More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3992 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_3992  TonB-dependent receptor plug  100 
 
 
877 aa  1783    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000578647  normal  0.249271 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1061  TonB-dependent receptor  52.24 
 
 
867 aa  887    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.797975 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02745  putative TonB-dependent outer membrane receptor  44.97 
 
 
1015 aa  710    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02748  putative TonB-dependent outer membrane receptor  51.14 
 
 
856 aa  864    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2931  TonB-dependent receptor  51.7 
 
 
870 aa  841    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000063349  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2180  TonB-dependent receptor  55.92 
 
 
869 aa  926    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.225635  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1028  TonB-dependent receptor  52.7 
 
 
861 aa  886    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.518933  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3096  TonB-dependent receptor  54.2 
 
 
851 aa  911    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0959  TonB-dependent receptor  52.7 
 
 
858 aa  889    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3081  TonB-dependent receptor  52.99 
 
 
857 aa  901    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3331  TonB-dependent receptor  52.46 
 
 
867 aa  890    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2896  putative TonB-dependent outer membrane receptor  53.88 
 
 
867 aa  861    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000792676  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2417  TonB-dependent receptor, plug  40.89 
 
 
823 aa  573  1.0000000000000001e-162  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.599491 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1723  TonB-dependent receptor  36.88 
 
 
868 aa  530  1e-149  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00128023  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01460  TonB-dependent receptor, putative  37.23 
 
 
864 aa  513  1e-144  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1378  TonB-dependent receptor  34.62 
 
 
872 aa  458  1e-127  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.571563  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3801  TonB-dependent receptor  35.69 
 
 
800 aa  443  1e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1708  TonB-dependent receptor  32.27 
 
 
817 aa  382  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1412  TonB-dependent receptor  31.61 
 
 
847 aa  364  4e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3139  TonB-dependent receptor  31.54 
 
 
795 aa  360  6e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0252363  normal  0.788798 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0702  TonB-dependent receptor  31.64 
 
 
948 aa  356  1e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.861146  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2290  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  32.27 
 
 
800 aa  354  4e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000569019 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2818  TonB-dependent receptor  31.79 
 
 
853 aa  348  2e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.141379  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1277  TonB-dependent receptor  29.85 
 
 
793 aa  345  2e-93  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0868326  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1342  ferric enterobactin receptor  29.97 
 
 
793 aa  343  8e-93  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.127602  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02222  putative TonB-dependent receptor  30.68 
 
 
853 aa  334  4e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1344  ferric enterobactin receptor  29.9 
 
 
788 aa  326  1e-87  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  unclonable  0.00000000120084  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2289  outer membrane protein  30.48 
 
 
870 aa  325  3e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000176254  unclonable  0.000000033388 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1279  TonB-dependent receptor  29.67 
 
 
788 aa  321  3.9999999999999996e-86  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  unclonable  0.0000000456142  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2509  TonB-dependent receptor  31.11 
 
 
803 aa  318  4e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0337373  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2466  TonB-dependent receptor  28.28 
 
 
887 aa  276  8e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5926  TonB-dependent receptor  28.16 
 
 
924 aa  269  2e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.61038 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1693  TonB-dependent receptor  29.01 
 
 
858 aa  257  8e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262661  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0517  TonB-dependent receptor  34.11 
 
 
817 aa  244  6e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.069894  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3540  TonB-dependent receptor  33.72 
 
 
812 aa  239  1e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000560682  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0415  TonB-dependent receptor  33.72 
 
 
812 aa  239  1e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0145049  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3715  TonB-dependent receptor  33.72 
 
 
812 aa  239  1e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000223353  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2718  TonB-dependent receptor  33.72 
 
 
803 aa  238  3e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000743296 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0456  TonB-dependent receptor  33.2 
 
 
797 aa  237  9e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000941597  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0442  TonB-dependent receptor  33.2 
 
 
797 aa  235  3e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0126161  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0430  TonB-dependent receptor  33.01 
 
 
797 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000261093  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3884  TonB-dependent receptor  32.17 
 
 
797 aa  233  9e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000140414  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3441  TonB-dependent receptor  33.2 
 
 
843 aa  229  1e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00117935  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0932  TonB-dependent receptor, plug  32.52 
 
 
840 aa  217  8e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2160  TonB-dependent receptor, plug  33.07 
 
 
797 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00475664  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3218  putative TonB-dependent receptor for Fe  31.26 
 
 
848 aa  211  3e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2484  TonB-dependent siderophore receptor, putative  30.54 
 
