More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4599 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009997  Sbal195_0344  aconitate hydratase  70.26 
 
 
454 aa  683    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0443  hypothetical protein  70.7 
 
 
454 aa  685    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4371  hypothetical protein  70.7 
 
 
454 aa  678    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3891  hypothetical protein  71.81 
 
 
459 aa  685    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4599  hypothetical protein  100 
 
 
454 aa  935    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000326637 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0339  aconitate hydratase  70.26 
 
 
454 aa  685    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53194  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3514  hypothetical protein  70.93 
 
 
453 aa  668    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0337  aconitate hydratase  70.26 
 
 
454 aa  681    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0322  hypothetical protein  77.53 
 
 
454 aa  747    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00168086 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0347  hypothetical protein  70.26 
 
 
454 aa  683    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000166165 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0347  hypothetical protein  71.15 
 
 
454 aa  685    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3679  hypothetical protein  71.15 
 
 
454 aa  685    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.824748  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0338  aconitate hydratase  71.15 
 
 
454 aa  683    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0349  hypothetical protein  63.52 
 
 
455 aa  632  1e-180  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3382  hypothetical protein  67.91 
 
 
459 aa  629  1e-179  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0694  AMP-dependent synthetase and ligase  39.34 
 
 
562 aa  288  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0938067  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3060  AMP-dependent synthetase and ligase  41.5 
 
 
568 aa  288  1e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36768  normal  0.993674 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004067  putative surfactin synthetase  38.41 
 
 
466 aa  287  2.9999999999999996e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4765  AMP-dependent synthetase and ligase  36.16 
 
 
557 aa  281  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652066  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3688  AMP-dependent synthetase and ligase  36.16 
 
 
557 aa  281  2e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.458035 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4381  AMP-dependent synthetase and ligase  37.26 
 
 
557 aa  269  5.9999999999999995e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.432872  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0931  putative AMP-dependent synthetase and ligase  37.77 
 
 
615 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00787  hypothetical protein  35.85 
 
 
563 aa  264  2e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2100  hypothetical protein  38.1 
 
 
457 aa  262  1e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5096  AMP-binding enzyme family protein  40.15 
 
 
524 aa  261  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0436  AMP-dependent synthetase and ligase  39.9 
 
 
559 aa  254  3e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34152  normal  0.595328 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0893  putative AMP-binding protein  36.2 
 
 
457 aa  251  1e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.639204  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0434  AMP-dependent synthetase and ligase  39.14 
 
 
563 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1491  AMP-dependent synthetase and ligase  38.38 
 
 
551 aa  243  3.9999999999999997e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.969337  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  34.15 
 
 
451 aa  239  5e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4077  AMP-dependent synthetase and ligase  37.13 
 
 
563 aa  233  6e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  37.27 
 
 
563 aa  228  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3920  AMP-dependent synthetase and ligase  37.22 
 
 
561 aa  227  4e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3889  AMP-dependent synthetase and ligase  32.75 
 
 
453 aa  219  7.999999999999999e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.329532 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2751  AMP-binding enzyme family protein  34.64 
 
 
591 aa  197  3e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.859274  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3878  AMP-dependent synthetase and ligase  29.71 
 
 
565 aa  196  6e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.680679 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0115  acyl-coenzyme A synthetase-related protein  32.01 
 
 
427 aa  157  3e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0437  AMP-binding enzyme  29.52 
 
 
448 aa  147  5e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.219492  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0350  peptide synthase  28.73 
 
 
450 aa  123  6e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.693872  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0315  putative AMP-dependent synthetase and ligase family protein  28.08 
 
 
435 aa  120  6e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.529021  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0971  3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  30.49 
 
 
518 aa  109  9.000000000000001e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00727606  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3987  hypothetical protein  28.18 
 
 
448 aa  109  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0320  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  29.24 
 
 
565 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0480  AMP-dependent synthetase and ligase  27.67 
 
 
446 aa  103  8e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.872653 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2176  trigger factor (TF)  28.08 
 
 
518 aa  102  2e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.437953  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0308  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  29 
 
 
565 aa  98.2  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2105  aconitate hydratase  28.98 
 
 
393 aa  95.9  1e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0432  hypothetical protein  26.75 
 
 
580 aa  93.2  8e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744258  normal  0.621474 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0802  AMP-binding protein  26.58 
 
 
453 aa  92.8  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3932  AMP-dependent synthetase and ligase  26.16 
 
 
570 aa  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.297166  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0065  AMP-dependent synthetase and ligase  26.7 
 
 
593 aa  92  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2147  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like  26.84 
 
 
590 aa  90.5  5e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2761  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  26.84 
 
 
590 aa  90.5  5e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.054979  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6091  Acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like  27.82 
 
 
584 aa  89  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.316945  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2813  Acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  26.74 
 
