More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4004 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_3327  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  78.63 
 
 
688 aa  1138    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0926253  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3669  heme transport protein  68.15 
 
 
697 aa  979    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1021  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  68.68 
 
 
696 aa  988    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000037848  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3338  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  68.39 
 
 
696 aa  997    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000719833  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0966  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  67.96 
 
 
696 aa  987    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.942987  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0790  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  66.09 
 
 
690 aa  966    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000110471  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0952  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  68.82 
 
 
696 aa  985    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000391517  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4004  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  100 
 
 
681 aa  1405    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.371484 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3235  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  69.21 
 
 
695 aa  1008    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000386167  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1054  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  68.53 
 
 
696 aa  997    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000147815  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0859  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  33.43 
 
 
676 aa  352  1e-95  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.32697  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0672  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  30.22 
 
 
694 aa  265  2e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.41127  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4191  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  28.49 
 
 
734 aa  238  2e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.398881  normal  0.278972 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1858  heme transport protein HugA  26.41 
 
 
683 aa  221  3e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1741  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  27.64 
 
 
661 aa  220  5e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000016514  normal  0.0458944 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4857  outer membrane heme/hemoglobin receptor ChuA  28.46 
 
 
660 aa  215  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.803267 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3802  outer membrane heme/hemoglobin receptor ChuA  28.25 
 
 
660 aa  215  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.241464 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0650  hemin receptor precursor  26.55 
 
 
676 aa  213  7.999999999999999e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.332086 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3889  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.62 
 
 
676 aa  211  5e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000356309  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3801  TonB-dependent hemin receptor HmuR  26.62 
 
 
676 aa  211  5e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0122148  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1973  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  27.41 
 
 
783 aa  209  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.41369  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3918  TonB-dependent receptor  25.8 
 
 
681 aa  206  1e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2415  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  27.17 
 
 
779 aa  204  5e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2169  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  27.68 
 
 
694 aa  200  6e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.108589 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0162  TonB-dependent iron siderophore receptor  27.18 
 
 
778 aa  200  7.999999999999999e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1935  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.54 
 
 
722 aa  194  4e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4591  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.94 
 
 
743 aa  194  6e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.880102  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2354  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  26.12 
 
 
778 aa  189  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.548378  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4201  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.13 
 
 
686 aa  189  2e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.325691  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3446  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26 
 
 
717 aa  184  6e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.494808  decreased coverage  0.00031135 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3532  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.33 
 
 
657 aa  177  6e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.339275  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1017  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.88 
 
 
704 aa  174  3.9999999999999995e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0112436  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47380  putative heme utilization protein precursor  25.44 
 
 
851 aa  169  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0440985  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4089  putative heme utilization protein precursor  25.61 
 
 
851 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06114  hypothetical protein  28.92 
 
 
490 aa  165  2.0000000000000002e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1440  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  28.94 
 
 
685 aa  162  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0111178  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0796  TonB-dependent receptor  25.96 
 
 
649 aa  162  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0550386  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000158  TonB-dependent heme and hemoglobin receptor HutA  25.95 
 
 
693 aa  157  7e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00497898  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3082  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  25.72 
 
 
730 aa  150  7e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.25355  normal  0.407735 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05789  hypothetical protein  27.93 
 
 
712 aa  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004277  TonB-dependent heme receptor  23.75 
 
 
730 aa  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1912  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  26.28 
 
 
697 aa  149  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0648198 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1519  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.45 
 
 
677 aa  149  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0519  heme transport protein HutA  24.76 
 
 
698 aa  147  7.0000000000000006e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1602  TonB-dependent receptor, plug  26.31 
 
 
652 aa  145  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.218944 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2503  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  23.24 
 
 
744 aa  144  8e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.955771  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4195  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.27 
 
 
849 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1043  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  25.95 
 
 
862 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261279  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3623  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.07 
 
 
669 aa  140  6e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3414  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 
687 aa  140  7.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1105  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor:TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  26.66 
 
 
859 aa  140  8.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2159  TonB-dependent receptor  25.07 
 
