More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3989 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_3989  pilin, putative  100 
 
 
187 aa  382  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.387559 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3689  pilin, putative  72.97 
 
 
186 aa  286  1e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3074  pilin, putative  68.72 
 
 
178 aa  256  9e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3315  pilin, putative  65.05 
 
 
185 aa  243  9.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.540059  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1066  pilin, putative  59.04 
 
 
187 aa  224  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00196226  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0964  pilin, putative  59.04 
 
 
187 aa  224  6e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0885526  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3326  pilin, putative  58.51 
 
 
187 aa  223  1e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0266287  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1033  pilin, putative  58.51 
 
 
187 aa  223  2e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0234716  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0976  pilin, putative  57.46 
 
 
180 aa  221  4.9999999999999996e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0485556  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3655  pilin, putative  62.71 
 
 
186 aa  208  4e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3690  methylation site containing protein  53.37 
 
 
185 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3316  methylation site containing protein  53.11 
 
 
177 aa  182  3e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.192216  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3092  methylation site containing protein  53.93 
 
 
186 aa  140  9e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.751451  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2452  methylation site containing protein  41.42 
 
 
197 aa  104  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00816638  normal  0.444869 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2521  hypothetical protein  34.04 
 
 
193 aa  100  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0464  hypothetical protein  41.98 
 
 
191 aa  94.4  9e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3866  hypothetical protein  43.2 
 
 
191 aa  92.8  3e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2913  hypothetical protein  55.43 
 
 
182 aa  92.4  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0448  hypothetical protein  40.6 
 
 
191 aa  92  5e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1956  hypothetical protein  41.6 
 
 
189 aa  91.3  7e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0620526  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0530  hypothetical protein  42.4 
 
 
192 aa  87  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3520  methylation site containing protein  39.71 
 
 
201 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0435  methylation site containing protein  40.58 
 
 
201 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4159  hypothetical protein  35 
 
 
193 aa  82.4  0.000000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4570  MSHA pilin protein MshB  32.39 
 
 
229 aa  80.1  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.527275  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3698  methylation site containing protein  42.15 
 
 
192 aa  78.2  0.00000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.452925  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01338  hypothetical protein  29.79 
 
 
195 aa  77.4  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3217  hypothetical protein  53.42 
 
 
108 aa  75.5  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000170582 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3781  hypothetical protein  44.95 
 
 
172 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0759  hypothetical protein  34.1 
 
 
165 aa  74.3  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0153764  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3821  hypothetical protein  55.41 
 
 
173 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2151  membrane protein  33.88 
 
 
186 aa  72.4  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.899411  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0856  methylation site containing protein  56.14 
 
 
182 aa  72.4  0.000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1380  methylation site containing protein  57.81 
 
 
190 aa  72  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0898  hypothetical protein  58.93 
 
 
172 aa  71.2  0.000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3464  hypothetical protein  58.93 
 
 
172 aa  71.2  0.000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0872  hypothetical protein  58.93 
 
 
172 aa  71.2  0.000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0907  hypothetical protein  58.93 
 
 
172 aa  71.2  0.000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0176  prepilin-type cleavage/methylation  34.07 
 
 
212 aa  68.9  0.00000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3983  methylation site containing protein  63.16 
 
 
165 aa  68.6  0.00000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0397  methylation site containing protein  48.78 
 
 
163 aa  68.2  0.00000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.061774  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3761  MSHA pilin protein MshA  43.14 
 
 
178 aa  67.8  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000202365  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3760  methylation site containing protein  54.84 
 
 
176 aa  67.8  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000143336  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0473  methylation site containing protein  56.45 
 
 
174 aa  67  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000513166  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0395  methylation site containing protein  42.25 
 
 
211 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0635812  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4105  MSHA pilin protein MshA  45.45 
 
 
171 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0573  MshA, mannose-sensitive haemaglutinin  58.62 
 
 
166 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.200044 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0461  MSHA pilin protein MshA  58.62 
 
 
172 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0552  MSHA pilin protein MshA  54.84 
 
 
159 aa  65.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00386307  normal  0.526597 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1141  V10 pilin  51.61 
 
 
163 aa  65.5  0.0000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0511  MSHA pilin protein MshB  44.26 
 
 
205 aa  65.1  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000086206  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0551  MSHA pilin protein MshA  54.84 
 
 
173 aa  65.5  0.0000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000258454  normal  0.542221 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3829  MSHA pilin protein MshB  44.26 
 
