More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4387 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_4387  ArsR family transcriptional regulator  100 
 
 
115 aa  234  4e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0574  ArsR family transcriptional regulator  83.33 
 
 
114 aa  193  6e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.191131 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3738  ArsR family transcriptional regulator  66.67 
 
 
116 aa  160  7e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0417  ArsR family transcriptional regulator  68.75 
 
 
115 aa  158  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3960  ArsR family transcriptional regulator  62.28 
 
 
114 aa  148  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3834  regulatory protein ArsR  62.28 
 
 
114 aa  148  3e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0491  regulatory protein, ArsR  62.28 
 
 
114 aa  147  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3777  transcriptional regulator, ArsR family  62.28 
 
 
114 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5146  ArsR family transcriptional regulator  60.53 
 
 
118 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.426195  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35130  arsenic resistance transcriptional regulator  59.09 
 
 
116 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.362165  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0532  ArsR family transcriptional regulator  57.89 
 
 
114 aa  144  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0532  arsenical resistence operon repressor  62.28 
 
 
114 aa  143  6e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3499  ArsR family transcriptional regulator  57.89 
 
 
114 aa  143  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0532  ArsR family transcriptional regulator  57.89 
 
 
114 aa  143  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2400  ArsR family transcriptional regulator  60.55 
 
 
115 aa  142  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00774399 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3077  ArsR family transcriptional regulator  57.89 
 
 
115 aa  141  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.183094  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3034  regulatory protein, ArsR  57.89 
 
 
145 aa  140  5e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2718  arsenic resistance transcriptional regulator  57.89 
 
 
115 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1220  regulatory protein, ArsR  58.72 
 
 
115 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1504  regulatory protein, ArsR  53.51 
 
 
133 aa  137  7e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.222028  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1851  regulatory protein ArsR  57.8 
 
 
114 aa  136  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0120336  hitchhiker  0.00320391 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3820  regulatory protein, ArsR  55.26 
 
 
115 aa  135  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2335  ArsR family transcriptional regulator  55.26 
 
 
115 aa  135  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0758735 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3781  ArsR family transcriptional regulator  55.96 
 
 
110 aa  129  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00283923  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1519  ArsR family transcriptional regulator  54.78 
 
 
258 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.760386  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3358  ArsR family transcriptional regulator  53.15 
 
 
275 aa  127  7.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.426914  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3638  regulatory protein, ArsR  58.65 
 
 
134 aa  126  9.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1930  arsenic resistance transcriptional regulator  51.33 
 
 
128 aa  123  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.406567  unclonable  0.000000264829 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4004  transcriptional regulator, ArsR family protein  53.15 
 
 
270 aa  122  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3415  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  52.21 
 
 
113 aa  120  6e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.64554  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3281  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  52.21 
 
 
113 aa  120  6e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0944  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  52.21 
 
 
113 aa  120  6e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0793455  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03333  predicted transcriptional regulator  53 
 
 
113 aa  120  9e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25920  regulatory protein, ArsR family  52.21 
 
 
118 aa  119  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3552  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  53.15 
 
 
305 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3398  ArsR family transcriptional regulator  54.46 
 
 
114 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.88548  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1925  putative transcriptional regulator, ArsR family  54.05 
 
 
117 aa  117  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.26024  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3637  transcriptional regulator of ArsR family protein  48.25 
 
 
115 aa  116  9e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.227676  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2713  ArsR family transcriptional regulator  55.34 
 
 
114 aa  115  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3265  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  53.68 
 
 
140 aa  114  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.426244  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2463  transcriptional regulator, ArsR family  50 
 
 
110 aa  114  5e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.104943  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0215  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  51.43 
 
 
117 aa  110  8.000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.807623 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3703  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  51.43 
 
 
117 aa  110  8.000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2819  transcriptional regulator, ArsR family  50.86 
 
 
109 aa  110  8.000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03350  DNA-binding transcriptional repressor  50.48 
 
 
117 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.449816  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0213  transcriptional regulator, ArsR family  50.48 
 
 
117 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03303  hypothetical protein  50.48 
 
 
117 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.521109  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0493  transcriptional regulator  50 
 
 
117 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.877737 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3984  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  50.48 
 
 
117 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3820  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  52.53 
 
 
117 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4850  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  46.36 
 
 
117 aa  107  5e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3793  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  46.36 
 
 
117 aa  107  7.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.462226 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0586  ArsR family transcriptional regulator  47.41 
 
 
113 aa  106  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.516582  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002125  transcriptional regulator ArsR family  50.98 
 
