More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4338 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_3803  MscS mechanosensitive ion channel  60.04 
 
 		 549 aa  659    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.717222  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 533 aa  1083    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  63.62 
 
 		 538 aa  697    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0444  MscS mechanosensitive ion channel  64.62 
 
 		 540 aa  684    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0613  MscS mechanosensitive ion channel  71.56 
 
 		 547 aa  801    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000873032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0562  MscS mechanosensitive ion channel  62.67 
 
 		 551 aa  662    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3747  MscS Mechanosensitive ion channel  60.04 
 
 		 549 aa  657    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3468  MscS mechanosensitive ion channel  62.86 
 
 		 550 aa  665    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3929  MscS mechanosensitive ion channel  60.04 
 
 		 549 aa  658    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0561  MscS mechanosensitive ion channel  62.28 
 
 		 551 aa  660    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  59.08 
 
 		 547 aa  629  1e-179  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3145  mechanosensitive ion channel  57.47 
 
 		 544 aa  618  1e-176  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  44.68 
 
 		 563 aa  452  1.0000000000000001e-126  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0560.2  small-conductance mechanosensitive channel  57.44 
 
 		 429 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  44.7 
 
 		 532 aa  445  1e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  41.34 
 
 		 534 aa  440  9.999999999999999e-123  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  55.08 
 
 		 561 aa  407  1.0000000000000001e-112  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0521  MscS mechanosensitive ion channel  85.93 
 
 		 200 aa  375  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.108923  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  60.95 
 
 		 292 aa  353  4e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  40.11 
 
 		 531 aa  273  7e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1709  small conductance mechanosensitive channel  48.79 
 
 		 494 aa  259  8e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0466336 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0522  putative small-conductance mechanosensitive channel  43.5 
 
 		 331 aa  251  3e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.122809  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  44.79 
 
 		 270 aa  229  1e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  42.63 
 
 		 276 aa  223  9e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  37.96 
 
 		 275 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  43.55 
 
 		 275 aa  218  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  41.49 
 
 		 279 aa  216  7e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  37.97 
 
 		 280 aa  214  1.9999999999999998e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  41.76 
 
 		 275 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  39.26 
 
 		 288 aa  213  4.9999999999999996e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  38.75 
 
 		 286 aa  211  2e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  41.03 
 
 		 275 aa  211  3e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  41.03 
 
 		 275 aa  211  3e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  38.89 
 
 		 288 aa  208  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  37.69 
 
 		 287 aa  208  2e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2402  hypothetical protein  49.25 
 
 		 279 aa  206  7e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.267781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  38.38 
 
 		 277 aa  206  8e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  39.93 
 
 		 275 aa  205  1e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  39.85 
 
 		 275 aa  206  1e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  39.85 
 
 		 275 aa  206  1e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  39.85 
 
 		 275 aa  205  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  40 
 
 		 269 aa  204  3e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  42.4 
 
 		 279 aa  204  3e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  39.77 
 
 		 275 aa  204  3e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  39.48 
 
 		 275 aa  204  4e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1584  MscS mechanosensitive ion channel  38.49 
 
 		 279 aa  202  9e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00518641  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  38.97 
 
 		 275 aa  199  7.999999999999999e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  38.72 
 
 		 277 aa  199  7.999999999999999e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  39.78 
 
 		 283 aa  199  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  39.74 
 
 		 276 aa  197  4.0000000000000005e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  37.4 
 
 		 275 aa  196  8.000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  36.92 
 
 		 276 aa  196  8.000000000000001e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  36.4 
 
 		 274 aa  195  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2740  MscS mechanosensitive ion channel  36.23 
 
 		 288 aa  194  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  37.27 
 
 		 274 aa  193  5e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  38.52 
 
 		 270 aa  193  7e-48  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  38.52 
 
 		 275 aa  192  2e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  41.78 
 
 		 283 aa  191  2.9999999999999997e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  37.92 
 
 		 274 aa  190  7e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  36.82 
 
 		 281 aa  187  4e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  33.58 
 
 		 289 aa  187  5e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  33.58 
 
 		 289 aa  187  5e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  33.58 
 
 		 289 aa  187  5e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  34.46 
 
 		 291 aa  186  8e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  34.83 
 
 		 286 aa  186  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  34.83 
 
 		 286 aa  186  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  34.83 
 
 		 286 aa  186  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  34.83 
 
 		 286 aa  186  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  34.83 
 
 		 286 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  34.83 
 
 		 286 aa  186  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  34.83 
 
 		 286 aa  186  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  34.83 
 
 		 286 aa  184  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  35.29 
 
 		 280 aa  183  5.0000000000000004e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  35.5 
 
 		 274 aa  183  6e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  35.88 
 
 		 268 aa  183  8.000000000000001e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  34.47 
 
 		 274 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3942  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 288 aa  182  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.639966 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1419  mechanosensitive ion channel family protein  36.43 
 
 		 278 aa  182  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0730  MscS mechanosensitive ion channel  37.5 
 
 		 267 aa  181  2e-44  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.506108  normal  0.245277 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  35.02 
 
 		 276 aa  181  2.9999999999999997e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0091  MscS mechanosensitive ion channel  36.08 
 
 		 267 aa  180  5.999999999999999e-44  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1188  MscS mechanosensitive ion channel  37.1 
 
 		 267 aa  180  5.999999999999999e-44  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.765639  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2641  MscS Mechanosensitive ion channel  42.94 
 
 		 280 aa  179  1e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  36.89 
 
 		 268 aa  178  3e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0202  mechanosensitive ion channel family protein  37.09 
 
 		 271 aa  177  3e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0515  MscS Mechanosensitive ion channel  31.69 
 
 		 292 aa  177  4e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  35.98 
 
 		 277 aa  177  4e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  37.75 
 
 		 277 aa  177  6e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0204  mechanosensitive ion channel family protein  37.36 
 
 		 271 aa  177  6e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.171183  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1202  MscS Mechanosensitive ion channel  34.94 
 
 		 270 aa  175  1.9999999999999998e-42  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.49703  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0795  MscS mechanosensitive ion channel  36.47 
 
 		 269 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  38.14 
 
 		 298 aa  174  3.9999999999999995e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3699  MscS Mechanosensitive ion channel  32.72 
 
 		 283 aa  174  5e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0556  MscS Mechanosensitive ion channel  29.58 
 
 		 293 aa  173  5.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  38.92 
 
 		 286 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  38.92 
 
 		 286 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  33.94 
 
 		 273 aa  172  1e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  38.92 
 
 		 286 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  38.92 
 
 		 286 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  38.42 
 
 		 286 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>