31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4589 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_4589  TPR repeat-containing protein  100 
 
 
226 aa  456  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000195953 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0349  TPR repeat-containing protein  62.45 
 
 
234 aa  280  1e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0347  TPR repeat-containing protein  61.57 
 
 
234 aa  278  4e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0393217  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0357  TPR domain-containing protein  62.01 
 
 
234 aa  277  8e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000167049  decreased coverage  0.00000000909482 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0354  TPR repeat-containing protein  61.57 
 
 
234 aa  277  8e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0784365  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0324  TPR repeat-containing protein  59.83 
 
 
234 aa  270  1e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3619  TPR repeat-containing protein  62.14 
 
 
234 aa  260  8.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3816  TPR repeat-containing protein  62.07 
 
 
234 aa  256  2e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3504  TPR repeat-containing protein  58.74 
 
 
221 aa  252  3e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0353  TPR domain-containing protein  60.1 
 
 
232 aa  247  1e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3473  TPR repeat-containing protein  64.18 
 
 
269 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0359  TPR repeat-containing protein  56.86 
 
 
230 aa  235  4e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3823  hypothetical protein  34.62 
 
 
228 aa  99.4  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28711  hypothetical protein  48.33 
 
 
334 aa  47  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6282  hypothetical protein  32.32 
 
 
217 aa  47.4  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0309056  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2471  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  61.76 
 
 
406 aa  45.4  0.0007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0400427  normal  0.45906 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3643  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  61.76 
 
 
406 aa  45.4  0.0007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28481  hypothetical protein  40.24 
 
 
462 aa  45.4  0.0008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28721  hypothetical protein  42.86 
 
 
706 aa  45.1  0.0009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0213  hypothetical protein  24.86 
 
 
206 aa  44.7  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28501  hypothetical protein  36 
 
 
706 aa  43.5  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0828  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  48.57 
 
 
335 aa  43.1  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.375671  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1228  TPR repeat-containing protein  37.5 
 
 
297 aa  43.1  0.003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_13031  TPR repeat-containing protein  54.17 
 
 
306 aa  43.5  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0823406 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1991  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  39.06 
 
 
367 aa  43.1  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.310287  normal  0.0147414 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3793  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 
428 aa  42.7  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.085128 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20371  hypothetical protein  58.06 
 
 
233 aa  42.4  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0775177 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0369  TPR repeat-containing protein  28.85 
 
 
446 aa  42.4  0.006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28701  hypothetical protein  41.38 
 
 
582 aa  42.4  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG2227  hypothetical protein  32.53 
 
 
218 aa  42  0.009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000379414 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1235  hypothetical protein  37.84 
 
 
215 aa  41.6  0.01  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>