276 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4484 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_3303  amino acid/peptide transporter  74.17 
 
 
516 aa  788  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4484  amino acid/peptide transporter  100 
 
 
516 aa  1038  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0470977  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3369  proton/peptide symporter family protein  45.86 
 
 
544 aa  445  1e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31641  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1105  alkaline phosphatase  45.6 
 
 
544 aa  432  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.377732 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0954  amino acid/peptide transporter  46.04 
 
 
527 aa  416  1e-115  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.935259  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0945  amino acid/peptide transporter  45.45 
 
 
534 aa  405  1e-112  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.985856  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1551  amino acid/peptide transporter  45.16 
 
 
539 aa  396  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2795  amino acid/peptide transporter  45.35 
 
 
539 aa  396  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.274379  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1555  amino acid/peptide transporter  45.35 
 
 
539 aa  398  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1585  amino acid/peptide transporter  45.35 
 
 
539 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2239  amino acid/peptide transporter  39.69 
 
 
603 aa  387  1e-106  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.478529  normal  0.0257492 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1088  amino acid/peptide transporter  40.07 
 
 
584 aa  380  1e-104  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0078  amino acid/peptide transporter  37.95 
 
 
603 aa  350  3e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0457  hypothetical protein  37.74 
 
 
446 aa  291  1e-77  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0463  hypothetical protein  37.74 
 
 
446 aa  291  1e-77  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1845  amino acid/peptide transporter  37.5 
 
 
504 aa  290  4e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.241988 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01330  hypothetical protein  37.35 
 
 
462 aa  283  8e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0615  proton/peptide symporter family protein  36.47 
 
 
492 aa  281  2e-74  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1572  di-/tripeptide transporter  36.47 
 
 
492 aa  281  2e-74  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.827276  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0834  amino acid/peptide transporter  36.24 
 
 
499 aa  281  3e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  4.22142e-07 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0825  di-/tripeptide transporter  36.27 
 
 
451 aa  280  5e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4332  amino acid/peptide transporter  36.88 
 
 
497 aa  279  8e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1357  amino acid/peptide transporter  36.52 
 
 
489 aa  276  7e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  3.17071e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0093  di-tripeptide ABC transporter  35.46 
 
 
497 aa  276  7e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.569603  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2545  amino acid/peptide transporter  37.4 
 
 
501 aa  275  1e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1505  amino acid/peptide transporter  35.39 
 
 
444 aa  275  1e-72  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000267924 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3596  amino acid/peptide transporter  35.9 
 
 
501 aa  275  1e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.161382  normal  0.0248648 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3244  amino acid/peptide transporter  35.59 
 
 
495 aa  275  2e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.950565  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3647  peptide/proton symporter family protein  37.97 
 
 
479 aa  275  2e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6851  amino acid/peptide transporter  37.79 
 
 
498 aa  275  2e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0689877 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3034  alkaline phosphatase  35.94 
 
 
491 aa  271  1e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.513893  hitchhiker  0.00921345 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1393  amino acid/peptide transporter  35.18 
 
 
501 aa  271  2e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.825614  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1468  amino acid/peptide transporter  36 
 
 
501 aa  270  3e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00129299  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3037  amino acid/peptide transporter  36 
 
 
501 aa  271  3e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.64206e-06  normal  0.191533 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1344  di-/tripeptide transporter  33.78 
 
 
507 aa  270  5e-71  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.938084  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2895  amino acid/peptide transporter  35.86 
 
 
501 aa  270  6e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  5.44318e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0823  amino acid/peptide transporter  34.76 
 
 
517 aa  269  1e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0922  amino acid/peptide transporter  34.9 
 
 
477 aa  268  1e-70  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  3.22625e-05  unclonable  8.27442e-19 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1737  amino acid/peptide transporter  35.04 
 
 
497 aa  268  2e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.824621  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1649  amino acid/peptide transporter  36.01 
 
 
490 aa  268  2e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  5.1541e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2266  amino acid/peptide transporter  35.62 
 
 
490 aa  268  2e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  2.91592e-07  hitchhiker  0.00874925 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1421  amino acid/peptide transporter  32.7 
 
 
494 aa  266  5e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1313  amino acid/peptide transporter  36.86 
 
 
489 aa  265  1e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  6.07679e-08  normal  0.565693 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1380  amino acid/peptide transporter  36.86 
 
 
489 aa  265  1e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00016017  normal  0.180173 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1881  amino acid/peptide transporter  34.35 
 
 
517 aa  263  4e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0879055  hitchhiker  0.00292537 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1373  amino acid/peptide transporter  36.76 
 
 
489 aa  263  8e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  3.02128e-07  hitchhiker  7.91426e-06 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0955  amino acid/peptide transporter  33.92 
 
 
510 aa  262  1e-68  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.334898  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1397  amino acid/peptide transporter  36.73 
 
 
489 aa  262  1e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000128075  normal  0.33376 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2849  amino acid/peptide transporter  37.17 
 
