More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4161 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4161  diguanylate cyclase  100 
 
 		 366 aa  743    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.61051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3016  GGDEF domain-containing protein  41.28 
 
 		 385 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0864603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 301 aa  134  3.9999999999999996e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1920  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 346 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.8 
 
 		 572 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  35.15 
 
 		 496 aa  129  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  35.94 
 
 		 353 aa  125  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.55 
 
 		 698 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 557 aa  125  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 753 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 388 aa  124  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 436 aa  123  5e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  35.14 
 
 		 477 aa  122  8e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0023  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 584 aa  122  9e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0108472 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0443  diguanylate cyclase  34.01 
 
 		 378 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 381 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  31.92 
 
 		 357 aa  120  3e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 532 aa  120  3e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  41.21 
 
 		 414 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  35 
 
 		 357 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 510 aa  120  4.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 317 aa  120  4.9999999999999996e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  42.58 
 
 		 653 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 377 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 368 aa  120  6e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  42.21 
 
 		 645 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1546  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 416 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0539589  hitchhiker  0.00796281 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4493  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 332 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.65 
 
 		 594 aa  119  7.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 477 aa  119  9e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.69 
 
 		 328 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  36.68 
 
 		 673 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  39.08 
 
 		 565 aa  119  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.57 
 
 		 578 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  35.55 
 
 		 384 aa  118  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  42.21 
 
 		 645 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 417 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 542 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07910  intracellular signalling protein with diguanylate cyclase and phosphodiesterase activities  42.08 
 
 		 802 aa  118  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.909152  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 417 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 623 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.51 
 
 		 710 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.67 
 
 		 531 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  29.43 
 
 		 370 aa  117  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2517  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.251685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.75 
 
 		 730 aa  117  3e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  35.29 
 
 		 476 aa  117  3e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 411 aa  117  3e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  40 
 
 		 418 aa  117  3e-25  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  35.98 
 
 		 420 aa  117  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 490 aa  117  3e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.69 
 
 		 342 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 377 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0021  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.66 
 
 		 1225 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363406  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0488  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.71 
 
 		 685 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  33.48 
 
 		 493 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2153  membrane associated GGDEF protein  32.2 
 
 		 490 aa  116  5e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 372 aa  116  5e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  40.62 
 
 		 375 aa  116  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.19 
 
 		 342 aa  117  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.31 
 
 		 1078 aa  116  5e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2353  GGDEF domain-containing protein  39.26 
 
 		 288 aa  116  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.803943 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 583 aa  116  5e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4684  GGDEF domain-containing protein  36.88 
 
 		 266 aa  116  6e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 373 aa  116  6e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4720  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 428 aa  116  6e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 611 aa  116  6e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  38.41 
 
 		 628 aa  116  6e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2233  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 390 aa  116  6e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.878292 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 629 aa  116  6.9999999999999995e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  41.56 
 
 		 642 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.99 
 
 		 901 aa  115  8.999999999999998e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 452 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4831  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 392 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 263 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 452 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  35.67 
 
 		 452 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  33.04 
 
 		 320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 559 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.1 
 
 		 1000 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3875  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 400 aa  115  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3468  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.34 
 
 		 745 aa  115  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0436703 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 476 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001391  GGDEF domain protein  37.72 
 
 		 327 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00410317  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0219  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 395 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.27 
 
 		 772 aa  115  1.0000000000000001e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 476 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 452 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.26 
 
 		 827 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.66 
 
 		 1248 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  40 
 
 		 686 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4391  diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 387 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 659 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 536 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  39.1 
 
 		 532 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 627 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 630 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>