More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4117 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 341 aa  699    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  64.12 
 
 		 344 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 337 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 334 aa  233  3e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 353 aa  228  9e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  34.13 
 
 		 353 aa  228  9e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 353 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 337 aa  226  3e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 353 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 353 aa  224  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 337 aa  209  6e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  33.03 
 
 		 337 aa  209  8e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4268  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 367 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  31.94 
 
 		 330 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1230  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 350 aa  172  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.593917  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4254  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 343 aa  169  5e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  31.86 
 
 		 345 aa  169  9e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  30.47 
 
 		 330 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  29.64 
 
 		 348 aa  160  4e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  29.31 
 
 		 335 aa  155  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  27.65 
 
 		 358 aa  153  5e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  28.4 
 
 		 346 aa  152  8e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 347 aa  152  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  28.97 
 
 		 333 aa  150  4e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 349 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 342 aa  143  5e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2560  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 344 aa  141  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.480763  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 345 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 344 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 338 aa  134  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  29.25 
 
 		 333 aa  133  5e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  32.23 
 
 		 343 aa  132  7.999999999999999e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3485  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 345 aa  132  9e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  29.25 
 
 		 333 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2808  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 337 aa  129  6e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 335 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 375 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 		 344 aa  127  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 331 aa  127  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  29.65 
 
 		 343 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1446  transcriptional regulator, AraC family  27.36 
 
 		 344 aa  125  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6019  transcriptional regulator, Fis family  25.08 
 
 		 365 aa  123  4e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1439  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 340 aa  123  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3409  AraC family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 339 aa  122  6e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.804556  normal  0.710727 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 340 aa  122  8e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  30.27 
 
 		 362 aa  122  8e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  26.63 
 
 		 339 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6759  AraC family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 369 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.902706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  26.32 
 
 		 339 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  25.82 
 
 		 343 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  23.77 
 
 		 337 aa  119  6e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 366 aa  119  9e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  25.47 
 
 		 335 aa  118  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6270  AraC family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 369 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  23.25 
 
 		 343 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1559  AraC family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 369 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.565202  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8499  transcriptional regulator, AraC family  26.65 
 
 		 342 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 335 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  25.47 
 
 		 335 aa  117  3e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1389  transcriptional regulator, AraC family  26.02 
 
 		 337 aa  117  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.734423  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 366 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 343 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 364 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 365 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  25.93 
 
 		 338 aa  115  7.999999999999999e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6811  AraC family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 366 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 336 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 342 aa  114  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 357 aa  114  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2307  Helix-turn-helix, AraC domain protein  25.09 
 
 		 345 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394496  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  25.7 
 
 		 347 aa  112  6e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4967  AraC family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 360 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  23.87 
 
 		 347 aa  112  8.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 372 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2361  AraC family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 335 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.574816 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  24.92 
 
 		 340 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 344 aa  110  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 345 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  27.66 
 
 		 345 aa  109  7.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  25.94 
 
 		 358 aa  109  8.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  25.94 
 
 		 358 aa  109  8.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 360 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5360  AraC family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 366 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.345948  normal  0.401219 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 360 aa  108  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 357 aa  107  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 336 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2142  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 339 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179718  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1480  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 347 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 336 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  26.54 
 
 		 356 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 330 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 327 aa  107  3e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  24.84 
 
 		 338 aa  107  4e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 348 aa  107  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4573  AraC family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 342 aa  106  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  26.54 
 
 		 356 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  25.22 
 
 		 359 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 355 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5276  transcriptional regulator, AraC family  25.08 
 
 		 345 aa  106  6e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>