 
609 aa  89.7  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2746  CoA ligase (AMP forming)  26.2 
 
 
443 aa  88.2  3e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.913246  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2671  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  26.38 
 
 
569 aa  87  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03741  AMP-ligase  25.45 
 
 
501 aa  86.7  8e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2680  acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like protein  25.77 
 
 
609 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1318  putative CoA ligase (AMP forming)  25.31 
 
 
466 aa  84.3  0.000000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4723  Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  27.46 
 
 
370 aa  77.8  0.0000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4173  AMP-dependent synthetase and ligase  25.06 
 
 
458 aa  77  0.0000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2003  acetate--CoA ligase  24.93 
 
 
650 aa  76.6  0.0000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.807811  hitchhiker  0.00673553 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3935  acetate--CoA ligase  24.12 
 
 
650 aa  68.6  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.82655  normal  0.289959 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2789  AMP-dependent synthetase and ligase  30.59 
 
 
384 aa  68.9  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.201948 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2704  AMP-dependent synthetase and ligase  23.85 
 
 
466 aa  65.5  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.431608 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1819  4-coumarate--CoA ligase  27.69 
 
 
394 aa  65.9  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.0064272  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0766  bifunctional acyl-[acyl carrier protein] synthetase/2-acylglycerophosphoethanolamine acyltransferase  25.34 
 
 
720 aa  63.9  0.000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.118074  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4558  AMP-dependent synthetase and ligase  24.24 
 
 
511 aa  60.5  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1273  AMP-dependent synthetase and ligase  24.65 
 
 
472 aa  60.5  0.00000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2364  AMP-dependent synthetase and ligase  25.25 
 
 
497 aa  59.7  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.472982  normal  0.0410842 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0975  bifunctional acyl-[acyl carrier protein] synthetase/2-acylglycerophosphoethanolamine acyltransferase  24.79 
 
 
718 aa  58.2  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.605445  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1027  bifunctional acyl-[acyl carrier protein] synthetase/2-acylglycerophosphoethanolamine acyltransferase  24.79 
 
 
718 aa  58.2  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36010  acetyl-CoA synthetase  23.37 
 
 
663 aa  57.8  0.0000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.107334 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0083  AMP-dependent synthetase and ligase  23.59 
 
 
525 aa  57.8  0.0000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0718  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  22.71 
 
 
547 aa  57.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2648  acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II  22.88 
 
 
403 aa  57.4  0.0000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0096  AMP-dependent synthetase and ligase  23.51 
 
 
527 aa  57.4  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21680  acyl-CoA synthetase  25.21 
 
 
480 aa  57.4  0.0000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.656623 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1629  acetyl-CoA synthetase  22.7 
 
 
654 aa  57  0.0000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.342959  normal  0.802864 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2856  acetyl-CoA synthetase  22.19 
 
 
656 aa  57  0.0000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0504  acetyl-CoA synthetase  22.99 
 
 
664 aa  57  0.0000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4362  AMP-dependent synthetase and ligase  25.29 
 
 
480 aa  57  0.0000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3246  bifunctional acyl-[acyl carrier protein] synthetase/2-acylglycerophosphoethanolamine acyltransferase  24.5 
 
 
718 aa  56.6  0.0000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.966008  hitchhiker  0.00458184 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1188  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  23.16 
 
 
547 aa  56.6  0.0000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3351  AMP-dependent synthetase and ligase  22.32 
 
 
472 aa  55.8  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.156488 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2175  acyl-CoA synthetase  23.74 
 
 
472 aa  56.2  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.114298  normal  0.0918111 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3826  AMP-dependent synthetase and ligase  23.91 
 
 
700 aa  56.2  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0180  AMP-dependent synthetase and ligase  21.43 
 
 
553 aa  55.8  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06781  acetyl-coenzyme A synthetase  20.53 
 
 
658 aa  55.1  0.000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2958  AMP-dependent synthetase and ligase  21.59 
 
 
523 aa  55.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0550  acetyl-CoA synthetase  21.28 
 
 
667 aa  55.1  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0200961  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4775  AMP-dependent synthetase and ligase  22.22 
 
 
468 aa  55.5  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3617  bifunctional acyl-[acyl carrier protein] synthetase/2-acylglycerophosphoethanolamine acyltransferase  24.46 
 
 
725 aa  54.7  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1847  amino acid adenylation  22.84 
 
 
1070 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2685  Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II-like protein  24.49 
 
 
328 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0597  acetyl-CoA synthetase  21.62 
 
 
657 aa  54.7  0.000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3454  amino acid adenylation domain protein  28.23 
 
 
1339 aa  54.3  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0624608  decreased coverage  0.0000000205264 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2110  AMP-dependent synthetase and ligase  21.61 
 
 
549 aa  54.3  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.333319  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3934  acetate--CoA ligase  22.22 
 
 
639 aa  53.9  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.118564 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>