 
111 aa  104  5e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1608  transcriptional regulator, ArsR family  53.47 
 
 
124 aa  102  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.15786  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00297  transcriptional regulator  52.81 
 
 
111 aa  102  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2391  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  49.4 
 
 
106 aa  100  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4255  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  45.78 
 
 
106 aa  96.7  9e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0970362 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2969  ArsR family transcriptional regulator  42.98 
 
 
120 aa  96.3  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.530376 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05104  arsenate reductase  46.39 
 
 
248 aa  94.7  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1483  ArsR family transcriptional regulator  44.25 
 
 
135 aa  94  6e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1138  regulatory protein, ArsR  44.58 
 
 
89 aa  88.2  3e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1644  ArsR family transcriptional regulator  47.67 
 
 
97 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.796858 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1112  regulatory protein, ArsR  44.44 
 
 
134 aa  80.1  0.000000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.202553  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1872  transcriptional regulator, ArsR family  48 
 
 
112 aa  78.2  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1211  transcriptional regulator, ArsR family  52.86 
 
 
117 aa  78.2  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2350  transcriptional regulator, ArsR family  46.67 
 
 
112 aa  77.4  0.00000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.917554  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3418  regulatory protein ArsR  41.24 
 
 
99 aa  77.4  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.799155  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4155  transcriptional regulator, ArsR family  49.3 
 
 
104 aa  77  0.00000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1154  transcriptional regulator, ArsR family  52.17 
 
 
113 aa  76.6  0.00000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.303698  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3941  regulatory protein ArsR  47.3 
 
 
99 aa  76.3  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1936  ArsR family transcriptional regulator  44.19 
 
 
97 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3414  ArsR family transcriptional regulator  48 
 
 
111 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.218982  normal  0.91457 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1407  regulatory protein, ArsR  47.22 
 
 
92 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.142872  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0468  regulatory protein, ArsR  53.85 
 
 
113 aa  75.1  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0435  ArsR family transcriptional regulator  49.3 
 
 
123 aa  74.7  0.0000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3423  transcriptional regulator, ArsR family  52.17 
 
 
119 aa  74.3  0.0000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4077  transcriptional regulator, ArsR family  51.39 
 
 
99 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0520951  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1075  ArsR family transcriptional regulator  38.37 
 
 
107 aa  72.8  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000458748  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02010  transcriptional regulator, ArsR family  47.83 
 
 
125 aa  73.2  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1386  ArsR family transcriptional regulator  38.37 
 
 
107 aa  73.2  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.705753 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0863  ArsR family transcriptional regulator  53.85 
 
 
127 aa  72.8  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000489798  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1112  ArsR family transcriptional regulator  44 
 
 
132 aa  72  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2827  transcriptional regulator, ArsR family  52.11 
 
 
115 aa  71.6  0.000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0522  ArsR family transcriptional regulator  60.56 
 
 
113 aa  71.6  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4201  ArsR family transcriptional regulator  45.07 
 
 
94 aa  70.1  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.314782  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3326  transcriptional regulator, ArsR family  42.31 
 
 
115 aa  70.1  0.000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2579  transcriptional regulator, ArsR family  55.22 
 
 
312 aa  70.1  0.000000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0345  ArsR family transcriptional regulator  49.28 
 
 
127 aa  69.7  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1556  ArsR family transcriptional regulator  49.25 
 
 
125 aa  70.1  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.157609  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4499  putative transcriptional regulator, ArsR family  47.83 
 
 
105 aa  69.7  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4496  putative transcriptional regulator, ArsR family  44.93 
 
 
113 aa  69.7  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.698258  normal  0.92567 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3742  ArsR family transcriptional regulator  49.25 
 
 
116 aa  70.1  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.102941  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0576  transcriptional regulator, ArsR family  45.45 
 
 
108 aa  68.9  0.00000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00300248  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1658  regulatory protein, ArsR  47.83 
 
 
183 aa  69.3  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.214352  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0821  ArsR family transcriptional regulator  48.48 
 
 
148 aa  69.3  0.00000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1705  ArsR family transcriptional regulator  39.76 
 
 
115 aa  68.6  0.00000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0202215  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0034  ArsR family transcriptional regulator  46.05 
 
 
328 aa  68.6  0.00000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0629975 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2695  regulatory protein ArsR  48.57 
 
 
123 aa  68.6  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.260827  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0208  transcriptional regulator, ArsR family  43.06 
 
 
133 aa  68.2  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>