 
205 aa  65.1  0.0000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000000175672  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0514  MSHA pilin protein MshB  44.26 
 
 
205 aa  65.1  0.0000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00061527  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0490  MSHA pilin protein MshB  44.26 
 
 
205 aa  65.1  0.0000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000965015  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4409  methylation site containing protein  53.97 
 
 
166 aa  65.1  0.0000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000123074  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0760  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  29.7 
 
 
156 aa  65.1  0.0000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.014468  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0842  hypothetical protein  36.29 
 
 
193 aa  65.1  0.0000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3444  methylation site containing protein  37.3 
 
 
167 aa  64.7  0.0000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280491 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0396  methylation site containing protein  54.84 
 
 
169 aa  64.7  0.0000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0195536  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3758  hypothetical protein  68.89 
 
 
174 aa  64.7  0.0000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3657  methylation site containing protein  44.26 
 
 
205 aa  64.7  0.0000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000205665  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0566  MSHA pilin protein MshB  44.26 
 
 
205 aa  64.7  0.0000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.571105  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4106  MSHA pilin protein MshB  44.26 
 
 
205 aa  64.7  0.0000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0472  methylation site containing protein  44.26 
 
 
205 aa  64.7  0.0000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000795599  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0576  hypothetical protein  68.89 
 
 
174 aa  64.3  0.0000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0726397 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3822  putative V10 pilin  52.38 
 
 
163 aa  64.3  0.0000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3762  methylation site containing protein  45.61 
 
 
202 aa  63.9  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000262752  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3340  methylation  62 
 
 
172 aa  64.3  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000827612  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3296  methylation site containing protein  56.9 
 
 
173 aa  63.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3479  methylation site containing protein  50.79 
 
 
169 aa  63.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000294883  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3480  methylation site containing protein  44.26 
 
 
205 aa  64.3  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000493749  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0476  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin A  35.06 
 
 
157 aa  63.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.903201  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3656  methylation site containing protein  50.79 
 
 
169 aa  63.9  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00406084  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0567  methylation site containing protein  50.79 
 
 
169 aa  63.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.468703  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1101  methylation site containing protein  38.33 
 
 
167 aa  63.5  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000943511 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0512  methylation site containing protein  62 
 
 
182 aa  63.2  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000175657  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0491  methylation site containing protein  62 
 
 
186 aa  63.5  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000497616  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0516  methylation site containing protein  52.38 
 
 
172 aa  63.2  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00623258  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3478  methylation site containing protein  58.62 
 
 
169 aa  63.5  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000141512  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3744  methylation site containing protein  56.9 
 
 
173 aa  63.2  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.144711  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00258  MSHA pilin protein MshA  40.28 
 
 
163 aa  62.8  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0568  methylation site containing protein  58.62 
 
 
169 aa  62.8  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238644  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0515  methylation site containing protein  54.84 
 
 
168 aa  62.8  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000372661  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4410  methylation site containing protein  54.84 
 
 
175 aa  62.8  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000246782  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3745  methylation site containing protein  41.67 
 
 
201 aa  62.8  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0403042  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3828  methylation site containing protein  54.84 
 
 
172 aa  62.8  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000112537  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03692  hypothetical protein  52.73 
 
 
151 aa  62  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3341  methylation  41.67 
 
 
205 aa  62.4  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000885834  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002375  MSHA pilin protein MshA  59.18 
 
 
168 aa  61.6  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0138724  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0327  methylation site containing protein  50.79 
 
 
179 aa  61.6  0.000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0267191  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1827  methylation site containing protein  41.86 
 
 
188 aa  61.6  0.000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00097264  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3266  methylation site containing protein  39.25 
 
 
167 aa  61.6  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3308  methylation site containing protein  39.25 
 
 
167 aa  61.6  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4411  methylation site containing protein  43.86 
 
 
219 aa  61.2  0.000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000316241  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0477  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin A  55 
 
 
156 aa  61.6  0.000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.581973  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0708  methylation site containing protein  61.82 
 
 
170 aa  61.2  0.000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0386199  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0550  methylation site containing protein  40 
 
 
218 aa  60.8  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000424061  normal  0.764365 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0883  general secretion pathway protein H  59.57 
 
 
146 aa  60.8  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0109332  normal  0.107815 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0366  N-terminal methylation  49.25 
 
 
132 aa  60.1  0.00000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>