 
684 aa  139  2e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1720  heme uptake outer membrane receptor HasR precursor  26.96 
 
 
885 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95463  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1006  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  26.42 
 
 
759 aa  137  5e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2132  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  24.74 
 
 
689 aa  137  7.000000000000001e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100193  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5426  outer membrane hemin receptor  27.68 
 
 
764 aa  137  9e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1110  TonB-dependent receptor domain-containing protein  24.6 
 
 
716 aa  136  9.999999999999999e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1005  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  25.6 
 
 
862 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20010  heme uptake outer membrane receptor HasR precursor  24.48 
 
 
891 aa  135  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0486368  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0645  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  26.39 
 
 
750 aa  134  6e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0446508  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1564  TonB-dependent receptor  23.86 
 
 
654 aa  130  1.0000000000000001e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.364337  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1239  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  23.98 
 
 
646 aa  129  1.0000000000000001e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1284  TonB-dependent outer membrane heme receptor  26.4 
 
 
857 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62350  putative haem/haemoglobin uptake outer membrane receptor PhuR precursor  26.99 
 
 
764 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000326  enterobactin receptor VctA  24.26 
 
 
668 aa  129  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000334593  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1746  TonB-dependent receptor  23.86 
 
 
668 aa  127  5e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4510  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  25.52 
 
 
867 aa  127  6e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.531112  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1599  TonB-dependent receptor, plug  26.49 
 
 
800 aa  127  6e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000304489  unclonable  0.000000404036 
 
 
 
NC_007492  Pfl01_4379  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  25.54 
 
 
861 aa  126  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.237409 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3124  TonB-dependent receptor  23.08 
 
 
791 aa  126  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0996  enterobactin receptor VctA  24.75 
 
 
659 aa  126  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000420276  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4218  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  25.65 
 
 
862 aa  126  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2957  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  22.04 
 
 
739 aa  125  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.910627 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1420  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  21.91 
 
 
739 aa  125  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.330075  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1580  TonB-dependent heme receptor  22.25 
 
 
737 aa  125  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1308  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  21.7 
 
 
737 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1397  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  21.77 
 
 
739 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0435  heavy metal transport/detoxification protein  23.58 
 
 
668 aa  121  3.9999999999999996e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1381  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  21.81 
 
 
739 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2862  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  21.31 
 
 
737 aa  120  7e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0664764 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  25.68 
 
 
646 aa  120  7.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1111  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  25.36 
 
 
754 aa  120  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.192516 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1628  TonB-dependent receptor, plug  25.29 
 
 
680 aa  120  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0347  TonB-dependent receptor, plug  28.08 
 
 
670 aa  118  3.9999999999999997e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1411  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.87 
 
 
892 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  28.31 
 
 
614 aa  117  7.999999999999999e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1814  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.87 
 
 
892 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.290251  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0389  TonB-dependent receptor  25.27 
 
 
667 aa  114  4.0000000000000004e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3430  outer membrane receptor FepA  26.18 
 
 
759 aa  114  6e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00101807 
 
 
-
 
NC_003296  RS03722  outer membrane hemin receptor signal peptide protein  25.59 
 
 
741 aa  113  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000281288  normal  0.0836882 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1190  TonB dependent receptor domain-containing protein  24.63 
 
 
661 aa  113  1.0000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0340628  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3638  TonB-dependent receptor, putative  24.01 
 
 
739 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000240989 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3030  putaive Fe-regulated protein B precursor  24.6 
 
 
693 aa  112  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000310305  hitchhiker  0.000241006 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1093  TonB dependent receptor domain-containing protein  24.85 
 
 
654 aa  112  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1023  TonB-dependent receptor plug  26.67 
 
 
769 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.302797  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0460  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.24 
 
 
731 aa  110  6e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  23.11 
 
 
659 aa  110  9.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3743  outer membrane receptor FepA  26.37 
 
 
766 aa  109  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.325826  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  24.19 
 
 
617 aa  108  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  22.92 
 
 
663 aa  107  6e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>