 
800 aa  209  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104897  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01939  TonB-dependent outer membrane receptor  32.82 
 
 
795 aa  207  9e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01565  putative TonB-dependent receptor  29.4 
 
 
874 aa  202  1.9999999999999998e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0773704  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01938  TonB-dependent outer membrane Receptor  29.42 
 
 
799 aa  197  9e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2342  TonB-dependent receptor  30.78 
 
 
795 aa  197  9e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.198134  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2507  TonB-dependent receptor  32.73 
 
 
842 aa  195  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3152  TonB-dependent receptor  30.29 
 
 
811 aa  195  4e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.248093  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37490  putative TonB-dependent receptor  31.08 
 
 
883 aa  191  4e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0134389  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04865  TonB-dependent outer membrane Receptor  30.54 
 
 
811 aa  190  9e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2621  TonB-dependent receptor  29.46 
 
 
871 aa  189  1e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01941  TonB-dependent outer membrane receptor  31.84 
 
 
784 aa  188  4e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0935  TonB-dependent receptor, plug  29.29 
 
 
961 aa  187  8e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0153  TonB-dependent receptor plug  30.44 
 
 
918 aa  185  3e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2657  TonB-dependent receptor plug  29.69 
 
 
811 aa  183  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0512157  normal  0.824086 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7322  TonB-dependent receptor  30.96 
 
 
804 aa  179  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.560264 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2892  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  30.21 
 
 
815 aa  178  5e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3011  TonB-dependent sideophore receptor, putative  29.69 
 
 
821 aa  177  8e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659574  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30590  putative outer membrane receptor protein  29.34 
 
 
884 aa  175  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.507511 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 
843 aa  174  7.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2607  TonB-dependent siderophore receptor, putative  37.67 
 
 
832 aa  169  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0816697  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0399  putative TonB-dependent siderophore receptor  35.52 
 
 
818 aa  169  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3349  TonB-dependent receptor  36.93 
 
 
815 aa  168  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.51089  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3580  TonB-dependent receptor  29.67 
 
 
835 aa  167  6.9999999999999995e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2586  TonB-dependent receptor plug  27.26 
 
 
924 aa  167  1.0000000000000001e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.427488  normal  0.0373084 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5287  TonB-dependent receptor  29.14 
 
 
933 aa  166  1.0000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.284266 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2320  TonB-dependent receptor  31.58 
 
 
947 aa  165  3e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.500689  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 
842 aa  163  1e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  25.66 
 
 
839 aa  160  7e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1490  TonB-dependent receptor, plug  26.99 
 
 
948 aa  160  1e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 
841 aa  159  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 
855 aa  155  5e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0349  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 
850 aa  154  5e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0393  putative TonB-dependent siderophore receptor  39.92 
 
 
847 aa  151  6e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2075  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 
855 aa  147  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00318528  hitchhiker  0.00256739 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21630  TonB-dependent siderophore receptor  26.7 
 
 
833 aa  146  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.176382  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2934  TonB-dependent receptor  25.96 
 
 
987 aa  144  8e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1586  TonB-dependent receptor plug  33.45 
 
 
816 aa  144  9e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2592  TonB-dependent receptor plug  27.48 
 
 
885 aa  139  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.228044  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1934  TonB-dependent receptor plug  36.23 
 
 
813 aa  138  4e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.860003 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0837  TonB-dependent receptor  29.06 
 
 
855 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.111272  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2618  TonB-dependent receptor  28.38 
 
 
849 aa  128  5e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000702632  normal  0.386313 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3184  TonB-dependent receptor  29.35 
 
 
861 aa  127  7e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.162767  hitchhiker  0.00577733 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0915  TonB-dependent receptor plug  26.76 
 
 
842 aa  127  1e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0358402  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0906  TonB-dependent receptor  26.48 
 
 
875 aa  126  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0782  TonB-dependent receptor  29.09 
 
 
861 aa  125  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.089219  normal  0.0917766 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0754  TonB-dependent receptor  29.09 
 
 
861 aa  125  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.95641  normal  0.139424 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0738  TonB-dependent receptor  29.13 
 
 
847 aa  125  3e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0108325  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2276  TonB-dependent receptor plug  33.21 
 
 
873 aa  123  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2031  TonB-dependent receptor  31.56 
 
 
849 aa  123  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0991  TonB-dependent receptor  36.82 
 
 
925 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0120803  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3753  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 
861 aa  121  6e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000402099  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3562  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 
861 aa  121  6e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000011652  normal  0.26922 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3630  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 
861 aa  121  7e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2260  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 
852 aa  120  7.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>