamate decarboxylase, putative  40.56 
 
 		 557 aa  369  1e-101  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH03700  glutamate decarboxylase, putative  40.56 
 
 		 557 aa  369  1e-101  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1766  glutamate decarboxylase  43.87 
 
 		 460 aa  368  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.184514 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07278  glutamate decarboxylase (Eurofung)  40.27 
 
 		 521 aa  357  2.9999999999999997e-97  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_40180  Glutamate decarboxylase (GAD) (ERT D1)  39.24 
 
 		 569 aa  346  4e-94  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1636  L-tyrosine decarboxylase  27.56 
 
 		 384 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0977  L-tyrosine decarboxylase  27.12 
 
 		 395 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1732  L-tyrosine decarboxylase  25 
 
 		 379 aa  113  6e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0311  sphingosine-1-phosphate lyase  26.18 
 
 		 473 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0935746  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0309  sphingosine-1-phosphate lyase  25.7 
 
 		 473 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2611  L-tyrosine decarboxylase  28.95 
 
 		 369 aa  108  1e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2562  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.95 
 
 		 468 aa  104  3e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000400331  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1139  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  25.29 
 
 		 473 aa  104  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.428342  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0159  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.16 
 
 		 513 aa  103  5e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2912  sphingosine-1-phosphate lyase  25.36 
 
 		 473 aa  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0389716  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2756  sphingosine-1-phosphate lyase  25.29 
 
 		 473 aa  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2761  sphingosine-1-phosphate lyase  26.45 
 
 		 498 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1143  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  25.95 
 
 		 473 aa  102  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.764219  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87778  dihydrosphingosine-1-phosphate lyase  22.93 
 
 		 603 aa  102  2e-20  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2918  sphingosine-1-phosphate lyase  26.16 
 
 		 485 aa  100  4e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216588  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0806  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.03 
 
 		 411 aa  100  8e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168032 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1848  L-tyrosine decarboxylase  30.21 
 
 		 365 aa  99.8  1e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2007  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.77 
 
 		 403 aa  99.4  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2166  L-tyrosine decarboxylase  27.66 
 
 		 365 aa  97.8  3e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.511307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1545  L-tyrosine decarboxylase  27.6 
 
 		 365 aa  95.1  3e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0671702  hitchhiker  0.0000867545 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_15730  predicted protein  24.2 
 
 		 442 aa  93.2  1e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.0024811  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2080  L-tyrosine decarboxylase  28.72 
 
 		 363 aa  92  2e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.895699 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01989  conserved hypothetical protein similar to dihydrosphingosine phosphate lyase (Eurofung)  24.56 
 
 		 572 aa  91.3  3e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.108973 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1867  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.46 
 
 		 498 aa  87.4  5e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3073  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.07 
 
 		 514 aa  87  7e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.441347  normal  0.218881 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1873  pyridoxal-dependent decarboxylase  23.3 
 
 		 472 aa  85.9  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.044289  normal  0.812242 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2190  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.73 
 
 		 474 aa  85.5  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3418  pyridoxal-dependent decarboxylase  22.85 
 
 		 472 aa  84  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.3739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0389  pyridoxal-dependent decarboxylase  23.65 
 
 		 499 aa  82  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2597  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.6 
 
 		 498 aa  81.3  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.317944 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119543  Sphingosine-1-phosphate lyase  22.62 
 
 		 532 aa  81.3  0.00000000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1008  L-tyrosine decarboxylase  23.85 
 
 		 390 aa  80.1  0.00000000000008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.461391  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH00560  sphinganine-1-phosphate aldolase, putative  21.26 
 
 		 546 aa  79.7  0.00000000000009  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3961  Pyridoxal-dependent decarboxylase  22.65 
 
 		 478 aa  79  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1072  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.73 
 
 		 474 aa  77.4  0.0000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2743  L-tyrosine decarboxylase  24.92 
 
 		 349 aa  77.4  0.0000000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0591  L-tyrosine decarboxylase  30.26 
 
 		 355 aa  75.5  0.000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146124  normal  0.883082 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2102  hypothetical protein  24.55 
 
 		 605 aa  73.6  0.000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  22.64 
 
 		 500 aa  72.8  0.00000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000172466 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2128  hypothetical protein  24.25 
 
 		 605 aa  72.4  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22660  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  22.39 
 
 		 483 aa  72  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1136  L-tyrosine decarboxylase  21.55 
 
 		 384 aa  71.6  0.00000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1547  L-tyrosine decarboxylase  21.26 
 
 		 384 aa  70.9  0.00000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.875736  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2995  L-tyrosine decarboxylase  24.8 
 
 		 349 aa  70.5  0.00000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2599  Pyridoxal-dependent decarboxylase  22.86 
 
 		 365 aa  69.3  0.0000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1130  L-tyrosine decarboxylase  20.62 
 
 		 384 aa  69.7  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0805  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.54 
 
 		 361 aa  68.9  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>