 
498 aa  262  1e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2905  amino acid/peptide transporter  36.07 
 
 
500 aa  259  1e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  3.47826e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2925  amino acid/peptide transporter  35.58 
 
 
528 aa  259  1e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.69108  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1664  amino acid/peptide transporter  35.18 
 
 
512 aa  255  1e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.182008  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1555  proton dependent peptide transporter  35.18 
 
 
512 aa  255  1e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2335  amino acid/peptide transporter  35.54 
 
 
524 aa  254  3e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0988959  normal  0.193339 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0757  di-/tripeptide transporter  31.83 
 
 
517 aa  254  4e-66  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.548363  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2904  amino acid/peptide transporter  32.01 
 
 
497 aa  254  4e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00155043 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2868  amino acid/peptide transporter  34.53 
 
 
495 aa  251  2e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00750801  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1345  di-/tripeptide transporter  31.64 
 
 
516 aa  251  3e-65  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3942  amino acid/peptide transporter  34.38 
 
 
496 aa  250  4e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0547773  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0604  amino acid/peptide transporter  31.53 
 
 
461 aa  250  5e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  1.92962e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0757  proton/peptide symporter family protein  31.97 
 
 
461 aa  249  7e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  3.69558e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0744  proton/peptide symporter family protein  31.78 
 
 
461 aa  249  8e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.87987e-11 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0600  peptide symporter family protein  31.78 
 
 
461 aa  249  9e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  8.22499e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1074  di-tripeptide ABC transporter membrane protein  34.31 
 
 
510 aa  249  1e-64  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0655  proton/peptide symporter family protein  31.78 
 
 
461 aa  249  1e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  3.9773e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0689  proton/peptide symporter family protein  31.78 
 
 
461 aa  249  1e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  1.79263e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0599  peptide symporter family protein  31.78 
 
 
461 aa  249  1e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.79304e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4615  proton/peptide symporter family protein  32.03 
 
 
461 aa  248  2e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  7.40471e-06  normal  0.0901188 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0817  proton/peptide symporter family protein  31.78 
 
 
461 aa  248  2e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.67379e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0721  proton/peptide symporter family protein  32.03 
 
 
461 aa  248  3e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  8.79332e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03062  putative proton-dependent peptide transporter  34.82 
 
 
483 aa  246  7e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000506345  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5954  hypothetical protein  35.37 
 
 
509 aa  246  8e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0911535  normal  0.0715474 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5646  amino acid/peptide transporter  33.69 
 
 
485 aa  246  9e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4371  amino acid/peptide transporter  33.47 
 
 
485 aa  245  1e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.113976  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4685  amino acid/peptide transporter  33.47 
 
 
485 aa  246  1e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04001  predicted transporter  33.47 
 
 
485 aa  246  1e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3861  amino acid/peptide transporter  33.47 
 
 
485 aa  245  1e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03963  hypothetical protein  33.47 
 
 
485 aa  246  1e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0867  inner membrane transporter YbgH  32.4 
 
 
493 aa  243  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.591966 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0770  inner membrane transporter YbgH  32.13 
 
 
493 aa  243  6e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.493131 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4599  amino acid/peptide transporter  33.55 
 
 
485 aa  242  9e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.148198  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0757  amino acid/peptide transporter  32.13 
 
 
493 aa  242  1e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0832  inner membrane transporter YbgH  32.4 
 
 
493 aa  242  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.582174  hitchhiker  0.00189799 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3744  amino acid/peptide transporter  34.97 
 
 
499 aa  242  1e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.971567 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0818  inner membrane transporter YbgH  32.4 
 
 
493 aa  242  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0757  inner membrane transporter YbgH  32.4 
 
 
493 aa  242  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3897  amino acid/peptide transporter  33.26 
 
 
485 aa  242  1e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2927  amino acid/peptide transporter  32.13 
 
 
493 aa  242  1e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2851  hypothetical protein  29.76 
 
 
500 aa  241  2e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0799  amino acid/peptide transporter  31.93 
 
 
493 aa  241  2e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.256216  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04219  di-tripeptide transporter  34.58 
 
 
502 aa  241  2e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.189754  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3766  amino acid/peptide transporter  33.74 
 
 
482 aa  241  2e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  8.40749e-05  normal  0.111557 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2720  hypothetical protein  29.76 
 
 
500 aa  240  4e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2946  amino acid/peptide transporter  31.93 
 
 
493 aa  240  4e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.701623  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00669  predicted transporter  31.93 
 
 
493 aa  240  4e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00658  hypothetical protein  31.93 
 
 
493 aa  240  4e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0374  amino acid/peptide transporter  36 
 
 
627 aa  240  5e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2274  amino acid/peptide transporter  34.46 
 
 
520 aa  239  8e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000484906 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0724  amino acid/peptide transporter  32 
 
 
493 aa  239  9e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.470702  normal  0.430255 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0734  amino acid/peptide transporter  32.2 
 
 
493 aa  238  2e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>